SAXSdb — 3gkl

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E9 immunity protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 446–576	片段：UNP residues 446-576 突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	Colicin-E7 × 1 （P13479） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 446–576	片段：UNP residues 446-576 突变：T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E	Colicin-E7 × 1 （P13479） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3GKL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M08 Crystal structure of the unbound nuclease domain of ColE7 提交 2002-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain 链 B 447–576（130 aa）片段：Nuclease Domain	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；sodium phosphate, Sodium Chloride, zinc chloride, ammonium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1MZ8 CRYSTAL STRUCTURES OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7/IM7 IN COMPLEX WITH A PHOSPHATE ION AND A ZINC ION 提交 2002-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 446–576（131 aa）片段：nuclease domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG4000, sodium phosphate, ammonium acetate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1PT3 Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA 提交 2003-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric	链 A 449–576（128 aa）片段：residues 449-576 链 B 449–576（128 aa）片段：residues 449-576	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1UJZ Crystal structure of the E7_C/Im7_C complex; a computationally designed interface between the colicin E7 DNase and the Im7 Immunity protein 提交 2003-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–573（128 aa）片段：residues 446-573	突变：K528Q, T539R, H569A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEGMME 2000, ammonium sulfate, Sodium Acetate, Glycerol, DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1ZNS Crystal structure of N-ColE7/12-bp DNA/Zn complex 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 444–576（133 aa）片段：nuclease domain	突变：H545E	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25mM Tris-HCl, 0.1M Ammonium chloride, 10.5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1ZNV How a His-metal finger endonuclease ColE7 binds and cleaves DNA with a transition metal ion cofactor 提交 2005-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 444–576（133 aa）片段：Nuclease domain	突变：H545E	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；0.3M phosphate buffer, 50mM NaCl, 20% PEG550 MME, 10% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2AXC Crystal structure of ColE7 translocation domain 提交 2005-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–316（257 aa）片段：N-terminal Translocation domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 1.5M (NH4)2SO4, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2ERH Crystal Structure of the E7_G/Im7_G complex; a designed interface between the colicin E7 DNAse and the Im7 immunity protein 提交 2005-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 447–573（127 aa）	突变：N516T, N517Q, K525R, K528Q, T539Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；30% PEG 4K, 0.6M ammonium acetate, 50mM Na acetate, 25% glycerol, 5% DMSO, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2IVH Crystal structure of the nuclease domain of ColE7 (H545Q mutant) in complex with an 18-bp duplex DNA 提交 2006-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 449–576（128 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 449-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1 MICRO L COMPLEX SOLUTION AND 1 MICRO L RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 40 % MPD, 0.4 M AMMONIUM FORMATE AND 0.1 M ACETATE BUFFER (PH4.8) AT ROOM TEMPERATURE., pH 4.80	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2JAZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT N560D OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.1 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 2.03 Å R-free 0.249
2JB0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT H573A OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 IN COMPLEX WITH IM7 提交 2006-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % W/V PEG3350 AND 0.2 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, pH 7.00	分辨率 1.91 Å R-free 0.250
2JBG crystal structure of the mutant N560A of the nuclease domain of ColE7 in complex with Im7 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576 链 D 446–576（131 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 446-576	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；20 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 2000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, AND 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AT PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3FBD Crystal structure of the nuclease domain of COLE7(D493Q mutant) in complex with an 18-BP duplex DNA 提交 2008-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 445–576（132 aa）片段：NUCLEASE DOMAIN	突变：D493Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；15% PEG 3350, 16.25% MPD, 0.15M ammonium acetate, 0.025M sodium acetate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 446–576（131 aa）片段：UNP residues 446-576	突变：N1024D, D1026E, T1027A, S1028T, V1034D, V1037I, Y1055W	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
3ZFK N-terminal truncated Nuclease Domain of Colicin E7 提交 2012-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–573（124 aa）片段：COLICIN E7 METALLONUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 450-573	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M LITHIUM SULFATE, 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 25 % W/V PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
7CEI THE ENDONUCLEASE DOMAIN OF COLICIN E7 IN COMPLEX WITH ITS INHIBITOR IM7 PROTEIN 提交 1998-09-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–206（206 aa）片段：ENDONUCLEASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15 MG/ML PROTEIN COMPLEX, 5 MM NA CITRATE, 0.25 M NH4 ACETATE, 10% PEG4000, PH 6.0 VAPOR DIFFUSION AGAINST 22.5% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.270

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–141； UniProt 446–576 作者链 B； PDB构建体 11–141； UniProt 446–576

Colicin-E7

Escherichia coli

UniProt P13479

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–86	突变：H545A	Colicin-E9 immunity protein × 1 （Q47112） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–86	突变：H545A	Colicin-E9 immunity protein × 1 （Q47112） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3GKL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1E0H Inhibitor Protein Im9 bound to its partner E9 DNase 提交 2000-03-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；295 K；压力 1 NMR样品组成 10% WATER/90% D2O	分辨率未提供
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：E41A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1IMP COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, 21 STRUCTURES 提交 1996-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1IMQ COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GYK Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A) 提交 2006-05-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y54F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：V34A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLP R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 D； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gkl
沉积日期 deposition_date	2009-03-11
结构标题 title	Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins
关键词 keywords	;Protein-Protein complex, Structural Genomics, Israel Structural Proteomics Center, ISPC, Bacteriocin immunity, Plasmid, Antibiotic, Antimicrobial, Bacteriocin, Endonuclease, Hydrolase, Metal-binding, Nuclease, Zinc ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.15 Å
零角强度 I(0) i0	38252900.00
分子量 molecular_weight	45683.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56400 Å³
包络体积 envelope_volume	69005 Å³
水化壳体积 shell_volume	25182 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.00 Å
包络 Rg envelope_rg	23.38 Å
形状 Rg shape_rg	23.14 Å
总 Rg total_rg	24.02 Å
总原子数 total_atoms	3213
残基数 n_residues	404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.242
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.956

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin-E9 immunity protein
分子量 formula_weight	16230.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	T20A, N24D, T27A, S28T, V34D, V37I, E41G, K57E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3223

MHHHHHHSMGKRNKPGKATGKGKPVNNKWLNNAGKDLGSPVPDRIANKLRDKEFKSFDDFRKKFWEEVSKDPELSKQFSRNNNDRMKVGKAPKTRTQDVSGKRTSFELHAEKPISQNGGVYDMDNISVVTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E7
分子量 formula_weight	9505.3 kDa
突变 mutation	H545A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MELKHSISDYTEAEFLQLVATICDADATSEEELDKLITHFGEMTEHPSGSDLIYYPEEGDDDSPSGIVNTVKQWRAANGKSGFKQG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3gkla_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d3gklb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d3gklc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d3gkld_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3gklA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	3gklB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	3gklC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	3gklD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.161 Å
晶胞边长 b length_b	67.371 Å
晶胞边长 c length_c	123.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2414
R_work r_work	0.2396
R_free r_free	0.2768

fit	/app/data/saxs_computation/gk/3gkl/3gkl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/3gkl/3gkl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/3gkl/3gkl.dat

Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E9 immunity protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)