SAXSdb — 3hib

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1851–2163	片段：Second Sec63 domain: UNP residues 1851-2163 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M Sodium citrate, 17% PEG 8000, 0.2M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HIB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IM1 Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P212121 Form 提交 2009-08-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1839–2163（325 aa）片段：Sec63 unit (UNP residues 1839-2163)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.232
3IM2 Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P41212 Form 提交 2009-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1839–2163（325 aa）片段：Sec63 unit (UNP residues 1839-2163)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.237
3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric	链 N 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
4BGD Crystal structure of Brr2 in complex with the Jab1/MPN domain of Prp8 提交 2013-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 442–2163（1722 aa）片段：RESIDUES 442-2163	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM HEPESNA PH 7.5, 200 MM MGCL2, 32-40% PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.270
5DCA Crystal structure of yeast full length Brr2 in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2015-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 113–2163（2051 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES-NaOH, pH 6.5, 9 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.70 Å
5GAO Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：11-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 4.20 Å
5GAP Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Dodecameric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.	分辨率 3.60 Å
5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.	分辨率 10.00 Å
5LQW yeast activated spliceosome 提交 2016-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric	链 C 1–2163（2163 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
5M52 Crystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2163（2163 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 10.5 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl	分辨率 3.40 Å R-free 0.296
5M52 Crystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 10.5 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl	分辨率 3.40 Å R-free 0.296
5M5P S. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex with the Jab/MPN domain of S. cerevisiae Prp8 提交 2016-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 271–2163（1893 aa）片段：UNP residues 271-2163	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES pH 6.5 9.2% (w/v) PEG 4000 0.4 M MgCl2	分辨率 4.20 Å R-free 0.335
5M5P S. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex with the Jab/MPN domain of S. cerevisiae Prp8 提交 2016-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 271–2163（1893 aa）片段：UNP residues 271-2163	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES pH 6.5 9.2% (w/v) PEG 4000 0.4 M MgCl2	分辨率 4.20 Å R-free 0.335
5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.	分辨率 7.20 Å
5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 D 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric	链 D 1–2163（2163 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7B9V Yeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18/Slu7 bound 提交 2020-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric	链 B 1–2163（2163 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–318； UniProt 1851–2163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hib
沉积日期 deposition_date	2009-05-19
结构标题 title	Crystal structure of the second Sec63 domain of yeast Brr2
关键词 keywords	RNA helicase, ATP-binding, Helicase, mRNA processing, mRNA splicing, Nucleotide-binding, Nucleus, Spliceosome, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.00 Å
零角强度 I(0) i0	20482800.00
分子量 molecular_weight	35380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44674 Å³
包络体积 envelope_volume	52780 Å³
水化壳体积 shell_volume	21176 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.54 Å
包络 Rg envelope_rg	21.38 Å
形状 Rg shape_rg	21.01 Å
总 Rg total_rg	21.86 Å
总原子数 total_atoms	2482
残基数 n_residues	306
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5508000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3hibA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3380 — Sec63 N-terminal domain-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec63 N-terminal domain-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.153 Å
晶胞边长 b length_b	75.678 Å
晶胞边长 c length_c	83.955 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2570

描述 description	Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
分子量 formula_weight	36278.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2674

Crystal structure of the second Sec63 domain of yeast Brr2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

fit	/app/data/saxs_computation/hi/3hib/3hib.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/3hib/3hib.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/3hib/3hib.dat