3kfd

Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	TGF-beta receptor type-2 × 2 （P37173） TGF-beta receptor type-1 × 2 （P36897） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	TGF-beta receptor type-2 × 2 （P37173） TGF-beta receptor type-1 × 2 （P36897） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	TGF-beta receptor type-2 × 4 （P37173） TGF-beta receptor type-1 × 4 （P36897） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 C； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 279–390

TGF-beta receptor type-2

Homo sapiens

UniProt P37173

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） TGF-beta receptor type-1 × 2 （P36897） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） TGF-beta receptor type-1 × 2 （P36897） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Transforming growth factor beta-1 × 4 （P01137） TGF-beta receptor type-1 × 4 （P36897） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–116； UniProt 38–153 作者链 F； PDB构建体 1–116； UniProt 38–153 作者链 G； PDB构建体 1–116； UniProt 38–153 作者链 H； PDB构建体 1–116； UniProt 38–153

TGF-beta receptor type-1

Homo sapiens

UniProt P36897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） TGF-beta receptor type-2 × 2 （P37173） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Transforming growth factor beta-1 × 2 （P01137） TGF-beta receptor type-2 × 2 （P37173） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Transforming growth factor beta-1 × 4 （P01137） TGF-beta receptor type-2 × 4 （P37173） water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–85； UniProt 31–115 作者链 J； PDB构建体 1–85； UniProt 31–115 作者链 K； PDB构建体 1–85； UniProt 31–115 作者链 L； PDB构建体 1–85； UniProt 31–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kfd
沉积日期 deposition_date	2009-10-27
结构标题 title	Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily
关键词 keywords	;TGF-beta, TGF-b1, TGF-beta receptor type-1, TGF-beta receptor type-2, TbRII, TbRI, Growth factor, Receptor, Serine/threonine-protein kinase, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex ;; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kfd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kfd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.70 Å
Rg（电子密度）	35.30 Å
总 Rg	35.23 Å
原子数	4531
残基数	575
排除体积	80713 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kfd__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kfd__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3kfd__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transforming growth factor beta-1
分子量 formula_weight	12809.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9151

ALDTNYCFSSTEKNCCVRQLYIDFRKDLGWKWIHEPKGYHANFCLGPCPYIWSLDTQYSKVLALYNQHNPGASAAPCCVPQALEPLPIVYYVGRKPKVEQLSNMIVRSCKCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TGF-beta receptor type-2
分子量 formula_weight	13225.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

VTDNNGAVKFPQLCKFCDVRFSTCDNQKSCMSNCSITSICEKPQEVCVAVWRKNDENITLETVCHDPKLPYHDFILEDAASPKCIMKEKKKPGETFFMCSCSSDECNDNIIFSEEY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TGF-beta receptor type-1
分子量 formula_weight	9330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

ATALQCFCHLCTKDNFTCVTDGLCFVSVTETTDKVIHNSMCIAEIDLIPRDRPFVCAPSSKTGSVTTTYCCNQDHCNKIELPTTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3kfda_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d3kfdb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d3kfdc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d3kfdd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d3kfde_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d3kfdf_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d3kfdg_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

结构域编号 domain_id	d3kfdh_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3kfdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3kfdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3kfdC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3kfdD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3kfdE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	3kfdL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

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晶胞边长 a length_a	37.700 Å
晶胞边长 b length_b	99.350 Å
晶胞边长 c length_c	102.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.01 °
晶胞夹角 β angle_beta	84.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	84.34 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.995 Å
最低分辨率 resolution_low	46.080 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2680

Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TGF-beta receptor type-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TGF-beta receptor type-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kfd__assembly_2__model_1

3kfd__assembly_2__model_1 | I(q)

3kfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TGF-beta receptor type-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TGF-beta receptor type-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kfd__assembly_2__model_1

3kfd__assembly_2__model_1 | I(q)

3kfd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)