3iam

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus, reduced, 2 mol/ASU, with bound NADH

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-quinone oxidoreductase subunit 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO1_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–438； UniProt 1–438 作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 1–438

NADH-quinone oxidoreductase subunit 2

物种未注明

UniProt Q56221

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO2_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 B； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

NADH-quinone oxidoreductase subunit 3

物种未注明

UniProt Q56223

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO3_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–783； UniProt 1–783 作者链 C； PDB构建体 1–783； UniProt 1–783

NADH-quinone oxidoreductase subunit 4

物种未注明

UniProt Q56220

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO4_THET8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–409； UniProt 1–409 作者链 D； PDB构建体 1–409； UniProt 1–409

NADH-quinone oxidoreductase subunit 5

物种未注明

UniProt Q56219

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO5_THET8
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 5； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 E； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207

NADH-quinone oxidoreductase subunit 6

物种未注明

UniProt Q56218

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO6_THET8
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 F； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

NADH-quinone oxidoreductase subunit 9

物种未注明

UniProt Q56224

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 15 × 1 （Q5SKZ7） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO9_THET8
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 9； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 G； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

NADH-quinone oxidoreductase subunit 15

物种未注明

UniProt Q5SKZ7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 6 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1 × 1 （Q56222） NADH-quinone oxidoreductase subunit 2 × 1 （Q56221） NADH-quinone oxidoreductase subunit 3 × 1 （Q56223） NADH-quinone oxidoreductase subunit 4 × 1 （Q56220） NADH-quinone oxidoreductase subunit 5 × 1 （Q56219） NADH-quinone oxidoreductase subunit 6 × 1 （Q56218） NADH-quinone oxidoreductase subunit 9 × 1 （Q56224） IRON/SULFUR CLUSTER × 7 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NQO15_THET8
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 7； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 H； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iam
沉积日期 deposition_date	2009-07-14
结构标题 title	Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus, reduced, 2 mol/ASU, with bound NADH
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT, RESPIRATORY CHAIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iam__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iam__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.32 Å
Rg（电子密度）	43.33 Å
总 Rg	43.26 Å
原子数	18804
残基数	2369
排除体积	336200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iam__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iam__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
分子量 formula_weight	48693.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,A
原子数 atom_count	37606

MTGPILSGLDPRFERTLYAHVGKEGSWTLDYYLRHGGYETAKRVLKEKTPDEVIEEVKRSGLRGRGGAGFPTGLKWSFMPKDDGKQHYLICNADESEPGSFKDRYILEDVPHLLIEGMILAGYAIRATVGYIYVRGEYRRAADRLEQAIKEARARGYLGKNLFGTDFSFDLHVHRGAGAYICGEETALMNSLEGLRANPRLKPPFPAQSGLWGKPTTINNVETLASVVPIMERGADWFAQMGTEQSKGMKLYQISGPVKRPGVYELPMGTTFRELIYEWAGGPLEPIQAIIPGGSSTPPLPFTEEVLDTPMSYEHLQAKGSMLGTGGVILIPERVSMVDAMWNLTRFYAHESCGKCTPCREGVAGFMVNLFAKIGTGQGEEKDVENLEALLPLIEGRSFCPLADAAVWPVKGSLRHFKDQYLALAREKRPVPRPSLWR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 2
分子量 formula_weight	20309.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,B

MGFFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVEV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 3
分子量 formula_weight	86656.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,C

MVRVKVNDRIVEVPPGTSVMDAVFHAGYDVPLFCSEKHLSPIGACRMCLVRIGLPKKGPDGKPLLNEKGEPEIQWQPKLAASCVTAVADGMVVDTLSDVVREAQAGMVEFTLLNHPLDCPTCDKGGACELQDRTVEYGLYEKYYQKGPLELPVYTRFEFTRRHVDKHHPLSPFVILDRERCIHCKRCVRYFEEVPGDEVLDFIERGVHTFIGTMDFGLPSGFSGNITDICPVGALLDLTARFRARNWEMEETPTTCALCPVGCGITADTRSGELLRIRAREVPEVNEIWICDAGRFGHEWADQNRLKTPLVRKEGRLVEATWEEAFLALKEGLKEARGEEVGLYLAHDATLEEGLLASELAKALKTPHLDFQGRTAAPASLFPPASLEDLLQADFALVLGDPTEEAPILHLRLSEFVRDLKPPHRYNHGTPFADLQIKERMPRRTDKMALFAPYRAPLMKWAAIHEVHRPGEEREILLALLGDKEGSEMVAKAKEAWEKAKNPVLILGAGVLQDTVAAERARLLAERKGAKVLAMTPAANARGLEAMGVLPGAKGASWDEPGALYAYYGFVPPEEALKGKRFVVMHLSHLHPLAERYAHVVLPAPTFYEKRGHLVNLEGRVLPLSPAPIENGEAEGALQVLALLAEALGVRPPFRLHLEAQKALKARKVPEAMGRLSFRLKELRPKERKGAFYLRPTMWKAHQAVGKAQEAARAELWAHPETARAEALPEGAQVAVETPFGRVEARVVHREDVPKGHLYLSALGPAAGLRVEGRVLVPAGGEA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 4
分子量 formula_weight	46428.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4,D

MREEFLEEIPLDAPPEEAKELRTEVMTLNVGPQHPSTHGVLRLMVTLSGEEVLEVVPHIGYLHTGFEKTMEHRTYLQNITYTPRMDYLHSFAHDLAYALAVEKLLGAVVPPRAETIRVILNELSRLASHLVFLGTGLLDLGALTPFFYAFRERETILDLFEWVTGQRFHHNYIRIGGVKEDLPEEFVPELKKLLEVLPHRIDEYEALFAESPIFYERARGVGVIPPEVAIDLGLTGGSLRASGVNYDVRKAYPYSGYETYTFDVPLGERGDVFDRMLVRIREMRESVKIIKQALERLEPGPVRDPNPQITPPPRHLLETSMEAVIYHFKHYTEGFHPPKGEVYVPTESARGELGYYIVSDGGSMPYRVKVRAPSFVNLQSLPYACKGEQVPDMVAIIASLDPVMGDVDR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 5
分子量 formula_weight	23893.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5,E

MRLERVLEEARAKGYPIEDNGLGNLWVVLPRERFKEEMAHYKAMGFNFLADIVGLDYLTYPDPRPERFAVVYELVSLPGWKDGDGSRFFVRVYVPEEDPRLPTVTDLWGSANFLEREVYDLFGIVFEGHPDLRKILTPEDLEGHPLRKDYPLGETPTLFREGRYIIPAEFRAALTGKDPGLTFYKGGSRKGYRSLWADLKKAREVKG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 6
分子量 formula_weight	20262.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6,F

MALKDLFERDVQELEREGILFTTLEKLVAWGRSNSLWPATFGLACCAIEMMASTDARNDLARFGSEVFRASPRQADVMIVAGRLSKKMAPVMRRVWEQMPDPKWVISMGACASSGGMFNNYAIVQNVDSVVPVDVYVPGCPPRPEALIYAVMQLQKKVRGQAYNERGERLPPVAAWKRTRG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 9
分子量 formula_weight	20106.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9,G

MTLKALAQSLGITLKYLFSKPVTVPYPDAPVALKPRFHGRHVLTRHPNGLEKCIGCSLCAAACPAYAIYVEPAENDPENPVSAGERYAKVYEINMLRCIFCGLCEEACPTGAIVLGYDFEMADYEYSDLVYGKEDMLVDVVGTKPQRREAKRTGKPVKVGYVVPYVRPELEGFKAPTEGGKR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	NADH-quinone oxidoreductase subunit 15
分子量 formula_weight	14812.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7,H

MSASSERELYEAWVELLSWMREYAQAKGVRFEKEADFPDFIYRMERPYDLPTTIMTASLSDGLGEPFLLADVSPRHAKLKRIGLRLPRAHIHLHAHYEPGKGLVTGKIPLTKERFFALADRAREALAFA

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 46 domains

SCOP 2.08 (26 domains)

结构域编号 domain_id	d3iam11
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.142 — Nqo1 FMN-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.142.1 — Nqo1 FMN-binding domain-like
家族 Family family	c.142.1.1 — Nqo1 FMN-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3iam12
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.13 — Nqo1 middle domain-like
家族 Family family	d.15.13.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iam13
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.12 — Nqo1C-terminal domain-like
家族 Family family	a.29.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iam2_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.21 — NQO2-like

结构域编号 domain_id	d3iam31
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iam32
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iam33
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d3iam34
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iam4_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.2 — Nqo4-like

结构域编号 domain_id	d3iam5_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.307 — Nqo5-like
超家族 Superfamily superfamily	d.307.1 — Nqo5-like
家族 Family family	d.307.1.1 — Nqo5-like

结构域编号 domain_id	d3iam6_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.2 — Nq06-like

结构域编号 domain_id	d3iam7_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.82 — N domain of copper amine oxidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.82.2 — Frataxin/Nqo15-like
家族 Family family	d.82.2.2 — Nqo15-like

结构域编号 domain_id	d3iam9_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d3iama1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.142 — Nqo1 FMN-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.142.1 — Nqo1 FMN-binding domain-like
家族 Family family	c.142.1.1 — Nqo1 FMN-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3iama2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.13 — Nqo1 middle domain-like
家族 Family family	d.15.13.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iama3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.12 — Nqo1C-terminal domain-like
家族 Family family	a.29.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iamb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.21 — NQO2-like

结构域编号 domain_id	d3iamc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iamc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iamc3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d3iamc4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iamd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.2 — Nqo4-like

结构域编号 domain_id	d3iame_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.307 — Nqo5-like
超家族 Superfamily superfamily	d.307.1 — Nqo5-like
家族 Family family	d.307.1.1 — Nqo5-like

结构域编号 domain_id	d3iamf_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.2 — Nq06-like

结构域编号 domain_id	d3iamg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d3iamh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.82 — N domain of copper amine oxidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.82.2 — Frataxin/Nqo15-like
家族 Family family	d.82.2.2 — Nqo15-like

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3iam101
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 —

结构域编号 domain_id	3iam102
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11540 — NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit

结构域编号 domain_id	3iam103
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	3iam104
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1440 — de novo design (two linked rop proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain

结构域编号 domain_id	3iam201
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1590 — NADH-quinone oxidoreductase subunit E

结构域编号 domain_id	3iam202
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3iam400
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	3iam600
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12280 —

结构域编号 domain_id	3iam700
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — NADH-quinone oxidoreductase, subunit 15

结构域编号 domain_id	3iam900
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3270 —

结构域编号 domain_id	3iamA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 —

结构域编号 domain_id	3iamA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11540 — NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit

结构域编号 domain_id	3iamA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	3iamA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1440 — de novo design (two linked rop proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain

结构域编号 domain_id	3iamB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1590 — NADH-quinone oxidoreductase subunit E

结构域编号 domain_id	3iamB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3iamD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	3iamF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12280 —

结构域编号 domain_id	3iamG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3270 —

结构域编号 domain_id	3iamH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	920 — Metal Transport, Frataxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — NADH-quinone oxidoreductase, subunit 15

▶

晶胞边长 a length_a	109.002 Å
晶胞边长 b length_b	151.015 Å
晶胞边长 c length_c	216.624 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.07 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	29.571 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2620

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex I from Thermus thermophilus, reduced, 2 mol/ASU, with bound NADH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH-quinone oxidoreductase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-quinone oxidoreductase subunit 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iam__assembly_1__model_1

3iam__assembly_1__model_1 | I(q)

3iam__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer