3t5v

Sac3:Thp1:Sem1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 250–563	片段：M region, UNP 250-563	Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 250–563	片段：M region, UNP 250-563	Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3T5V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FWB Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 752–805（54 aa）片段：residues 752-805	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH6.5, 16% PEG4K, 20% glycerol - see publication for complete details, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 723–805（83 aa）片段：residues 723-805	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 723–805（83 aa）片段：residues 723-805	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 723–805（83 aa）片段：residues 723-805	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 723–805（83 aa）片段：residues 723-805	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
4C31 Nup1:Sac3:Sus1 complex 提交 2013-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 757–787（31 aa）片段：RESIDUES 757-787 链 D 757–787（31 aa）片段：RESIDUES 757-787	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；DESCRIBED IN DETAIL IN PUBLICATION, pH 6.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.243
4MBE Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex 提交 2013-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 753–805（53 aa）片段：CDC31 interacting region, residues 753-805	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.61 Å R-free 0.236
4MBE Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex 提交 2013-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 753–805（53 aa）片段：CDC31 interacting region, residues 753-805	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.61 Å R-free 0.236
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 253–551（299 aa）链 D 253–551（299 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000	分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–805（805 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1301（1301 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.	分辨率 4.93 Å R-free 0.370
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 60–551（492 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.231

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–316； UniProt 250–563 作者链 D； PDB构建体 3–316； UniProt 250–563

Nuclear mRNA export protein THP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08231

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–455	未记录	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–455	未记录	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3T5V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 B 170–455（286 aa）链 E 170–455（286 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000	分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.	分辨率 4.93 Å R-free 0.370
5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate	分辨率 2.30 Å R-free 0.217
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–455（455 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.231

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455 作者链 E； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–89	未记录	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–89	未记录	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3T5V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 1–89（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 C 30–89（60 aa）链 F 30–89（60 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000	分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.	分辨率 4.93 Å R-free 0.370
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate	分辨率 2.30 Å R-free 0.217
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7EWF Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.85 Å R-free 0.257
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.231
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 35 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 F； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t5v
沉积日期 deposition_date	2011-07-28
结构标题 title	Sac3:Thp1:Sem1 complex
关键词 keywords	PCI, mRNA nuclear export, mRNA, nuclear, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.08 Å
零角强度 I(0) i0	493273000.00
分子量 molecular_weight	186810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	235500 Å³
包络体积 envelope_volume	310650 Å³
水化壳体积 shell_volume	61129 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.63 Å
包络 Rg envelope_rg	44.90 Å
形状 Rg shape_rg	45.04 Å
总 Rg total_rg	45.25 Å
总原子数 total_atoms	26347
残基数 n_residues	1599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	493000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8096
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.568
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.706; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.598

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear mRNA export protein SAC3
分子量 formula_weight	36944.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	26347

GSPLPSDVRPPHILVKTLDYIVDNLLTTLPESEGFLWDRMRSIRQDFTYQNYSGPEAVDCNERIVRIHLLILHIMVKSNVEFSLQQELEQLHKSLITLSEIYDDVRSSGGTCPNEAEFRAYALLSKIRDPQYDENIQRLPKHIFQDKLVQMALCFRRVISNSAYTERGFVKTENCLNFYARFFQLMQSPSLPLLMGFFLQMHLTDIRFYALRALSHTLNKKHKPIPFIYLENMLLFNNRQEIIEFCNYYSIEIINGDAADLKTLQHYSHKLSETQPLKKTYLTCLERRLQKTTYKGLINGGEDNLASSVYVKDPKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear mRNA export protein THP1
分子量 formula_weight	52734.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MDMANQLLDELAHGNFSHLTLNLSQNGREIAILQKQLTGFDDKQLETFVEQHPAMPNDTRFKIMCTSFLNYARDVDPWSAWSSSDLIFEFYQCLINCLINDNAPHIEMLIPVATRETEFIINLAGKLDSFHLQLHTRSHQFLSHISSILSRLFNSIKPPRGNASSTNIPGKQRILLYLVNKLNNIYFRIESPQLCSNIFKNFQPKSMLAHFNEYQLDQQIEYRYLLGRYYLLNSQVHNAFVQFNEAFQSLLNLPLTNQAITRNGTRILNYMIPTGLILGKMVKWGPLRPFLSQETIDNWSVLYKHVRYGNIQGVSLWLRQNERHLCARQLLIVLLEKLPMVTYRNLIKTVIKSWTTEWGQNKLPYSLIERVLQLSIGPTFEDPGAQEITIYNGIHSPKNVENVLVTLINLGLLRANCFPQLQLCVVKKTTMIQEIVPPVNERITKMFPAHSHVLW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	10397.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MSTDVAAAQAQSKIDLTKKKNEEINKKSLEEDDEFEDFPIDTWANGETIKSNAVTQTNIWEENWDDVEVDDDFTNELKAELDRYKRENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3t5vA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

结构域编号 domain_id	3t5vD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

结构域编号 domain_id	3t5vF01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	164.770 Å
晶胞边长 b length_b	164.770 Å
晶胞边长 c length_c	276.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2095
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2309

fit	/app/data/saxs_computation/t5/3t5v/3t5v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t5/3t5v/3t5v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t5/3t5v/3t5v.dat

Sac3:Thp1:Sem1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear mRNA export protein THP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)