3uda

Crystal Structure Analysis of FGF1-Disaccharide(NI24) complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heparin-binding growth factor 1

Homo sapiens

UniProt P05230

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 16–155 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2M (NH4)HPO4, 0.1M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.51 Å R-free 0.276
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 16–155 未记录 2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2M (NH4)HPO4, 0.1M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.51 Å R-free 0.276
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 16–155 未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;2M (NH4)HPO4, 0.1M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.51 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、215 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–141; UniProt 16–155 作者链 B; PDB构建体 2–141; UniProt 16–155 作者链 C; PDB构建体 2–141; UniProt 16–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3uda

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3uda
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3uda
沉积日期 deposition_date2011-10-27
结构标题 titleCrystal Structure Analysis of FGF1-Disaccharide(NI24) complex
关键词 keywordsHeparin/Heparan sulfate binding, HORMONE; HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.24
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.93
零角强度 I(0) i034863300.00
分子量 molecular_weight44203.0 kDa
排除体积 excluded_volume54689 ų
包络体积 envelope_volume67331 ų
水化壳体积 shell_volume22955 ų
包络直径 envelope_diameter93.8
壳层 Rg shell_rg31.90
包络 Rg envelope_rg26.90
形状 Rg shape_rg26.93
总 Rg total_rg27.48
总原子数 total_atoms3103
残基数 n_residues382
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.0
Rg (实空间) rg_real27.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real3.4860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal34860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8387
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.534
峰度 Kurtosis kurtosis-0.390
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9222000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.783; Smooth: 0.848

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3udaa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd3udab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)
结构域编号 domain_idd3udac_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.1 — Cytokine
家族 Family familyb.42.1.1 — Fibroblast growth factors (FGF)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3udaA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3udaB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3udaC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)