3s2k

Structural basis of Wnt signaling inhibition by Dickkopf binding to LRP5/6.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 159.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 4 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 630–1246 链 B； UniProt 630–1246	片段：ectodomain repeats 3, 4 UNP residues 630-1246	Dickkopf-related protein 1 × 1 （O94907） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10-15% PEG3350, 100 mM Tris-Cl (pH 8.5), 100 mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3S2K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
21KR A Wnt3a/Fzd8-CRD/LRP6-E3E4 complex with FKBP 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 630–1245（616 aa）链 F 630–1245（616 aa）	突变：C715S 突变：C715S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
21KS A Wnt3a/Fzd8-CRD/LRP6-E3E4-LA complex with FKBP 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 630–1370（741 aa）链 F 630–1370（741 aa）	突变：C840S 突变：C840S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.01 Å
21KT Wnt3a signalosome extracellular complex 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 630–1245（616 aa）链 F 630–1245（616 aa）	突变：C715S 突变：C715S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.33 Å
3S8V Crystal structure of LRP6-Dkk1 complex 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 629–1243（615 aa）片段：E3E4, residues 629-1243	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；20mM citric acid, 80mM Bis-tris propane pH 8.8, 19-20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292
3S8V Crystal structure of LRP6-Dkk1 complex 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 629–1243（615 aa）片段：E3E4, residues 629-1243	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；20mM citric acid, 80mM Bis-tris propane pH 8.8, 19-20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292
3S8Z Crystal structure of LRP6-E3E4 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 629–1243（615 aa）片段：E3E4, residues 629-1243	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM ADA pH 6.5, 100mM MgCl2, 12% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
3S94 Crystal structure of LRP6-E1E2 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–630（611 aa）片段：E1E2, residues 20-630	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；80mM sodium citrate pH 5.5, 20-21% PEG3350, 40mM KSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3S94 Crystal structure of LRP6-E1E2 提交 2011-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–630（611 aa）片段：E1E2, residues 20-630	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；80mM sodium citrate pH 5.5, 20-21% PEG3350, 40mM KSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3SOB The structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in complex with a FAB 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–335（316 aa）片段：UNP residues 20-335	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
3SOQ The structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in complex with a DKK1 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–326（307 aa）片段：UNP residues 20-335	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
3SOV The structure of a beta propeller domain in complex with peptide S 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–326（307 aa）片段：UNP residues 20-335	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.27 Å R-free 0.180
4A0P Crystal structure of LRP6P3E3P4E4 提交 2011-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 629–1244（616 aa）片段：P3E3P4E4, RESIDUES 629-1244	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
4DG6 Crystal structure of domains 1 and 2 of LRP6 提交 2012-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–635（616 aa）片段：UNP residues 20-635	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.9；292 K；20% PEG 8000, 20mM ammonium sulfate, pH 5.9, hanging drop, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.313
5AIR Structural analysis of mouse GSK3beta fused with LRP6 peptide. 提交 2015-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1565–1575（11 aa）片段：;RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420 ; 链 B 1565–1575（11 aa）片段：;RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420,RESIDUES 1565-1574, KINASE DOMAIN, RESIDUES 6-420 ;	未记录	MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；200 MM SODIUM MALONATE, 20 % (V/V) PEG 3350, pH 7	分辨率 2.53 Å R-free 0.260
5FWW Wnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4) 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 630–1246（617 aa）片段：PE3PE4, RESIDUES 630-1246	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 %W/V PEG3350 0.2 M NA/K-PHOSPHATE, pH 7.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.355
5GJE Three-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complexed with Dkk1 提交 2016-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–630（611 aa）片段：UNP residues 20-630 链 B 631–1246（616 aa）片段：UNP residues 631-1246	突变：V1062I	PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2	分辨率 21.00 Å
6H15 Structure of LRP6 P3E3P4E4 in complex with VHH L-P2-B10 提交 2018-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 630–1244（615 aa）链 B 630–1244（615 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate trihydrate pH 5.5, 10 % PEG w/v 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
6H16 Structure of LRP6 P3E3P4E4 in complex with VHH L-P2-D07 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 630–1244（615 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES pH 5.0, 10 % w/v PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.252
6L6R Crystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex 提交 2019-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–630（610 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；301 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium citrate, HEPES	分辨率 3.80 Å R-free 0.256
6L6R Crystal structure of LRP6 E1E2-SOST complex 提交 2019-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–630（610 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；301 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium citrate, HEPES	分辨率 3.80 Å R-free 0.256
7NAM LRP6_E1 in complex with Lr-EET-3.5 提交 2021-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–326（307 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Na malate, pH 7.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
8CTG Extracellular architecture of an engineered canonical Wnt signaling ternary complex 提交 2022-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–629（610 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 s blotting before plunging	分辨率 3.80 Å
8DVL Crystal structure of LRP6 E3E4 in complex with disulfide constrained peptide E3.18 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 631–1253（623 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；0.1 M Bis-Tris 6.3, 18% PEG 10K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
8DVM Crystal structure of LRP6 E3E4 in complex with disulfide constrained peptide E3.6 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 631–1253（623 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；100 mM MES pH 6.3, 12% PEG 20K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
8DVN Crystal structure of LRP6 E3E4 in complex with disulfide constrained peptide E3.10 提交 2022-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 631–1253（623 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2 M KSCN	分辨率 2.53 Å R-free 0.246
8FFE Crystal structure of LRP6 E1E2 domains bound to YW210.09 Fab and engineered XWnt8 peptide 提交 2022-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–631（612 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7 NA SODIUM ION × 3 SIN SUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM SPG (succinate/phosphate/glycine buffer), 25% PEG 1500	分辨率 1.72 Å R-free 0.231
8S7C Ternary Complex of Cachd1, FZD5 and LRP6 提交 2024-02-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 629–1244（616 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.5；296 K；0.1 M Calcium Acetate 0.1 M Sodium Acetate 10% PEG 4000 pH 4.5	分辨率 4.70 Å R-free 0.261
8S7C Ternary Complex of Cachd1, FZD5 and LRP6 提交 2024-02-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 629–1244（616 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.5；296 K；0.1 M Calcium Acetate 0.1 M Sodium Acetate 10% PEG 4000 pH 4.5	分辨率 4.70 Å R-free 0.261
8S7C Ternary Complex of Cachd1, FZD5 and LRP6 提交 2024-02-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 629–1244（616 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.5；296 K；0.1 M Calcium Acetate 0.1 M Sodium Acetate 10% PEG 4000 pH 4.5	分辨率 4.70 Å R-free 0.261
9FIW MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1516–1521（6 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.82 Å R-free 0.246
9FIX MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRPYSYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1516–1526（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.233
9FIY MU2 ADAPTIN SUBUNIT (AP50) OF AP2 ADAPTOR (SECOND DOMAIN), COMPLEXED WITH LRP6 INTERNALIZATION PEPTIDE SYRHFA 提交 2024-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1521–1526（6 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0-2.2 M NaCl 0.4M Na/K phosphate 0.1M MES PH 7.1 15-20% glycerol	分辨率 2.88 Å R-free 0.242

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRP6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–619； UniProt 630–1246 作者链 B； PDB构建体 3–619； UniProt 630–1246

Dickkopf-related protein 1

Homo sapiens

UniProt O94907

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 4 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 178–266	片段：C-terminal domain, UNP residues 178-266	Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 × 2 （O75581） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；10-15% PEG3350, 100 mM Tris-Cl (pH 8.5), 100 mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3S2K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3S8V Crystal structure of LRP6-Dkk1 complex 提交 2011-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 183–266（84 aa）片段：Dkk1c, residues 184-266	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；20mM citric acid, 80mM Bis-tris propane pH 8.8, 19-20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.292
3SOQ The structure of the first YWTD beta propeller domain of LRP6 in complex with a DKK1 peptide 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 38–44（7 aa）片段：UNP residues 38-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M potassium thiocyanate and 30% (w/v) PEG MME 2000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5FWW Wnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4) 提交 2016-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 182–266（85 aa）片段：CRD2, RESIDUES 182-266	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 %W/V PEG3350 0.2 M NA/K-PHOSPHATE, pH 7.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.355
5GJE Three-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complexed with Dkk1 提交 2016-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 182–266（85 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2	分辨率 21.00 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DKK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–92； UniProt 178–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3s2k
沉积日期 deposition_date	2011-05-16
结构标题 title	Structural basis of Wnt signaling inhibition by Dickkopf binding to LRP5/6.
关键词 keywords	wnt co-receptor, beta-propeller, EGF domain, wnt signaling, wnt inhibitor, glycosylation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.92 Å
零角强度 I(0) i0	359078000.00
分子量 molecular_weight	150280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186380 Å³
包络体积 envelope_volume	249590 Å³
水化壳体积 shell_volume	52901 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.58 Å
包络 Rg envelope_rg	41.72 Å
形状 Rg shape_rg	41.87 Å
总 Rg total_rg	42.16 Å
总原子数 total_atoms	10557
残基数 n_residues	1298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	359000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8086
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.574
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.031
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.592; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
分子量 formula_weight	71475.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10613

ADPEAFLLFSRRADIRRISLETNNNNVAIPLTGVKEASALDFDVTDNRIYWTDISLKTISRAFMNGSALEHVVEFGLDYPEGMAVDWLGKNLYWADTGTNRIEVSKLDGQHRQVLVWKDLDSPRALALDPAEGFMYWTEWGGKPKIDRAAMDGSERTTLVPNVGRANGLTIDYAKRRLYWTDLDTNLIESSNMLGLNREVIADDLPHPFGLTQYQDYIYWTDWSRRSIERANKTSGQNRTIIQGHLDYVMDILVFHSSRQSGWNECASSNGHCSHLCLAVPVGGFVCGCPAHYSLNADNRTCSAPTTFLLFSQKSAINRMVIDEQQSPDIILPIHSLRNVRAIDYDPLDKQLYWIDSRQNMIRKAQEDGSQGFTVVVSSVPSQNLEIQPYDLSIDIYSRYIYWTCEATNVINVTRLDGRSVGVVLKGEQDRPRAIVVNPEKGYMYFTNLQERSPKIERAALDGTEREVLFFSGLSKPIALALDSRLGKLFWADSDLRRIESSDLSGANRIVLEDSNILQPVGLTVFENWLYWIDKQQQMIEKIDMTGREGRTKVQARIAQLSDIHAVKELNLQEYRQHPCAQDNGGCSHICLVKGDGTTRCSCPMHLVLLQDELSCGEPHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dickkopf-related protein 1
分子量 formula_weight	11114.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ADPMYHTKGQEGSVCLRSSDCASGLCCARHFWSKICKPVLKEGQVCTKHRRKGSHGLEIFQRCYCGEGLSCRIQKDHHQASNSSRLHTCQRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3s2kA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3s2kA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3s2kB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3s2kB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3s2kC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	80 — Lipase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipase, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.043 Å
晶胞边长 b length_b	108.014 Å
晶胞边长 c length_c	173.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.820 Å
R 因子 r_factor	0.1967
R_work r_work	0.1938
R_free r_free	0.2506

fit	/app/data/saxs_computation/s2/3s2k/3s2k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s2/3s2k/3s2k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s2/3s2k/3s2k.dat

Structural basis of Wnt signaling inhibition by Dickkopf binding to LRP5/6.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dickkopf-related protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)