3iqm

Active site mutants of B. subtilis SecA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit secA

Bacillus subtilis subsp. subtilis

UniProt P28366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–802 片段:UNP residues 1-802 突变:E208Q SO4 SULFATE ION × 22 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;299 K;20 mM BES pH 7.0, 2.12 M Ammonium sulfate, 31% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K 分辨率 3.40 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SECA_BACSU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–802; UniProt 1–802

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3iqm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3iqm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3iqm
沉积日期 deposition_date2009-08-20
结构标题 titleActive site mutants of B. subtilis SecA
关键词 keywords;alpha-beta protein, ATP-binding, Cell membrane, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Protein transport, Translocation, Transport ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.17
零角强度 I(0) i0143595000.00
分子量 molecular_weight92283.0 kDa
排除体积 excluded_volume114200 ų
包络体积 envelope_volume151990 ų
水化壳体积 shell_volume38961 ų
包络直径 envelope_diameter110.8
壳层 Rg shell_rg39.14
包络 Rg envelope_rg33.13
形状 Rg shape_rg33.17
总 Rg total_rg33.65
总原子数 total_atoms6456
残基数 n_residues802
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.0
Rg (实空间) rg_real33.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real1.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8836
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.522
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33080000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.865

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id3iqmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3iqmA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1440 — Pre-protein croslinking domain of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SecA, preprotein cross-linking domain
结构域编号 domain_id3iqmA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3iqmA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3060 — Helical scaffold and wing domains of SecA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helical scaffold and wing domains of SecA
结构域编号 domain_id3iqmA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)