Protein translocase subunit secA
Bacillus subtilis subsp. subtilis
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–802 | 片段:UNP residues 1-802 突变:E208Q | SO4 SULFATE ION × 22 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;299 K;20 mM BES pH 7.0, 2.12 M Ammonium sulfate, 31% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K | 分辨率 3.40 Å R-free 0.267 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3IQM | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1M6N Crystal structure of the SecA translocation ATPase from Bacillus subtilis 提交 2002-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–802(802 aa)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 14 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;299 K;2 M ammonium sulfate, 30% glycerol, 1 mM DTT, 100 mM BES, pH 7.0,
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 299K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.301 |
| 1M74 Crystal structure of Mg-ADP-bound SecA from Bacillus subtilis 提交 2002-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–802(802 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;299 K;5 mM ADP, 5 mM MgCl, 2 M ammonium sulfate, 30% glycerol, 1 mM DTT, 100 mM BES,
pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 299K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.291 |
| 1TF2 Crystal structure of SecA:ADP in an open conformation from Bacillus Subtilis 提交 2004-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–841(841 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M HEPES, 250mM Magnesium Acetate, 7-12% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.292 |
| 1TF5 Crystal structure of SecA in an open conformation from Bacillus Subtilis 提交 2004-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–841(841 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;0.1M HEPES, 250mM Magnesium Acetate, 7-12% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.273 |
| 2IBM A novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA 提交 2006-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–780(780 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.8;301 K;1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.323 |
| 2IBM A novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA 提交 2006-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
1–780(780 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.8;301 K;1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.323 |
| 2IBM A novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA 提交 2006-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–780(780 aa)
链 B
1–780(780 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.8;301 K;1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.323 |
| 2IBM A novel dimer interface and conformational changes revealed by an X-ray structure of B. subtilis SecA 提交 2006-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–780(780 aa)
链 B
1–780(780 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.8;301 K;1.8 M malonate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 301K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.323 |
| 3DL8 Structure of the complex of aquifex aeolicus SecYEG and bacillus subtilis SecA 提交 2008-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–779(779 aa)
片段:UNP residues 1-779
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;26-28% (w/v) PEG 3350 and 250mM lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 7.50 Å R-free 0.390 |
| 3DL8 Structure of the complex of aquifex aeolicus SecYEG and bacillus subtilis SecA 提交 2008-06-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 B
1–779(779 aa)
片段:UNP residues 1-779
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;26-28% (w/v) PEG 3350 and 250mM lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 7.50 Å R-free 0.390 |
| 3IQY Active site mutants of B. subtilis SecA 提交 2009-08-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–841(841 aa)
|
突变:E208Q, R489K | SO4 SULFATE ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;299 K;20 mM BES pH 7.0, 2.1 M Ammonium sulfate, 32 % Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.269 |
| 5EUL Structure of the SecA-SecY complex with a translocating polypeptide substrate 提交 2015-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–742(742 aa)
链 A
744–780(37 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 18 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;21-24% polyethylene glycol 1500, 100mM Tris-HCl pH8.5, 50-100 mM MgAc2, 2% 2-methyl-2,4-pentandiol
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.315 |
| 6ITC Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine 提交 2018-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric |
链 A
1–780(780 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.45 Å |
| 7XHA Structure of the SecA/SecYE/proOmpA(4Y)-sfGFP complex with ADP.BeF3-. 提交 2022-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 7XHB Structure of the SecA/SecYE/proOmpA(4Y)-sfGFP complex with ADP 提交 2022-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8Y9Y Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C) 提交 2024-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 8Y9Z Structure of the SecA-SecY complex with the substrate HmBRI-3TM 提交 2024-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8YA0 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) 提交 2024-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric |
链 A
14–778(765 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 8YA2 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+20C) 提交 2024-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |
| 8YAS Structure of the SecA-SecY complex with the substrate HmBRI-7TM 提交 2024-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–778(778 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | SECA_BACSU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–802; UniProt 1–802 |