3u1j

Aprotinin bound to Dengue virus protease

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine protease subunit NS2B

Dengue virus 3

UniProt Q5UB51

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1393–1438 链 B; UniProt 1474–1655 片段:UNP residues 1393-1438 片段:UNP residues 1474-1655 Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;0.1M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_DEN3I
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–51; UniProt 1393–1438 作者链 B; PDB构建体 10–191; UniProt 1474–1655

Pancreatic trypsin inhibitor

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 36–93 片段:UNP residues 36-93 Serine protease subunit NS2B × 1 (Q5UB51) Serine protease NS3 × 1 (Q5UB51) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;291 K;0.1M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3u1j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3u1j
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3u1j
沉积日期 deposition_date2011-09-30
结构标题 titleAprotinin bound to Dengue virus protease
关键词 keywordsSERINE PROTEASE, BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR, ER MEMBRANE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.88
零角强度 I(0) i012873400.00
分子量 molecular_weight26368.0 kDa
排除体积 excluded_volume32823 ų
包络体积 envelope_volume39712 ų
水化壳体积 shell_volume18008 ų
包络直径 envelope_diameter66.5
壳层 Rg shell_rg24.68
包络 Rg envelope_rg19.40
形状 Rg shape_rg18.84
总 Rg total_rg19.85
总原子数 total_atoms1856
残基数 n_residues242
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.7
Rg (实空间) rg_real19.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.2870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12870000.0000
解质量估计 total_estimate0.8204
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.7
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.429
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2548000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3u1jb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.3 — Viral proteases
结构域编号 domain_idd3u1je_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3u1jB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id3u1jB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3u1jE00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)