SAXSdb — 3m8b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 transporter btuB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–614	突变：V10R1A	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；2.5% PEG3350,20 mM Bis Tris, 150 mM Magnesium acetate, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.44 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3M8B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NQE OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI 提交 2003-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, magnesium acetate, bis-tris, n-octyl tetraoxyethylene , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1NQF OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, METHIONINE SUBSTIUTION CONSTRUCT FOR SE-MET SAD PHASING 提交 2003-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	突变：W317M, K319M, T321M, W516M, I518M, Y520M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHELYENE, tris-(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.288
1NQG OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM 提交 2003-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.31 Å R-free 0.259
1NQH OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI, WITH BOUND CALCIUM AND CYANOCOBALAMIN (VITAMIN B12) SUBSTRATE 提交 2003-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；PEG 3350, MAGNESIUM ACETATE, BIS-TRIS, N-OCTYL TETRAOXYETHYLENE, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.265
1UJW Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain 提交 2003-08-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	GP1 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 LIM 3-OXO-PENTADECANOIC ACID × 2 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 7 AAE ACETOACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å R-free 0.293
2GSK Structure of the BtuB:TonB Complex 提交 2006-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–614（590 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CNC CYANOCOBALAMIN × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 OCT N-OCTANE × 3 HEX HEXANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.1；288 K；30% (v/v) PEG 300, 0.1M sodium acetate , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K, pH 5.10	分辨率 2.10 Å R-free 0.251
2GUF In meso crystal structure of the cobalamin transporter, BtuB 提交 2006-04-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	MPG [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate × 11 FMT FORMIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
2YSU Structure of the complex between BtuB and Colicin E2 receptor binding domain 提交 2007-04-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–614（594 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3M8D Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 with bound calcium and cyanocobalamin 提交 2010-03-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	突变：V10R1A	CNC CYANOCOBALAMIN × 1 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；2.5% PEG3350, 150 mM calcium chloride, 20 mM Bis tris, 10 mM C8E4, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.44 Å R-free 0.275
3RGM Crystal structure of spin-labeled BtuB T156R1 提交 2011-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	突变：T156R1	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 MG MAGNESIUM ION × 9 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；3.0% PEG3350, 200 mM magnesium acetate, 10mM C8E4, 20 mM Bis Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3RGN Crystal structure of spin-labeled BtuB W371R1 提交 2011-04-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–614（594 aa）	突变：W371R1	C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 MTN S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；290 K；3.0% PEG3350, 200 mM magnesium acetate, 10 mM C8E4, 20 mM Bis Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 21–614（594 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 4.70 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTUB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–594； UniProt 21–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3m8b
沉积日期 deposition_date	2010-03-17
结构标题 title	Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 in the apo state
关键词 keywords	;beta barrel, R1, spin label, Cell membrane, Cell outer membrane, Ion transport, Membrane, Metal-binding, Phage recognition, Porin, Receptor, TonB box, Transmembrane, Transport, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.48 Å
零角强度 I(0) i0	66286200.00
分子量 molecular_weight	63498.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79386 Å³
包络体积 envelope_volume	98667 Å³
水化壳体积 shell_volume	33356 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.16 Å
包络 Rg envelope_rg	23.65 Å
形状 Rg shape_rg	23.50 Å
总 Rg total_rg	24.37 Å
总原子数 total_atoms	4492
残基数 n_residues	549
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.087
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin B12 transporter btuB
分子量 formula_weight	66390.2 kDa
突变 mutation	V10R1A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4605

QDTSPDTLVCTANRFEQPRSTVLAPTTVVTRQDIDRWQSTSVNDVLRRLPGVDITQNGGSGQLSSIFIRGTNASHVLVLIDGVRLNLAGVSGSADLSQFPIALVQRVEYIRGPRSAVYGSDAIGGVVNIITTRDEPGTEISAGWGSNSYQNYDVSTQQQLGDKTRVTLLGDYAHTHGYDVVAYGNTGTQAQTDNDGFLSKTLYGALEHNFTDAWSGFVRGYGYDNRTNYDAYYSPGSPLLDTRKLYSQSWDAGLRYNGELIKSQLITSYSHSKDYNYDPHYGRYDSSATLDEMKQYTVQWANNVIVGHGSIGAGVDWQKQTTTPGTGYVEDGYDQRNTGIYLTGLQQVGDFTFEGAARSDDNSQFGRHGTWQTSAGWEFIEGYRFIASYGTSYKAPNLGQLYGFYGNPNLDPEKSKQWEGAFEGLTAGVNWRISGYRNDVSDLIDYDDHTLKYYNEGKARIKGVEATANFDTGPLTHTVSYDYVDARNAITDTPLLRRAKQQVKYQLDWQLYDFDWGITYQYLGTRYDKDYSSYPYQTVKMGGVSLWDLAVAYPVTSHLTVRGKIANLFDKDYETVYGYQTAGREYTLSGSYTF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate
分子量 formula_weight	264.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3m8ba_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.3 — Ligand-gated protein channel

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3m8bA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	3m8bA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.290 Å
晶胞边长 b length_b	81.290 Å
晶胞边长 c length_c	226.562 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	44.130 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/m8/3m8b/3m8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/3m8b/3m8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/3m8b/3m8b.dat

Crystal structure of spin-labeled BtuB V10R1 in the apo state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 transporter btuB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction