3gym

Structure of Prostasin in Complex with Aprotinin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostasin

Homo sapiens

UniProt Q16651

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 45–305 片段:UNP residues 45-305, Peptidase S1 domain 突变:C122S,N127Q,C170S Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.271
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 45–305 片段:UNP residues 45-305, Peptidase S1 domain 突变:C122S,N127Q,C170S Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRSS8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–261; UniProt 45–305 作者链 B; PDB构建体 1–261; UniProt 45–305

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 未记录 Prostasin × 1 (Q16651) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.271
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 36–93 未记录 Prostasin × 1 (Q16651) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;1.6M potassium hydrogen phosphate, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride in an imidazole buffer at pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、264 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 J; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3gym

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3gym
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3gym
沉积日期 deposition_date2009-04-03
结构标题 titleStructure of Prostasin in Complex with Aprotinin
关键词 keywords;Prostasin, hCAP1, channel Activating, Aprotinin, inhibition, Disulfide bond, Pharmaceutical, Protease inhibitor, Secreted, Serine protease inhibitor, Cell membrane, Glycoprotein, Hydrolase, Membrane, Protease, Serine protease, Transmembrane, Zymogen, HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.95
零角强度 I(0) i068596800.00
分子量 molecular_weight64185.0 kDa
排除体积 excluded_volume79843 ų
包络体积 envelope_volume100900 ų
水化壳体积 shell_volume29371 ų
包络直径 envelope_diameter111.5
壳层 Rg shell_rg35.16
包络 Rg envelope_rg30.24
形状 Rg shape_rg29.92
总 Rg total_rg30.53
总原子数 total_atoms4514
残基数 n_residues520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.4
Rg (实空间) rg_real30.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08
I(0) (实空间) i0_real6.8600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68590000.0000
解质量估计 total_estimate0.6417
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis-0.388
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15160000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.706; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3gyma_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3gymb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3gymi_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd3gymj_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3gymA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3gymA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3gymB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3gymB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3gymI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id3gymJ00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)