SAXSdb — 1t6b

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t6b
沉积日期 deposition_date	2004-05-05
结构标题 title	Crystal structure of B. anthracis Protective Antigen complexed with human Anthrax toxin receptor
关键词 keywords	Bacillus Anthracis; Anthrax toxin; X-ray crystallography, MEMBRANE PROTEIN-TOXIN COMPLEX; MEMBRANE PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.63 Å
零角强度 I(0) i0	137717000.00
分子量 molecular_weight	95270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119530 Å³
包络体积 envelope_volume	157730 Å³
水化壳体积 shell_volume	37492 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.82 Å
包络 Rg envelope_rg	38.50 Å
形状 Rg shape_rg	38.64 Å
总 Rg total_rg	38.68 Å
总原子数 total_atoms	6713
残基数 n_residues	846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.632
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.178
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.679; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.697; Smooth: 0.423

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Protective Antigen
分子量 formula_weight	82768.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	6852

EVKQENRLLNESESSSQGLLGYYFSDLNFQAPMVVTSSTTGDLSIPSSELENIPSENQYFQSAIWSGFIKVKKSDEYTFATSADNHVTMWVDDQEVINKASNSNKIRLEKGRLYQIKIQYQRENPTEKGLDFKLYWTDSQNKKEVISSDNLQLPELKQKSSNSRKKRSTSAGPTVPDRDNDGIPDSLEVEGYTVDVKNKRTFLSPWISNIHEKKGLTKYKSSPEKWSTASDPYSDFEKVTGRIDKNVSPEARHPLVAAYPIVHVDMENIILSKNEDQSTQNTDSQTRTISKNTSTSRTHTSEVHGNAEVHASFFDIGGSVSAGFSNSNSSTVAIDHSLSLAGERTWAETMGLNTADTARLNANIRYVNTGTAPIYNVLPTTSLVLGKNQTLATIKAKENQLSQILAPNNYYPSKNLAPIALNAQDDFSSTPITMNYNQFLELEKTKQLRLDTDQVYGNIATYNFENGRVRVDTGSNWSEVLPQIQETTARIIFNGKDLNLVERRIAAVNPSDPLETTKPDMTLKEALKIAFGFNEPNGNLQYQGKDITEFDFNFDQQTSQNIKNQLAELNATNIYTVLDKIKLNAKMNILIRDKRFHYDRNNIAVGADESVVKEAHREVINSSTEGLLLNIDKDIRKILSGYIVEIEDTEGLKEVINDRYDMLNISSLRQDGKTFIDFKKYNDKLPLYISNPNYKVNVYAVTKENTIINPSENGDTSTNGIKKILIFSKKGYEIG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus anthracis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1392
宿主生物 host_organism	Bacillus anthracis

Entity 2 polymer

描述 description	Anthrax toxin receptor 2
分子量 formula_weight	20630.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

GSHMLEDPRGRRAFDLYFVLDKSGSVANNWIEIYNFVQQLAERFVSPEMRLSFIVFSSQATIILPLTGDRGKISKGLEDLKRVSPVGETYIHEGLKLANEQIQKAGGLKTSSIIIALTDGKLDGLVPSYAEKEAKISRSLGASVYCVGVLDFEQAQLERIADSKEQVFPVKGGFQALKGIINSSNGIAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1t6bx1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.60 — Anthrax protective antigen C-terminal-like
超家族 Superfamily superfamily	f.60.1 — Anthrax protective antigen C-terminal-like
家族 Family family	f.60.1.1 — Anthrax protective antigen C-terminal-like

结构域编号 domain_id	d1t6bx2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.179 — Anthrax protective antigen N-terminal-like
超家族 Superfamily superfamily	b.179.1 — PA14-like
家族 Family family	b.179.1.1 — PA14

结构域编号 domain_id	d1t6by_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1t6bX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	182 — Toxin - Anthrax Protective Antigen; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Toxin - Anthrax Protective Antigen;domain 1

结构域编号 domain_id	1t6bX02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 — Protective antigen, heptamerisation domain

结构域编号 domain_id	1t6bX03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1t6bX04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	810 —

结构域编号 domain_id	1t6bY00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.160 Å
晶胞边长 b length_b	94.118 Å
晶胞边长 c length_c	135.597 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2072
R_free r_free	0.2657

fit	/app/data/saxs_computation/t6/1t6b/1t6b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t6/1t6b/1t6b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t6/1t6b/1t6b.dat

Crystal structure of B. anthracis Protective Antigen complexed with human Anthrax toxin receptor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)