3ms7

Glycogen phosphorylase complexed with 2-chlorobenzaldehyde-4-(2,3,4,6-tetra-O-acetyl-beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycogen phosphorylase, muscle form

物种未注明

UniProt P00489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–843 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 22S N-({(2E)-2-[(2-chlorophenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-beta-D-glucopyranosylamine × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:SMALL TUBES;pH 6.7;289 K;Crystals grown from 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA and 3 mM DTT. 20mM inhibitor in 20% DMSO soaked with T-state native enzyme crystal for 11.5 hrs, SMALL TUBES, temperature 289K 分辨率 1.95 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 229 个其他 PDB 条目、261 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PYGM_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–842; UniProt 2–843

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ms7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ms7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ms7
沉积日期 deposition_date2010-04-29
结构标题 titleGlycogen phosphorylase complexed with 2-chlorobenzaldehyde-4-(2,3,4,6-tetra-O-acetyl-beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone
关键词 keywordsGlycogenolysis, type 2 diabetes, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.32
零角强度 I(0) i0140652000.00
分子量 molecular_weight94290.0 kDa
排除体积 excluded_volume118190 ų
包络体积 envelope_volume139440 ų
水化壳体积 shell_volume40755 ų
包络直径 envelope_diameter97.0
壳层 Rg shell_rg36.23
包络 Rg envelope_rg27.64
形状 Rg shape_rg27.33
总 Rg total_rg28.11
总原子数 total_atoms6645
残基数 n_residues808
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.5
Rg (实空间) rg_real28.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.4070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal140700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7185
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.3
偏度 Skewness skewness0.199
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha43450000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3ms7a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.87 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
超家族 Superfamily superfamilyc.87.1 — UDP-Glycosyltransferase/glycogen phosphorylase
家族 Family familyc.87.1.4 — Oligosaccharide phosphorylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ms7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id3ms7A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)