Plexin-B1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 X； UniProt 1511–2135 | 片段：Cytoplasmic domain (UNP residues 1511-2135) 突变：S1625T | Unknown peptide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 19 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% peg-2000 mme, 0.1M TRIS, 0.2M TMAO, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K | 分辨率 2.40 Å R-free 0.262 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3HM6 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2JPH NMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human plexin-b1 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Sequence database residues 1743-1862
|
突变：W1830F | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
1.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90%H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2OS6 Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1 提交 2007-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2128–2135（8 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1
NMR样品组成
0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O
NMR样品组成
0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O | 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2R2O Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1 提交 2007-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Effector domain: Residues 1743-1862
链 B
1743–1862（120 aa）
片段：Effector domain: Residues 1743-1862
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2.6M Sodium chloride, 18% Ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.269 |
| 2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
链 C
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
链 C
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 60 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
链 C
1743–1862（120 aa）
片段：Residues 1743-1862
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 3OL2 Receptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1. 提交 2010-08-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
20–535（516 aa）
片段：Extracellular domainsl (1-2)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.1 M Tris,0.2 M calcium acetate, 6% v/v glycerol, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.237 |
| 3SU8 Crystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 X
1533–2135（603 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.39 Å R-free 0.264 |
| 3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.39 Å R-free 0.264 |
| 3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.39 Å R-free 0.264 |
| 3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
链 E
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
链 F
1511–2135（625 aa）
片段：UNP residues 1533-2135
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.39 Å R-free 0.264 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
20–535（516 aa）
片段：UNP residues 20-535
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.265 |
| 7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
19–535（517 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.226 |
| 7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
19–535（517 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.226 |
| 7VG7 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m6A9 peptide 提交 2021-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
19–535（517 aa）
|
突变：T19S | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES or HEPES, 14-16% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.243 |
| 8B3K Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state 提交 2022-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
20–535（516 aa）
链 B
20–535（516 aa）
|
未记录 | CD CADMIUM ION × 14 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；1.0 M sodium acetate, 0.2 M cadmium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.245 |
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| UniProt名称 | PLXB1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 X； PDB构建体 20–644； UniProt 1511–2135 |