3ezq

Crystal Structure of the Fas/FADD Death Domain Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.7 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 223–335 链 C； UniProt 223–335	片段：Fas DD, UNP residues 223-335	Protein FADD × 2 （Q13158） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 223–335 链 G； UniProt 223–335	片段：Fas DD, UNP residues 223-335	Protein FADD × 2 （Q13158） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 223–335 链 K； UniProt 223–335	片段：Fas DD, UNP residues 223-335	Protein FADD × 2 （Q13158） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 223–335 链 O； UniProt 223–335	片段：Fas DD, UNP residues 223-335	Protein FADD × 2 （Q13158） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EZQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DDF FAS DEATH DOMAIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–335（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4	分辨率未提供
2NA7 Transmembrane domain of human Fas/CD95 death receptor 提交 2015-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 171–198（28 aa）片段：Helical transmembrane residues 171-198 链 B 171–198（28 aa）片段：Helical transmembrane residues 171-198 链 C 171–198（28 aa）片段：Helical transmembrane residues 171-198	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Human Fas Transmembrane Domain, 60 mM [U-100% 2H] acyl chains DMPC, 120 mM [U-100% 2H] acyl chains DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-85% 2H] Human Fas Transmembrane Domain, 60 mM DMPC, 120 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N; U-100% 2H] Human Fas Transmembrane Domain, 0.5 mM [U-15% 13C] Human Fas Transmembrane Domain, 60 mM [U-100% 2H] acyl chains DMPC, 120 mM [U-100% 2H] acyl chains DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3EWT Crystal Structure of calmodulin complexed with a peptide 提交 2008-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 230–254（25 aa）片段：Helix(1+2) of death domain	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；25%(w/v) PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3THM Crystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex with Fab EP6b_B01 提交 2011-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 17–172（156 aa）片段：extracellular domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG4000, 10% isopropanol, 100 mM HEPES/NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
3TJE Crystal structure of Fas receptor extracellular domain in complex with Fab E09 提交 2011-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 17–172（156 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG4000, 5 mM CdCl2, 100 mM Tris/HOAc, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K	分辨率 1.93 Å R-free 0.232
9NCQ Cryo-EM structure of Fas-FADD complex 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 225–320（96 aa）链 B 225–320（96 aa）链 C 225–320（96 aa）链 D 225–320（96 aa）链 E 225–320（96 aa）链 F 225–320（96 aa）链 G 225–320（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 C； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 E； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 G； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 I； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 K； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 M； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335 作者链 O； PDB构建体 1–113； UniProt 223–335

Protein FADD

Homo sapiens

UniProt Q13158

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 93–208 链 D； UniProt 93–208	片段：Fadd DD, UNP residues 93-208	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 × 2 （P25445） SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 93–208 链 H； UniProt 93–208	片段：Fadd DD, UNP residues 93-208	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 × 2 （P25445） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 93–208 链 L； UniProt 93–208	片段：Fadd DD, UNP residues 93-208	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 × 2 （P25445） SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 93–208 链 P； UniProt 93–208	片段：Fadd DD, UNP residues 93-208	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6 × 2 （P25445） SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 4；291 K；0.95M citric acid, 1.9M ammonium sulfate, pH4, EVAPORATION, temperature 291K	分辨率 2.73 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3EZQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A1W FADD DEATH EFFECTOR DOMAIN, F25Y MUTANT, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）片段：DEATH EFFECTOR DOMAIN	突变：F25Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；288 K	分辨率未提供
1A1Z FADD DEATH EFFECTOR DOMAIN, F25G MUTANT, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）片段：DEATH EFFECTOR DOMAIN	突变：F25G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 1 NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
1E3Y Death domain from human FADD/MORT1 提交 2000-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–192（100 aa）片段：DEATH DOMAIN RESIDUES 93-192	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 MM PHOSPHATE BUFFER, 150MM NACL；压力 1	分辨率未提供
1E41 Death domain from human FADD/MORT1 提交 2000-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 93–192（100 aa）片段：DEATH DOMAIN RESIDUES 93-192	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 MM PHOSPHATE BUFFER, 150MM NACL；压力 1	分辨率未提供
2GF5 Structure of intact FADD (MORT1) 提交 2006-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–191（190 aa）	突变：F25Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；288 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM phosphate；压力 1 NMR样品组成 200mM phosphate buffer, 95% H2O 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
3OQ9 Structure of the FAS/FADD death domain assembly 提交 2010-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 93–184（92 aa）片段：UNP residues 93-184 链 I 93–184（92 aa）片段：UNP residues 93-184 链 J 93–184（92 aa）片段：UNP residues 93-184 链 K 93–184（92 aa）片段：UNP residues 93-184 链 L 93–184（92 aa）片段：UNP residues 93-184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris pH 8.5, 100 mM MgCl2, 5 % glycerol and 6-10 % PEG4000, hanging drop, temperature 298K	分辨率 6.80 Å R-free 0.354
6ACI Crystal structure of EPEC effector NleB in complex with FADD death domain 提交 2018-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 93–184（92 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；4.5 M Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.209
8YBX Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 1–208（208 aa）链 Q 1–208（208 aa）链 R 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8YD7 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 1–208（208 aa）	突变：H9G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, TBG, PEG8000, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.32 Å R-free 0.231
8YD8 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 1–208（208 aa）	突变：H9G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, PEG 8000, TBG, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.11 Å R-free 0.241
8YNI Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 L 1–208（208 aa）链 Q 1–208（208 aa）链 R 1–208（208 aa）	突变：F25G 突变：F25G 突变：F25G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9L5W FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis 提交 2024-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 1–91（91 aa）链 B 1–91（91 aa）链 C 1–91（91 aa）链 D 1–91（91 aa）链 E 1–91（91 aa）链 F 1–91（91 aa）链 G 1–91（91 aa）链 H 1–91（91 aa）链 I 1–91（91 aa）链 J 1–91（91 aa）链 K 1–91（91 aa）链 L 1–91（91 aa）链 M 1–91（91 aa）链 N 1–91（91 aa）链 O 1–91（91 aa）链 P 1–91（91 aa）链 Q 1–91（91 aa）链 R 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9N94 Cryo-EM structure of FADD_DED filament 提交 2025-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–208（208 aa）链 B 1–208（208 aa）链 C 1–208（208 aa）链 D 1–208（208 aa）链 E 1–208（208 aa）链 F 1–208（208 aa）链 G 1–208（208 aa）链 H 1–208（208 aa）链 I 1–208（208 aa）链 J 1–208（208 aa）链 K 1–208（208 aa）链 L 1–208（208 aa）链 M 1–208（208 aa）链 N 1–208（208 aa）链 O 1–208（208 aa）链 P 1–208（208 aa）链 Q 1–208（208 aa）链 R 1–208（208 aa）链 S 1–208（208 aa）链 T 1–208（208 aa）链 U 1–208（208 aa）链 V 1–208（208 aa）链 W 1–208（208 aa）链 X 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9NCQ Cryo-EM structure of Fas-FADD complex 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 H 91–191（101 aa）链 I 91–191（101 aa）链 J 91–191（101 aa）链 K 91–191（101 aa）链 L 91–191（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
9U6E FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis 提交 2025-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 1–208（208 aa）链 C 1–208（208 aa）链 D 1–208（208 aa）链 E 1–208（208 aa）链 F 1–208（208 aa）链 G 1–208（208 aa）链 H 1–208（208 aa）链 I 1–208（208 aa）链 J 1–208（208 aa）链 K 1–208（208 aa）链 L 1–208（208 aa）链 M 1–208（208 aa）链 N 1–208（208 aa）链 O 1–208（208 aa）链 P 1–208（208 aa）链 Q 1–208（208 aa）链 R 1–208（208 aa）链 S 1–208（208 aa）链 T 1–208（208 aa）链 U 1–208（208 aa）链 V 1–208（208 aa）链 W 1–208（208 aa）链 X 1–208（208 aa）链 Y 1–208（208 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9U7A FADD-DED filaments coordinate complex IIa assembly during TNF-induced apoptosis 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 B 1–92（92 aa）链 C 1–92（92 aa）链 D 1–92（92 aa）链 E 1–92（92 aa）链 F 1–92（92 aa）链 G 1–92（92 aa）链 H 1–92（92 aa）链 I 1–92（92 aa）链 J 1–92（92 aa）链 K 1–92（92 aa）链 L 1–92（92 aa）链 M 1–92（92 aa）链 N 1–92（92 aa）链 O 1–92（92 aa）链 P 1–92（92 aa）链 Q 1–92（92 aa）链 R 1–92（92 aa）链 S 1–92（92 aa）链 T 1–92（92 aa）链 U 1–92（92 aa）链 V 1–92（92 aa）链 W 1–92（92 aa）链 X 1–92（92 aa）链 Y 1–92（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FADD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 D； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 F； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 H； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 J； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 L； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 N； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208 作者链 P； PDB构建体 1–116； UniProt 93–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ezq
沉积日期 deposition_date	2008-10-23
结构标题 title	Crystal Structure of the Fas/FADD Death Domain Complex
关键词 keywords	Apoptosis, DISC, FAS, FADD, Membrane, receptor, Transmembrane; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.33 Å
零角强度 I(0) i0	621498000.00
分子量 molecular_weight	196490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	243290 Å³
包络体积 envelope_volume	356310 Å³
水化壳体积 shell_volume	67532 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.68 Å
包络 Rg envelope_rg	44.71 Å
形状 Rg shape_rg	45.35 Å
总 Rg total_rg	45.37 Å
总原子数 total_atoms	13756
残基数 n_residues	1712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	621400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8408
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.024
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.870

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6
分子量 formula_weight	13061.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	13933

NLSDVDLSKYITTIAGVMTLSQVKGFVRKNGVNEAKIDEIKNDNVQDTAEQKVQLLRNWHQLHGKKEAYDTLIKDLKKANLCTLAEKIQTIILKDITSDSENSNFRNEIQSLVLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein FADD
分子量 formula_weight	13955.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

GEEDLCAAFNVICDNVGKDWRRLARQLKVSDTKIDSIEDRYPRNLTERVRESLRIWKNTEKENATVAHLVGALRSCQMNLVADLVQEVQQARDLQNRSGAMSPMSWNSDASTSEASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d3ezqa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqe1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqe2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqi1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqk1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezql_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqm1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqm2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqo1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d3ezqo2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3ezqp_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3ezqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	3ezqP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.218 Å
晶胞边长 b length_b	126.218 Å
晶胞边长 c length_c	299.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.730 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2339
R_free r_free	0.2780

Crystal Structure of the Fas/FADD Death Domain Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein FADD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ez/3ezq/3ezq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ez/3ezq/3ezq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ez/3ezq/3ezq.dat