3fzb

Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 2 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VMTU_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 B； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 C； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 D； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 E； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 F； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 G； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 H； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 I； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131 作者链 J； PDB构建体 4–134； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fzb
沉积日期 deposition_date	2009-01-24
结构标题 title	Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT)
关键词 keywords	Mixed Alpha-Beta fold, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fzb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.80 Å
Rg（电子密度）	26.81 Å
总 Rg	27.74 Å
原子数	4818
残基数	643
排除体积	84630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3fzb__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3fzb__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Minor tail protein U
分子量 formula_weight	14941.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	9748

GSHMKHTELRAAVLDALEKHDTGATFFDGRPAVFDEADFPAVAVYLTGAEYTGEELDSDTWQAELHIEVFLPAQVPDSELDAWMESRIYPVMSDIPALSDLITSMVASGYDYRRDDDAGLWSSADLTYVITYEM

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
通用名 common_name	Bacteriophage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_id	d3fzba1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzba2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3fzbh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbj1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.323 — Phage tail protein-like
超家族 Superfamily superfamily	d.323.1 — Phage tail protein-like
家族 Family family	d.323.1.1 — Lambda phage gpU-like

结构域编号 domain_id	d3fzbj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3fzbA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

结构域编号 domain_id	3fzbJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1700 — Phage minor tail protein U

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晶胞边长 a length_a	74.100 Å
晶胞边长 b length_b	127.990 Å
晶胞边长 c length_c	82.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	70.100 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.3090

Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fzb__assembly_2__model_1

3fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

3fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor tail protein U

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3fzb__assembly_2__model_1

3fzb__assembly_2__model_1 | I(q)

3fzb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)