3mvj

Human cyclic AMP-dependent protein kinase PKA inhibitor complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P17612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P61925) XFE (3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P61925) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha × 1 (P61925) XFE (3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、76 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 21–371; UniProt 1–351 作者链 B; PDB构建体 21–371; UniProt 1–351 作者链 E; PDB构建体 21–371; UniProt 1–351

cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

物种未注明

UniProt P61925

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P17612) XFE (3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P17612) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 6–25 未记录 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha × 1 (P17612) XFE (3R)-1-(5-methyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.49 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPKA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25 作者链 J; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25 作者链 K; PDB构建体 1–20; UniProt 6–25

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3mvj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3mvj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3mvj
沉积日期 deposition_date2010-05-04
结构标题 titleHuman cyclic AMP-dependent protein kinase PKA inhibitor complex
关键词 keywordskinase inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.76
零角强度 I(0) i0219859000.00
分子量 molecular_weight123420.0 kDa
排除体积 excluded_volume156240 ų
包络体积 envelope_volume199430 ų
水化壳体积 shell_volume48593 ų
包络直径 envelope_diameter119.2
壳层 Rg shell_rg41.02
包络 Rg envelope_rg33.45
形状 Rg shape_rg33.73
总 Rg total_rg34.42
总原子数 total_atoms8728
残基数 n_residues1048
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.2
Rg (实空间) rg_real34.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real2.1990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal219900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8959
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.1
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.473
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71590000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.882

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3mvja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd3mvjb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd3mvje_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3mvjA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id3mvjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id3mvjB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id3mvjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id3mvjE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id3mvjE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)