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3ezw

Crystal Structure of a Hyperactive Escherichia coli Glycerol Kinase Mutant Gly230 --> Asp Obtained Using Microfluidic Crystallization Devices

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 215.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycerol kinase

Escherichia coli

UniProt P0A6F3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–501 链 B； UniProt 2–501 链 E； UniProt 2–501 链 G； UniProt 2–501 突变：G230D GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：microfluidic free interface diffusion；pH 8.5；298 K；20% PEG 1500, 0.3 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, microfluidic free interface diffusion, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–501 链 D； UniProt 2–501 链 F； UniProt 2–501 链 H； UniProt 2–501 突变：G230D GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：microfluidic free interface diffusion；pH 8.5；298 K；20% PEG 1500, 0.3 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, microfluidic free interface diffusion, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3EZW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BO5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 2–502（501 aa）
链 Z 2–502（501 aa）
未记录 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM LIQUOR CONTAINING 1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 1 MM BME. CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS. 20 MM FBP WAS ADDED TO THE CRYO PROTECTION IN THE SOAKING EXPERIMENT
分辨率 3.20 Å
1BO5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 2–502（501 aa）
链 Z 2–502（501 aa）
未记录 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 2 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM LIQUOR CONTAINING 1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 1 MM BME. CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS. 20 MM FBP WAS ADDED TO THE CRYO PROTECTION IN THE SOAKING EXPERIMENT
分辨率 3.20 Å
1BO5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 2–502（501 aa）
未记录 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM LIQUOR CONTAINING 1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 1 MM BME. CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS. 20 MM FBP WAS ADDED TO THE CRYO PROTECTION IN THE SOAKING EXPERIMENT
分辨率 3.20 Å
1BO5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Z 2–502（501 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN CRYSTALLIZED FROM LIQUOR CONTAINING 1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 1 MM BME. CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS. 20 MM FBP WAS ADDED TO THE CRYO PROTECTION IN THE SOAKING EXPERIMENT
分辨率 3.20 Å
1BOT CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–501（501 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 1MM BME, CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS
分辨率 3.05 Å
1BOT CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE ALLOSTERIC REGULATOR FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE. 提交 1998-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Z 1–501（501 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1M SODIUM CITRATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 1MM BME, CRYO PROTECTION WAS ACHIEVED BY SOAKING CRYSTAL IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 20% GLYCEROL FOR 4 HOURS
分辨率 3.05 Å
1BU6 CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE MUTANT A65T IN AN INACTIVE TETRAMER: CONFORMATIONAL CHANGES AND IMPLICATIONS FOR ALLOSTERIC REGULATION 提交 1998-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–501（501 aa）
链 X 1–501（501 aa）
链 Y 1–501（501 aa）
链 Z 1–501（501 aa）
突变：A65T 突变：A65T 突变：A65T 突变：A65T SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；20-22% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MR 4000 0.2 M LISO4 0.1 M TRIS PH 8.5 - 8.8 CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.37 Å
1BU6 CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE MUTANT A65T IN AN INACTIVE TETRAMER: CONFORMATIONAL CHANGES AND IMPLICATIONS FOR ALLOSTERIC REGULATION 提交 1998-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–501（501 aa）
链 Y 1–501（501 aa）
突变：A65T 突变：A65T SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；20-22% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MR 4000 0.2 M LISO4 0.1 M TRIS PH 8.5 - 8.8 CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.37 Å
1BU6 CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE MUTANT A65T IN AN INACTIVE TETRAMER: CONFORMATIONAL CHANGES AND IMPLICATIONS FOR ALLOSTERIC REGULATION 提交 1998-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–501（501 aa）
链 Z 1–501（501 aa）
突变：A65T 突变：A65T SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；20-22% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL MR 4000 0.2 M LISO4 0.1 M TRIS PH 8.5 - 8.8 CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.37 Å
1BWF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE MUTANT WITH BOUND ATP ANALOG SHOWING SUBSTANTIAL DOMAIN MOTION 提交 1998-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–501（501 aa）
链 Y 1–501（501 aa）
突变：S58W 突变：S58W MG MAGNESIUM ION × 2 ATF PHOSPHODIFLUOROMETHYLPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å
1GLA STRUCTURE OF THE REGULATORY COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI IIIGLC WITH GLYCEROL KINASE 提交 1992-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1GLB STRUCTURE OF THE REGULATORY COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI IIIGLC WITH GLYCEROL KINASE 提交 1992-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1GLC CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å
1GLC CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å
1GLC CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å
1GLD CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.93 Å
1GLE CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.94 Å
1GLE CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.94 Å
1GLE CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION 提交 1994-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–501（501 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 G3H GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.94 Å
1GLF CRYSTAL STRUCTURES OF ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE AND THE MUTANT A65T IN AN INACTIVE TETRAMER: CONFORMATIONAL CHANGES AND IMPLICATIONS FOR ALLOSTERIC REGULATION 提交 1998-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 2–502（501 aa）
链 X 2–502（501 aa）
链 Y 2–502（501 aa）
链 Z 2–502（501 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 2.62 Å
1GLJ ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE MUTANT WITH BOUND ATP ANALOG SHOWING SUBSTANTIAL DOMAIN MOTION 提交 1998-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–501（501 aa）
链 Y 1–501（501 aa）
突变：S58W 突变：S58W MG MAGNESIUM ION × 1 ATS GAMMA-ARSONO-BETA, GAMMA-METHYLENEADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å
1GLL ESCHERICHIA COLI GLYCEROL KINASE MUTANT WITH BOUND ATP ANALOG SHOWING SUBSTANTIAL DOMAIN MOTION 提交 1998-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–501（501 aa）
链 Y 1–501（501 aa）
突变：S58W 突变：S58W MG MAGNESIUM ION × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 3.00 Å

共 12 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLPK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 B； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 C； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 D； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 E； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 F； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 G； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501 作者链 H； PDB构建体 1–500； UniProt 2–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ezw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ezw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ezw
沉积日期 deposition_date2008-10-23
结构标题 titleCrystal Structure of a Hyperactive Escherichia coli Glycerol Kinase Mutant Gly230 --> Asp Obtained Using Microfluidic Crystallization Devices
关键词 keywords;GLYCEROL KINASE, GLYCEROL METABOLISM, ALLOSTERIC REGULATION, MICROFLUIDICS, IN SITU DATA COLLECTION, ATP-binding, Kinase, Metal-binding, Nucleotide-binding, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.45 Å
零角强度 I(0) i02832490000.00
分子量 molecular_weight444190.0 kDa
排除体积 excluded_volume553830 ų
包络体积 envelope_volume774110 ų
水化壳体积 shell_volume97268 ų
包络直径 envelope_diameter237.3 Å
壳层 Rg shell_rg59.95 Å
包络 Rg envelope_rg70.37 Å
形状 Rg shape_rg71.43 Å
总 Rg total_rg71.30 Å
总原子数 total_atoms31246
残基数 n_residues3939
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax215.3 Å
Rg (实空间) rg_real71.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2818000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8104
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.7 Å
偏度 Skewness skewness0.527
峰度 Kurtosis kurtosis-0.570
角度范围 angular_range— – 0.1100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0121
最高正则化参数 α highest_alpha82040000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.057
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_idd3ezwa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwe1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwe2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwf1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwf2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwg1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwg2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwh1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase
结构域编号 domain_idd3ezwh2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.4 — Glycerol kinase

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id3ezwA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ezwH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)