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3tn9

X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VP1

物种未注明

UniProt P04936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric（45） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 568–856 链 2； UniProt 70–330 链 3； UniProt 331–567 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3TN9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A3R FAB FRAGMENT (ANTIBODY 8F5) COMPLEXED WITH PEPTIDE FROM HUMAN RHINOVIRUS (SEROTYPE 2) VIRAL CAPSID PROTEIN VP2 (RESIDUES 156-170) 提交 1998-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 225–239（15 aa） 片段：RESIDUES 156 - 170
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；FAB-PEPTIDE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 0.9 M SODIUM CITRATE, 25 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM TRIS-HCL, PH 7.75, pH 7.5
分辨率 2.10 Å
1CQQ TYPE 2 RHINOVIRUS 3C PROTEASE WITH AG7088 INHIBITOR 提交 1999-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa）
未记录 AG7 4-{2-(4-FLUORO-BENZYL)-6-METHYL-5-[(5-METHYL-ISOXAZOLE-3-CARBONYL)-AMINO]-4-OXO-HEPTANOYLAMINO}-5-(2-OXO-PYRROLIDIN-3-YL)-PENTANOIC ACID ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；20% PEG10K, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 13K
分辨率 1.85 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1FPN HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) 提交 2000-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.60 Å
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：complete icosahedral assembly
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：150-meric
链 1 568–856（289 aa）
链 2 70–330（261 aa）
链 3 331–567（237 aa）
链 4 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 30 CA CALCIUM ION × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.295
2HRV 2A CYSTEINE PROTEINASE FROM HUMAN RHINOVIRUS 2 提交 1999-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 851–992（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00
分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2HRV 2A CYSTEINE PROTEINASE FROM HUMAN RHINOVIRUS 2 提交 1999-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 851–992（142 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.00
分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2XYA Non-covalent inhibtors of rhinovirus 3C protease. 提交 2010-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa）
未记录 7L4 2-PHENYLQUINOLIN-4-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.288
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 A 568–856（289 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 60 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3VDD Structure of HRV2 capsid complexed with antiviral compound BTA798 提交 2012-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric
链 A 568–850（283 aa） 片段：UNP residues 568-850
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
链 D 1–69（69 aa） 片段：UNP residues 1-69
未记录 BT8 3-ethoxy-6-{2-[1-(6-methylpyridazin-3-yl)piperidin-4-yl]ethoxy}-1,2-benzoxazole × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.4-0.7 M ammonium sulfate, pH 7.5, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
4L3B X-ray structure of the HRV2 A particle uncoating intermediate 提交 2013-06-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric
链 A 568–856（289 aa） 片段：UNP residues 568-856
链 B 70–330（261 aa） 片段：UNP residues 70-330
链 C 331–567（237 aa） 片段：UNP residues 331-567
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M sodium/potassium phosphate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 6.50 Å R-free 0.320
5FX5 Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease 提交 2016-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa） 片段：3C PROTEASE, RESIDUES 1508-1687
未记录 GOL GLYCEROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 HOV ethyl (4R)-4-[[(2S,3R)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-3-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 30% PEG400, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM MGCL2
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
5FX6 Novel inhibitors of human rhinovirus 3C protease 提交 2016-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa） 片段：3C PROTEASE, RESIDUES 1508-1687
未记录 6OY ethyl (4R)-4-[[(2S,4S)-1-[(2S)-3-methyl-2-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]butanoyl]-4-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-5-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]pentanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M CACL2, 0,1 M TRIS PH 8.5, 25% PEG4000
分辨率 1.45 Å R-free 0.186
6FFN Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors 提交 2018-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa）
未记录 D8K ~{N}-[(5~{S},8~{S},11~{S},15~{R})-8-[(4-fluorophenyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)-2,7,10,14-tetrakis(oxidanylidene)-1,6,9,13-tetrazabicyclo[13.3.0]octadecan-11-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na Acetate, pH 4.5,
分辨率 1.75 Å R-free 0.170
6FFS Structure-based design and synthesis of macrocyclic human rhinovirus 3C protease inhibitors 提交 2018-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1508–1687（180 aa）
未记录 D8E ~{N}-[(2~{S},5~{S},14~{S})-2-[(4-fluorophenyl)methyl]-5-(hydroxymethyl)-9-methyl-3,8,15-tris(oxidanylidene)-1,4,9-triazacyclopentadec-14-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2.0 M Ammonium Sulfate 0.1 M Na Acetate, pH 4.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.172
7ARA Rhinovirus A2 2A protease in complex with zVAM.fmk 提交 2020-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 851–992（142 aa）
链 B 851–992（142 aa）
未记录 S7N (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{R})-3-methyl-1-[[(2~{S})-1-[[(3~{S})-1-methylsulfanyl-4-oxidanylidene-pentan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 S7Q (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-3-methyl-1-[[(2~{R})-1-[[(3~{R})-1-methylsulfanyl-4-oxidanylidene-pentan-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；7.5 % PEG8000, 0.3 M KCNS, 5 % 2-methyl-2-butanol, 10 % glycerol, 10 mM b-mercaptoethanol and 50 mM sodium-potassium phosphate buffer pH 8.0
分辨率 2.24 Å R-free 0.257
8AY4 Human rhinovirus 2 virion in situ 提交 2022-09-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 582–850（269 aa）
链 B 81–330（250 aa）
链 C 331–567（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8AY5 Human rhinovirus 2 empty particle in situ 提交 2022-09-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 600–850（251 aa）
链 B 81–330（250 aa）
链 C 331–567（237 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
9G0B Rhinovirus A2 uncoating intermediate revealing the natural pocket factor (pH 5.8 and 4 degrees Celsius) 提交 2024-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 568–850（283 aa）
链 B 70–330（261 aa）
链 C 331–567（237 aa）
链 D 2–69（68 aa）
未记录 DAO LAURIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8；0.1 M phosphate buffer, pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 17 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV2
Isoform —
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–289； UniProt 568–856 作者链 2； PDB构建体 1–261； UniProt 70–330 作者链 3； PDB构建体 1–237； UniProt 331–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3tn9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3tn9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3tn9
沉积日期 deposition_date2011-09-01
结构标题 titleX-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle)
关键词 keywordsEmpty capsid, B-particle, 80S particle, rhinovirus, HRV2, uncoating, Rossmann Fold, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.23 Å
零角强度 I(0) i098596000.00
分子量 molecular_weight78273.0 kDa
排除体积 excluded_volume97823 ų
包络体积 envelope_volume120700 ų
水化壳体积 shell_volume35667 ų
包络直径 envelope_diameter102.4 Å
壳层 Rg shell_rg35.35 Å
包络 Rg envelope_rg28.93 Å
形状 Rg shape_rg28.22 Å
总 Rg total_rg28.93 Å
总原子数 total_atoms5516
残基数 n_residues707
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.1 Å
Rg (实空间) rg_real28.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real9.8600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal98600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.6 Å
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis-0.220
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28560000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.931
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3tn93_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3tn9100
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3tn9200
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3tn9300
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)