SAXSdb — 3t5v

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–316； UniProt 250–563 作者链 D； PDB构建体 3–316； UniProt 250–563

Nuclear mRNA export protein THP1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08231

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455 作者链 E； PDB构建体 1–455； UniProt 1–455

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear mRNA export protein SAC3 × 1 （P46674） Nuclear mRNA export protein THP1 × 1 （Q08231）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 F； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3t5v
沉积日期 deposition_date	2011-07-28
结构标题 title	Sac3:Thp1:Sem1 complex
关键词 keywords	PCI, mRNA nuclear export, mRNA, nuclear, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3t5v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3t5v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3t5v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.88 Å
Rg（电子密度）	31.12 Å
总 Rg	31.76 Å
原子数	13269
残基数	805
排除体积	118550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3t5v__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3t5v__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear mRNA export protein SAC3
分子量 formula_weight	36944.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	26347

GSPLPSDVRPPHILVKTLDYIVDNLLTTLPESEGFLWDRMRSIRQDFTYQNYSGPEAVDCNERIVRIHLLILHIMVKSNVEFSLQQELEQLHKSLITLSEIYDDVRSSGGTCPNEAEFRAYALLSKIRDPQYDENIQRLPKHIFQDKLVQMALCFRRVISNSAYTERGFVKTENCLNFYARFFQLMQSPSLPLLMGFFLQMHLTDIRFYALRALSHTLNKKHKPIPFIYLENMLLFNNRQEIIEFCNYYSIEIINGDAADLKTLQHYSHKLSETQPLKKTYLTCLERRLQKTTYKGLINGGEDNLASSVYVKDPKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear mRNA export protein THP1
分子量 formula_weight	52734.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MDMANQLLDELAHGNFSHLTLNLSQNGREIAILQKQLTGFDDKQLETFVEQHPAMPNDTRFKIMCTSFLNYARDVDPWSAWSSSDLIFEFYQCLINCLINDNAPHIEMLIPVATRETEFIINLAGKLDSFHLQLHTRSHQFLSHISSILSRLFNSIKPPRGNASSTNIPGKQRILLYLVNKLNNIYFRIESPQLCSNIFKNFQPKSMLAHFNEYQLDQQIEYRYLLGRYYLLNSQVHNAFVQFNEAFQSLLNLPLTNQAITRNGTRILNYMIPTGLILGKMVKWGPLRPFLSQETIDNWSVLYKHVRYGNIQGVSLWLRQNERHLCARQLLIVLLEKLPMVTYRNLIKTVIKSWTTEWGQNKLPYSLIERVLQLSIGPTFEDPGAQEITIYNGIHSPKNVENVLVTLINLGLLRANCFPQLQLCVVKKTTMIQEIVPPVNERITKMFPAHSHVLW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	10397.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MSTDVAAAQAQSKIDLTKKKNEEINKKSLEEDDEFEDFPIDTWANGETIKSNAVTQTNIWEENWDDVEVDDDFTNELKAELDRYKRENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3t5vA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

结构域编号 domain_id	3t5vD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

结构域编号 domain_id	3t5vF01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

▶

晶胞边长 a length_a	164.770 Å
晶胞边长 b length_b	164.770 Å
晶胞边长 c length_c	276.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2095
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2309

Sac3:Thp1:Sem1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear mRNA export protein THP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t5v__assembly_1__model_1

3t5v__assembly_1__model_1 | I(q)

3t5v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Sac3:Thp1:Sem1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear mRNA export protein SAC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear mRNA export protein THP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3t5v__assembly_1__model_1

3t5v__assembly_1__model_1 | I(q)

3t5v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)