SAXSdb — 3l4k

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 4 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 421–1177	片段：RESIDUES 421-1177 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(PCPCPTPAPCPTPGPCPTPAPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPCPGPGPTPAPGPCPAPGPTPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPGPAPTPGPAPCPGPAPTP)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPCPGPAPAPTPCPGPTPCPAPTPCPC)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 8 TSP 3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% 1,4-BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.98 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3L4K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BGW TOPOISOMERASE RESIDUES 410-1202, 提交 1996-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 409–1201（793 aa）片段：RESIDUES 410 - 1202	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
1BJT TOPOISOMERASE II RESIDUES 409-1201 提交 1998-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 409–1201（793 aa）片段：DNA-BINDING AND CLEAVAGE CORE, RESIDUES 409-1201	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
1PVG Crystal Structure of the ATPase region of Saccharomyces Cerevisiae topoisomerase II 提交 2003-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase region 链 B 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase region	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 6.5；293 K；PEG 1500, Potassium Chloride, Glycerol, Sodium Cacodylate, pH 6.5, microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1QZR CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATPASE REGION OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE TOPOISOMERASE II BOUND TO ICRF-187 (DEXRAZOXANE) 提交 2003-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase Region 链 B 1–413（413 aa）片段：N-terminal ATPase Region	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 CDX (S)-4,4'-(1-METHYL-1,2-ETHANEDIYL)BIS-2,6-PIPERAZINEDIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 6.5；293 K；PEG 1500, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, microbatch under oil, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
2RGR Topoisomerase IIA bound to G-segment DNA 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 419–1177（759 aa）片段：DNA binding and cleavage domain (residues 419-1177)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；12-20% PEG 1000, 100-250 mM MgCl2, 100 mM sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3L4J Topoisomerase II-DNA cleavage complex, apo 提交 2009-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 421–1177（757 aa）片段：RESIDUES 421-1177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TSP 3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；20% 1,4-BUTANEDIOL, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.48 Å R-free 0.259
4GFH Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex 提交 2012-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：decameric	链 A 1–1177（1177 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1177 链 F 1–1177（1177 aa）片段：UNP RESIDUES 1-1177	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；23% PEG 300, 100 mM Tris (8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 4.41 Å R-free 0.275

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–757； UniProt 421–1177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l4k
沉积日期 deposition_date	2009-12-20
结构标题 title	Topoisomerase II-DNA cleavage complex, metal-bound
关键词 keywords	;TOPOISOMERASE, PROTEIN-DNA COMPLEX, COVALENTLY LINKED COMPLEX, DNA SUPERCOILING, DNA REPLICATION, ATP-binding, DNA-binding, Isomerase, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Isomerase-DNA complex ;; Isomerase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.68 Å
零角强度 I(0) i0	143824000.00
分子量 molecular_weight	92486.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114350 Å³
包络体积 envelope_volume	151840 Å³
水化壳体积 shell_volume	40751 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.89 Å
包络 Rg envelope_rg	32.05 Å
形状 Rg shape_rg	31.68 Å
总 Rg total_rg	32.17 Å
总原子数 total_atoms	6466
残基数 n_residues	746
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8727
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.894

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 2
分子量 formula_weight	88025.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7028

SRITNYPKLEDANKAGTKEGYKCTLVLTEGDSALSLAVAGLAVVGRDYYGCYPLRGKMLNVREASADQILKNAEIQAIKKIMGLQHRKKYEDTKSLRYGHLMIMTDQDHDGSHIKGLIINFLESSFPGLLDIQGFLLEFITPIIKVSITKPTKNTIAFYNMPDYEKWREEESHKFTWKQKYYKGLGTSLAQEVREYFSNLDRHLKIFHSLQGNDKDYIDLAFSKKKADDRKEWLRQYEPGTVLDPTLKEIPISDFINKELILFSLADNIRSIPNVLDGFKPGQRKVLYGCFKKNLKSELKVAQLAPYVSECTAYHHGEQSLAQTIIGLAQNFVGSNNIYLLLPNGAFGTRATGGKDAAAARYIYTELNKLTRKIFHPADDPLYKYIQEDEKTVEPEWYLPILPMILVNGAEGIGTGWSTYIPPFNPLEIIKNIRHLMNDEELEQMHPWFRGWTGTIEEIEPLRYRMYGRIEQIGDNVLEITELPARTWTSTIKEYLLLGLSGNDKIKPWIKDMEEQHDDNIKFIITLSPEEMAKTRKIGFYERFKLISPISLMNMVAFDPHGKIKKYNSVNEILSEFYYVRLEYYQKRKDHMSERLQWEVEKYSFQVKFIKMIIEKELTVTNKPRNAIIQELENLGFPRFNKEGKPYYGSPNDEIAEQINDVKGATSDEEDEESSHEDTENVINGPEELYGTYEYLLGMRIWSLTKERYQKLLKQKQEKETELENLLKLSAKDIWNTDLKAFEVGYQEFLQRDAEAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPTPAPCPTPGPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3269.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCTACTGCTAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPGPGPTPAPGPCPAPGPTPAPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4675.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CGCGGTAGCAGTAGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPAPTPGPAPCPGPAPTP*)-3') ;
分子量 formula_weight	3109.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGATGACGAT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPGPAPAPTPCPGPTPCPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4529.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CGCGAATCGTCATCC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3'-THIO-THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	338.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3l4ka_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.11 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.11.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
家族 Family family	e.11.1.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3l4kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	3l4kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3l4kA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	3l4kA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3l4kA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	86.064 Å
晶胞边长 b length_b	91.851 Å
晶胞边长 c length_c	115.939 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	49.023 Å
R 因子 r_factor	0.2408
R_work r_work	0.2391
R_free r_free	0.2733

fit	/app/data/saxs_computation/l4/3l4k/3l4k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l4/3l4k/3l4k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l4/3l4k/3l4k.dat

Topoisomerase II-DNA cleavage complex, metal-bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)