3fz2

Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

Enterobacteria phage lambda

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–131 链 B; UniProt 1–131 链 E; UniProt 1–131 链 F; UniProt 1–131 链 I; UniProt 1–131 链 K; UniProt 1–131 突变:D74A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.283
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–131 链 D; UniProt 1–131 链 G; UniProt 1–131 链 H; UniProt 1–131 链 J; UniProt 1–131 链 L; UniProt 1–131 突变:D74A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–131 链 B; UniProt 1–131 链 C; UniProt 1–131 链 D; UniProt 1–131 链 E; UniProt 1–131 链 F; UniProt 1–131 链 G; UniProt 1–131 链 H; UniProt 1–131 链 I; UniProt 1–131 链 J; UniProt 1–131 链 K; UniProt 1–131 链 L; UniProt 1–131 突变:D74A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 13 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VMTU_LAMBD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 B; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 C; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 D; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 E; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 F; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 G; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 H; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 I; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 J; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 K; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131 作者链 L; PDB构建体 4–134; UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fz2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fz2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fz2
沉积日期 deposition_date2009-01-23
结构标题 titleCrystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A)
关键词 keywordsMixed Alpha-Beta fold, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.98
零角强度 I(0) i0489997000.00
分子量 molecular_weight173210.0 kDa
排除体积 excluded_volume212450 ų
包络体积 envelope_volume309360 ų
水化壳体积 shell_volume68394 ų
包络直径 envelope_diameter107.1
壳层 Rg shell_rg45.40
包络 Rg envelope_rg34.63
形状 Rg shape_rg37.03
总 Rg total_rg37.35
总原子数 total_atoms12012
残基数 n_residues1520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.8
Rg (实空间) rg_real37.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real4.9000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal490100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8823
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.0
偏度 Skewness skewness-0.185
峰度 Kurtosis kurtosis-0.542
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha147500000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.899

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 34 domains

SCOP 2.08 (22 domains)

结构域编号 domain_idd3fz2a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2d1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2e1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2f1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2f2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2g1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2g2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2h1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2h2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2i_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2j1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2j2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2k1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2k2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3fz2l1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamilyd.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family familyd.323.1.1 — Lambda phage gpU-like
结构域编号 domain_idd3fz2l2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3fz2A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2H00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2I00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2J00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2K00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U
结构域编号 domain_id3fz2L00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1700 — Phage minor tail protein U

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)