3p57

Crystal structure of the p300 TAZ2 domain bound to MEF2 on DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myocyte-specific enhancer factor 2A

Homo sapiens

UniProt Q02078

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 7 DNA 6 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 2–91 链 B; UniProt 2–91 链 C; UniProt 2–91 链 D; UniProt 2–91 链 I; UniProt 2–91 链 J; UniProt 2–91 片段:N terminal domain (UNP residues 2-91) ;DNA (5'-D(*A*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3') ; × 3 ;DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3') ; × 3 Histone acetyltransferase p300 × 1 (Q09472) ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;288 K;16% PEG 1000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K 分辨率 2.19 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEF2A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91 作者链 B; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91 作者链 C; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91 作者链 D; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91 作者链 I; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91 作者链 J; PDB构建体 1–90; UniProt 2–91

Histone acetyltransferase p300

Homo sapiens

UniProt Q09472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 7 DNA 6 PDB 声明:tridecameric(13) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 1726–1835 未记录 Myocyte-specific enhancer factor 2A × 6 (Q02078) ;DNA (5'-D(*A*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3') ; × 3 ;DNA (5'-D(*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3') ; × 3 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;288 K;16% PEG 1000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K 分辨率 2.19 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP300_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 3–112; UniProt 1726–1835

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3p57

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3p57
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3p57
沉积日期 deposition_date2010-10-08
结构标题 titleCrystal structure of the p300 TAZ2 domain bound to MEF2 on DNA
关键词 keywords;protein-DNA complex, transcription factor, transcriptional activation, p300, zinc finger, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA complex ;; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.29
零角强度 I(0) i0222159000.00
分子量 molecular_weight102950.0 kDa
排除体积 excluded_volume121500 ų
包络体积 envelope_volume173620 ų
水化壳体积 shell_volume39785 ų
包络直径 envelope_diameter119.0
壳层 Rg shell_rg41.52
包络 Rg envelope_rg37.52
形状 Rg shape_rg38.19
总 Rg total_rg38.75
总原子数 total_atoms7084
残基数 n_residues733
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.1
Rg (实空间) rg_real40.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real2.2220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal222200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8896
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary61.0
偏度 Skewness skewness0.080
峰度 Kurtosis kurtosis-0.942
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18000000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3p57j_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamilyd.88.1 — SRF-like
家族 Family familyd.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id3p57A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57J01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id3p57P00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1020 — CREB-binding Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TAZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)