3fgs

Crystal structure of G65R/K206E double mutant of the N-lobe human transferrin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serotransferrin

Homo sapiens

UniProt P02787

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–356 片段:Peptidase S60 1 domain 突变:G65R, K206E CO3 CARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.7;293 K;200 mM potassium acetate buffer (pH 7.7) containing 10 mM KCl and 18% polyethylene glycol 3350. Concentration of the mutant was 17.5 mg/mL. Crystals appeared in approximately a week following micro-seeding with wild-type N-lobe, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRFE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–337; UniProt 20–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fgs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fgs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fgs
沉积日期 deposition_date2008-12-08
结构标题 titleCrystal structure of G65R/K206E double mutant of the N-lobe human transferrin
关键词 keywords;Human transferrin, Iron binding protein, Dilysine pair, Disease mutation, Glycoprotein, Ion transport, Iron, Iron transport, Metal-binding, Methylation, Phosphoprotein, Polymorphism, Secreted, Transport, METAL TRANSPORT ;; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.50
零角强度 I(0) i023843300.00
分子量 molecular_weight36557.0 kDa
排除体积 excluded_volume45390 ų
包络体积 envelope_volume51894 ų
水化壳体积 shell_volume21887 ų
包络直径 envelope_diameter67.7
壳层 Rg shell_rg26.28
包络 Rg envelope_rg19.75
形状 Rg shape_rg19.47
总 Rg total_rg20.45
总原子数 total_atoms2562
残基数 n_residues329
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.5
Rg (实空间) rg_real20.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real2.3840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8790
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.322
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha4989000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3fgsa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.2 — Transferrin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3fgsA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3fgsA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)