3mzl

Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 225.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC13

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–297 链 C； UniProt 1–297	未记录	Protein transport protein SEC31 × 2 （P38968）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–297 链 G； UniProt 1–297	未记录	Protein transport protein SEC31 × 2 （P38968）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MZL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PM6 Crystal Structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, native version 提交 2007-04-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）链 D 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxanie, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.301
2PM7 Crystal structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, selenomethionine version 提交 2007-04-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）链 D 1–297（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxane, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.298
2PM9 Crystal structure of yeast Sec13/31 vertex element of the COPII vesicular coat 提交 2007-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；8% PEG 3350, 0.1M tri-sodium citrate, 10mM manganese chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.305
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–297（297 aa）片段：UNP residues 1-297	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–297（297 aa）片段：UNP residues 1-297	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–297（297 aa）片段：UNP residues 1-297	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3JRO NUP84-NUP145C-SEC13 edge element of the NPC lattice 提交 2009-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.15M sodium malonate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 4.00 Å R-free 0.329
3JRP SEC13 with NUP145C (AA109-179) insertion blade 提交 2009-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.1M Tris, 22% PEG 4000, 0.25 M LiCl, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3MZK Sec13/Sec16 complex, S.cerevisiae 提交 2010-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–297（297 aa）链 D 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M NaBr, 12% polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.69 Å R-free 0.243
4BZJ The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–292（291 aa）链 F 2–292（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER	分辨率 40.00 Å
4BZK The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）链 F 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER	分辨率 40.00 Å
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 2–297（296 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.60 Å R-free 0.347
6ZG5 COPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1 提交 2020-06-18	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）链 F 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 40.00 Å
6ZG6 COPII on membranes, outer coat vertex 提交 2020-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–297（297 aa）链 D 1–297（297 aa）链 F 1–297（297 aa）链 H 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å
6ZL0 COPII on membranes, outer coat left-handed rod 提交 2020-06-30	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）链 D 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 40.00 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 d 1–297（297 aa）链 o 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 d 1–297（297 aa）链 o 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 d 1–297（297 aa）链 o 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 d 1–297（297 aa）链 k 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 d 1–297（297 aa）链 k 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 d 1–297（297 aa）链 k 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
8ADL Cryo-EM structure of the SEA complex 提交 2022-07-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 H 1–297（297 aa）链 P 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 d 1–297（297 aa）链 o 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–297（297 aa）链 P 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 C； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 E； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 G； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

Protein transport protein SEC31

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38968

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 370–473 链 B； UniProt 508–746 链 D； UniProt 370–473 链 D； UniProt 508–746	片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507	Protein transport protein SEC13 × 2 （Q04491）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.300
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 370–473 链 F； UniProt 508–746 链 H； UniProt 370–473 链 H； UniProt 508–746	片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507	Protein transport protein SEC13 × 2 （Q04491）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3MZL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PM6 Crystal Structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, native version 提交 2007-04-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 370–763（394 aa）片段：residues 370-763 链 C 370–763（394 aa）片段：residues 370-763	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxanie, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.301
2PM7 Crystal structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, selenomethionine version 提交 2007-04-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 370–763（394 aa）片段：residues 370-763 链 C 370–763（394 aa）片段：residues 370-763	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxane, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.298
2PM9 Crystal structure of yeast Sec13/31 vertex element of the COPII vesicular coat 提交 2007-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–411（411 aa）片段：residues 1-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；8% PEG 3350, 0.1M tri-sodium citrate, 10mM manganese chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.305
2QTV Structure of Sec23-Sar1 complexed with the active fragment of Sec31 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 899–947（49 aa）片段：residues 899-947	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
4BZJ The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1273（1273 aa）链 C 1–1273（1273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER	分辨率 40.00 Å
4BZK The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1273（1273 aa）链 C 1–1273（1273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER	分辨率 40.00 Å
6ZG5 COPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1 提交 2020-06-18	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1273（1273 aa）链 C 1–1273（1273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 40.00 Å
6ZG6 COPII on membranes, outer coat vertex 提交 2020-06-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–1273（1273 aa）链 C 1–1273（1273 aa）链 E 1–1273（1273 aa）链 G 1–1273（1273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å
6ZL0 COPII on membranes, outer coat left-handed rod 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1273（1273 aa）链 C 1–1273（1273 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 40.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–106； UniProt 370–473 作者链 B； PDB构建体 107–345； UniProt 508–746 作者链 D； PDB构建体 3–106； UniProt 370–473 作者链 D； PDB构建体 107–345； UniProt 508–746 作者链 F； PDB构建体 3–106； UniProt 370–473 作者链 F； PDB构建体 107–345； UniProt 508–746 作者链 H； PDB构建体 3–106； UniProt 370–473 作者链 H； PDB构建体 107–345； UniProt 508–746

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mzl
沉积日期 deposition_date	2010-05-12
结构标题 title	Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant
关键词 keywords	alpha-helical-stack, beta-propeller, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	86.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	88.43 Å
零角强度 I(0) i0	1008570000.00
分子量 molecular_weight	271870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	341720 Å³
包络体积 envelope_volume	628290 Å³
水化壳体积 shell_volume	70416 Å³
包络直径 envelope_diameter	293.5 Å
壳层 Rg shell_rg	65.52 Å
包络 Rg envelope_rg	84.50 Å
形状 Rg shape_rg	88.49 Å
总 Rg total_rg	87.80 Å
总原子数 total_atoms	19212
残基数 n_residues	2432
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.9 Å
Rg (实空间) rg_real	80.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	81.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	993400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.191
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.013
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5943
最高正则化参数 α highest_alpha	19240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.924; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.471; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC13
分子量 formula_weight	33083.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	19212

MVVIANAHNELIHDAVLDYYGKRLATCSSDKTIKIFEVEGETHKLIDTLTGHEGPVWRVDWAHPKFGTILASCSYDGKVLIWKEENGRWSQIAVHAVHSASVNSVQWAPHEYGPLLLVASSDGKVSVVEFKENGTTSPIIIDAHAIGVNSASWAPATIEEDGEHNGTKESRKFVTGGADNLVKIWKYNSDAQTYVLESTLEGHSDWVRDVAWSPTVLLRSYLASVSQDRTCIIWTQDNEQGPWKKTLLKEEKFPDVLWRASWSLSGNVLALSGGDNKVTLWKENLEGKWEPAGEVHQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC31
分子量 formula_weight	38692.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GPHLQAPTWYGEPSPAAHWAFGGKLVQITPDGKGVSITNPKISGLESNTTLSEALKTKDFKPLINQRLVKVIDDVNEEDWNLLEKLSMDGTEEFLKEALAFDNDESGNIEQTISKNLVSGNIKSAVKNSLENDLLMEAMVIALDSNNERLKESVKNAYFAKYGSKSSLSRILYSISKREVDDLVENLDVSQWKFISKAIQNLYPNDIAQRNEMLIKLGDRLKENGHRQDSLTLYLAAGSLDKVASIWLSEFPDLEDKLKKDNKTIYEAHSECLTEFIERFTVFSNFINGSSTINNEQLIAKFLEFINLTTSTGNFELATEFLNSLPSDNEEVKTEKARVLIASGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3mzlA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3mzlB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	3mzlB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	3mzlB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	3mzlC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3mzlD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	3mzlD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	3mzlD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	3mzlE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3mzlF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	3mzlF02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	3mzlF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	3mzlG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	3mzlH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	3mzlH02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 —

结构域编号 domain_id	3mzlH03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.220 Å
晶胞边长 b length_b	46.620 Å
晶胞边长 c length_c	192.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.380 Å
R 因子 r_factor	0.2680
R_work r_work	0.2671
R_free r_free	0.2996

fit	/app/data/saxs_computation/mz/3mzl/3mzl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mz/3mzl/3mzl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mz/3mzl/3mzl.dat

Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein transport protein SEC31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)