3ivb

Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–166	片段：UNP residues 28-166	Core histone macro-H2A.1 × 1 （O75367） ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3IVB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CR2 Solution structure of N-terminal domain of speckle-type POZ protein 提交 2005-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–173（146 aa）片段：math domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.25mM math domain U-13C,15N; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3HQI Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329 链 B 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329	突变：D140G 突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.62 Å R-free 0.275
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQL Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases:SPOPMATHx-PucSBC1_pep2 提交 2009-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.66 Å R-free 0.258
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HQM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2 提交 2009-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å R-free 0.218
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–166（139 aa）链 B 28–166（139 aa）	突变：D140G 突变：D140G	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.43 Å R-free 0.206
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329 链 B 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HTM Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box 提交 2009-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329 链 D 172–329（158 aa）片段：UNP residues 172-329	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3HU6 Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx/BTB/3-box-PucSBC1 提交 2009-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329 链 B 28–329（302 aa）片段：UNP residues 28-329	突变：D140G 突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVQ Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-CiSBC2 提交 2009-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；298 K；28% PME 550, 0.1 M BTP, Cryoprotection: 35% PME 550, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
3IVV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-PucSBC1_pep1 提交 2009-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；22% PME 550, 0.1 M HEPES, Cryoprotection: 30% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.199
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 177–319（143 aa）片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319 链 C 177–319（143 aa）片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 177–319（143 aa）片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4EOZ Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain 提交 2012-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 177–319（143 aa）片段：BTB domain from SPOP, unp residues 177-319	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
4HS2 Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain 提交 2012-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 270–374（105 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 270-374)	突变：L273D, L282D, L285K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.53 Å R-free 0.151
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 169–374（206 aa）片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374	突变：Y353E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4J8Z Crystal Structure of the Human SPOP BTB Domain 提交 2013-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 169–374（206 aa）片段：SPOP BTB domain, UNP residues 178-374	突变：Y353E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；32% PEG3350, 17% isopropanol, 0.1M tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.42 Å R-free 0.255
4O1V SPOP Promotes Tumorigenesis by Acting as a Key Regulatory Hub in Kidney Cancer 提交 2013-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：MATH domain (UNP residues 28-166)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 100 mM sodium malonate, 36% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
6F8F Co-crystal structure of SPOP MATH domain and human Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 6.5, 10% (w/v) PEG6000 (final pH 7.0)	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–166（139 aa）链 B 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6F8G Co-crystal structure of SPOP MATH domain and hamster Pdx1 fragment 提交 2017-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 D 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M Imidazole-HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG-4000	分辨率 2.03 Å R-free 0.262
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–166（139 aa）	突变：E47K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–166（139 aa）	突变：M117V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–166（139 aa）链 E 28–166（139 aa）	突变：D140N 突变：D140N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–166（139 aa）链 G 28–166（139 aa）	突变：D140N 突变：D140N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7D3D Crystal structure of SPOP bound with a peptide 提交 2020-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）片段：UNP residues 28-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；200 mM sodium acetate trihydrate, pH 7.0, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7KLZ Structure of SPOP MATH domain in complex with a Geminin peptide 提交 2020-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；One microliter of the protein complex in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 50 mM NaCl and 5 mM dithiothreitol was mixed with on microliter of 0.2 M ammonium citrate dibasic and 20% (W/V) PEG 3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4	分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIP X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：D140G	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4. Two ul of the protein at 24 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with 2 ul of the reservoir solution. The reservoir solution was 0.5 ml.	分辨率 1.48 Å R-free 0.205
7LIQ X-ray structure of SPOP MATH domain (S119A) 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–166（138 aa）片段：MATH domain	突变：S119A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the SPOP MATH S119A at 20 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3,350).	分辨率 1.98 Å R-free 0.225
8DWS Full-length E47K SPOP 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 G 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）	突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K 突变：E47K	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
8DWT SPOP W22R Form 2 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）链 E 2–374（373 aa）链 F 2–374（373 aa）链 G 2–374（373 aa）链 H 2–374（373 aa）链 I 2–374（373 aa）链 J 2–374（373 aa）链 K 2–374（373 aa）链 L 2–374（373 aa）	突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8DWU SPOP W22R Form 1 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 C 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）链 I 1–374（374 aa）链 J 1–374（374 aa）	突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R 突变：W22R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8DWV Full-length wild type SPOP 提交 2022-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 E 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 G 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9HFV MyD88 peptide_2 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.214
9HGG SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
9OUT SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–374（374 aa）链 B 1–374（374 aa）链 C 1–374（374 aa）链 D 1–374（374 aa）链 E 1–374（374 aa）链 F 1–374（374 aa）链 G 1–374（374 aa）链 H 1–374（374 aa）链 I 1–374（374 aa）链 J 1–374（374 aa）链 K 1–374（374 aa）链 L 1–374（374 aa）链 M 1–374（374 aa）链 N 1–374（374 aa）链 P 1–374（374 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9OUU SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 C 1–373（373 aa）链 D 1–373（373 aa）链 E 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 G 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）链 I 1–373（373 aa）链 J 1–373（373 aa）链 K 1–373（373 aa）链 L 1–373（373 aa）链 M 1–373（373 aa）链 N 1–373（373 aa）链 P 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9OUW SPOP double donut locally refined MATH domains 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–373（373 aa）链 B 1–373（373 aa）链 D 1–373（373 aa）链 F 1–373（373 aa）链 H 1–373（373 aa）链 I 1–373（373 aa）链 J 1–373（373 aa）链 L 1–373（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPOP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–145； UniProt 28–166

Core histone macro-H2A.1

物种未注明

UniProt O75367

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 167–181	未记录	Speckle-type POZ protein × 1 （O43791） ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3IVB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U35 Crystal structure of the nucleosome core particle containing the histone domain of macroH2A 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–120（120 aa）链 G 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
1ZR5 Crystal structure of the macro-domain of human core histone variant macroH2A1.2 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–372（212 aa）片段：non-histone macro-domain (Residues: 161-372)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG 5000MME 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.92 Å R-free 0.277
1ZR5 Crystal structure of the macro-domain of human core histone variant macroH2A1.2 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 161–372（212 aa）片段：non-histone macro-domain (Residues: 161-372)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG 5000MME 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.92 Å R-free 0.277
2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–119（119 aa）片段：residues 0-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 171–186（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.43 Å R-free 0.206
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 182–366（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 182–366（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2AY_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–15； UniProt 167–181

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ivb
沉积日期 deposition_date	2009-08-31
结构标题 title	Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1
关键词 keywords	;Protein Binding/Hydrolase, Nucleus, Ubl conjugation pathway, Alternative splicing, Chromatin regulator, Chromosomal protein, DNA-binding, Isopeptide bond, Methylation, Nucleosome core, Phosphoprotein, Ubl conjugation, protein binding, ligase ;; protein binding, ligase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.12 Å
零角强度 I(0) i0	5657280.00
分子量 molecular_weight	17047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21181 Å³
包络体积 envelope_volume	23938 Å³
水化壳体积 shell_volume	13485 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.84 Å
包络 Rg envelope_rg	15.49 Å
形状 Rg shape_rg	14.99 Å
总 Rg total_rg	16.51 Å
总原子数 total_atoms	1180
残基数 n_residues	148
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.2 Å
Rg (实空间) rg_real	16.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6570e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4070e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5657000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8989
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.200
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	812000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Speckle-type POZ protein
分子量 formula_weight	16544.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1307

GSGGSGKVVKFSYMWTINNFSFCREEMGEVIKSSTFSSGANDKLKWCLRVNPKGLDEESKDYLSLYLLLVSCPKSEVRAKFKFSILNAKGEETKAMESQRAYRFVQGKDWGFKKFIRRDFLLDEANGLLPDDKLTLFCEVSVVQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Core histone macro-H2A.1
分子量 formula_weight	1422.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

KAASADSTTEGTPAD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3ivba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.8 — TRAF domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.8.1 — TRAF domain-like
家族 Family family	b.8.1.1 — MATH domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3ivbA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.021 Å
晶胞边长 b length_b	44.021 Å
晶胞边长 c length_c	266.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	37.740 Å
R 因子 r_factor	0.2196
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2473

fit	/app/data/saxs_computation/iv/3ivb/3ivb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iv/3ivb/3ivb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iv/3ivb/3ivb.dat

Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Core histone macro-H2A.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)