SAXSdb — 1gld

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gld
沉积日期 deposition_date	1994-03-07
结构标题 title	CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION
关键词 keywords	PHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.74 Å
零角强度 I(0) i0	79568500.00
分子量 molecular_weight	70195.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87714 Å³
包络体积 envelope_volume	103960 Å³
水化壳体积 shell_volume	32023 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.28 Å
包络 Rg envelope_rg	28.44 Å
形状 Rg shape_rg	27.76 Å
总 Rg total_rg	28.30 Å
总原子数 total_atoms	4940
残基数 n_residues	650
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8309
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.558
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.100
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	GLUCOSE-SPECIFIC PROTEIN IIIGlc
分子量 formula_weight	18141.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	4957

GLFDKLKSLVSDDKKDTGTIEIIAPLSGEIVNIEDVPDVVFAEKIVGDGIAIKPTGNKMVAPVDGTIGKIFETNHAFSIESDSGVELFVHFGIDTVELKGEGFKRIAEEGQRVKVGDTVIEFDLPLLEEKAKSTLTPVVISNMDEIKELIKLSGSVTVGETPVIRIKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

Entity 2 polymer

描述 description	GLYCEROL KINASE
分子量 formula_weight	56162.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

TEKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEHDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	170.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1gldf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.3 — Duplicated hybrid motif
家族 Family family	b.84.3.1 — Glucose permease-like

结构域编号 domain_id	d1gldg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.4 — Glycerol kinase

结构域编号 domain_id	d1gldg2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.4 — Glycerol kinase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1gldF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Glucose Permease (Domain IIA)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Permease (Domain IIA)

结构域编号 domain_id	1gldG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	1gldG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	122.980 Å
晶胞边长 b length_b	125.870 Å
晶胞边长 c length_c	134.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	14.600 Å
R 因子 r_factor	0.1340
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/gl/1gld/1gld.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gl/1gld/1gld.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gl/1gld/1gld.dat

CATION PROMOTED ASSOCIATION (CPA) OF A REGULATORY AND TARGET PROTEIN IS CONTROLLED BY PHOSPHORYLATION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)