3fap

ATOMIC STRUCTURES OF THE RAPAMYCIN ANALOGS IN COMPLEX WITH BOTH HUMAN FKBP12 AND FRB DOMAIN OF FRAP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FK506-BINDING PROTEIN

Homo sapiens

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–107 未记录 FKBP12-RAPAMYCIN ASSOCIATED PROTEIN × 1 (P42345) ARD C15-(R)-METHYLTHIENYL RAPAMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;20% PEG8000, 10% MPD, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, pH 8.00 分辨率 1.85 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–107; UniProt 1–107

FKBP12-RAPAMYCIN ASSOCIATED PROTEIN

物种未注明

UniProt P42345

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2019–2112 片段:FRB FK506-BINDING PROTEIN × 1 (P62942) ARD C15-(R)-METHYLTHIENYL RAPAMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;20% PEG8000, 10% MPD, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, pH 8.00 分辨率 1.85 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRAP_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–94; UniProt 2019–2112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fap

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fap
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fap
沉积日期 deposition_date1999-05-06
结构标题 titleATOMIC STRUCTURES OF THE RAPAMYCIN ANALOGS IN COMPLEX WITH BOTH HUMAN FKBP12 AND FRB DOMAIN OF FRAP
关键词 keywordsFKBP12, FRAP, RAPAMYCIN, COMPLEX, GENE THERAPY, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.91
零角强度 I(0) i010250000.00
分子量 molecular_weight24115.0 kDa
排除体积 excluded_volume30335 ų
包络体积 envelope_volume34676 ų
水化壳体积 shell_volume16584 ų
包络直径 envelope_diameter61.2
壳层 Rg shell_rg23.70
包络 Rg envelope_rg18.28
形状 Rg shape_rg17.86
总 Rg total_rg19.00
总原子数 total_atoms1697
残基数 n_residues201
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.7
Rg (实空间) rg_real19.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real1.0250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10250000.0000
解质量估计 total_estimate0.8909
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.8
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.319
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1741000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3fapa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.26.1 — FKBP-like
家族 Family familyd.26.1.1 — FKBP immunophilin/proline isomerase
结构域编号 domain_idd3fapb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.7 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)
家族 Family familya.24.7.1 — FKBP12-rapamycin-binding domain of FKBP-rapamycin-associated protein (FRAP)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3fapA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id3fapB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — FKBP12-rapamycin binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)