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3zx9

Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 110.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAPSID PROTEIN

物种未注明

UniProt P06663

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–221 链 A； UniProt 225–246 链 A； UniProt 248–351 链 B； UniProt 1–221 链 B； UniProt 225–246 链 B； UniProt 248–351 链 C； UniProt 1–221 链 C； UniProt 225–246 链 C； UniProt 248–351 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING, 分辨率 17.00 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–221 链 A； UniProt 225–246 链 A； UniProt 248–351 链 B； UniProt 1–221 链 B； UniProt 225–246 链 B； UniProt 248–351 链 C； UniProt 1–221 链 C； UniProt 225–246 链 C； UniProt 248–351 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING, 分辨率 17.00 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–221 链 A； UniProt 225–246 链 A； UniProt 248–351 链 B； UniProt 1–221 链 B； UniProt 225–246 链 B； UniProt 248–351 链 C； UniProt 1–221 链 C； UniProt 225–246 链 C； UniProt 248–351 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING, 分辨率 17.00 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–221 链 A； UniProt 225–246 链 A； UniProt 248–351 链 B； UniProt 1–221 链 B； UniProt 225–246 链 B； UniProt 248–351 链 C； UniProt 1–221 链 C； UniProt 225–246 链 C； UniProt 248–351 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING, 分辨率 17.00 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–221 链 A； UniProt 225–246 链 A； UniProt 248–351 链 B； UniProt 1–221 链 B； UniProt 225–246 链 B； UniProt 248–351 链 C； UniProt 1–221 链 C； UniProt 225–246 链 C； UniProt 248–351 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA；pH 8.5；100 MM TRIS PH 8.5, 5 MM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING, 分辨率 17.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ZX9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC
链 A 1–221（221 aa）
链 A 225–246（22 aa）
链 A 248–351（104 aa）
链 B 1–221（221 aa）
链 B 225–246（22 aa）
链 B 248–351（104 aa）
链 C 1–221（221 aa）
链 C 225–246（22 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 11.50 Å
3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–221（221 aa）
链 A 225–246（22 aa）
链 A 248–351（104 aa）
链 B 1–221（221 aa）
链 B 225–246（22 aa）
链 B 248–351（104 aa）
链 C 1–221（221 aa）
链 C 225–246（22 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 11.50 Å
3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–221（221 aa）
链 A 225–246（22 aa）
链 A 248–351（104 aa）
链 B 1–221（221 aa）
链 B 225–246（22 aa）
链 B 248–351（104 aa）
链 C 1–221（221 aa）
链 C 225–246（22 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 11.50 Å
3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–221（221 aa）
链 A 225–246（22 aa）
链 A 248–351（104 aa）
链 B 1–221（221 aa）
链 B 225–246（22 aa）
链 B 248–351（104 aa）
链 C 1–221（221 aa）
链 C 225–246（22 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 11.50 Å
3ZX8 Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus 提交 2011-08-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–221（221 aa）
链 A 225–246（22 aa）
链 A 248–351（104 aa）
链 B 1–221（221 aa）
链 B 225–246（22 aa）
链 B 248–351（104 aa）
链 C 1–221（221 aa）
链 C 225–246（22 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE；pH 7.4；10 MM SODIUM PHOSPHATE PH 7.4, 10 MM MAGNESIUM SULPHATE
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- DOUBLE SIDED AUTOMATED BLOTTER AND PLUNGER, METHOD- BLOT 1.6 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 11.50 Å
3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-MERIC
链 C 1–220（220 aa）
链 C 224–246（23 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
分辨率 3.20 Å
3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–220（220 aa）
链 C 224–246（23 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
分辨率 3.20 Å
3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–220（220 aa）
链 C 224–246（23 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
分辨率 3.20 Å
3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–220（220 aa）
链 C 224–246（23 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
分辨率 3.20 Å
3ZXA Structure and Assembly of Turnip Crinkle Virus I. X-ray Crystallographic Structure Analysis at 3.2 A Resolution 提交 2011-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–220（220 aa）
链 C 224–246（23 aa）
链 C 248–351（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；THE METHYL MERCURY ADDUCT WAS OBTAINED BY BRINGING STOCK SOLUTION OF VIRUS (3.5% TCV (W/V) IN 0.01% SODIUM AZIDE,) TO 6 EQUIVALENT METHYL MERCURY/PROTEIN SUBUNIT BY ADDITION OF 15 MILLIMOLAR-METHYL MERCURY NITRATE AND INCUBATING FOR 1 H. CRYSTALLIZATION WAS THEN INITIATED BY ADDITION OF AN APPROXIMATELY EQUAL VOLUME OF SATURATED SODIUM CITRATE (PH 7.0) AND ALLOWED TO PROCEED UNDISTURBED FOR 2 TO 4 MONTHS. THE OPTIMUM CONCENTRATION OF SODIUM CITRATE REQUIRED TO PRODUCE LARGE CRYSTALS VARIED FROM EXPERIMENT TO EXPERIMENT BUT WAS GENERALLY IN THE RANGE 42 TO 46% SATURATED.
分辨率 3.20 Å
9GDW RNA binding domain of Turnip crinkle virus p38, p38R 提交 2024-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–45（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9QVF Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38+1) 提交 2025-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 1–351（351 aa）
链 B 1–351（351 aa）
链 C 1–351（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9QVG Turnip Crinkle Virus: virions (TCV-M) 提交 2025-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 1–351（351 aa）
链 B 1–351（351 aa）
链 C 1–351（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9QVH Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38) 提交 2025-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 1–351（351 aa）
链 B 1–351（351 aa）
链 C 1–351（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1 mM MgSO4 1mM NaPO4 and pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9Y2Z Icosahedral symmetric structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus (Asymmetric Trimer Unit) 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 1–351（351 aa） 片段：R domain
链 B 1–351（351 aa） 片段：R domain
链 C 1–351（351 aa） 片段：R domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
9Y31 Symmetry relaxed asymmetric structure of an expansion intermediate of Turnip crinkle virus 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–351（351 aa） 片段：R domain
链 E 1–351（351 aa） 片段：R domain
链 H 1–351（351 aa） 片段：R domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å

共 8 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPSD_TCV
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 A； PDB构建体 222–243； UniProt 225–246 作者链 A； PDB构建体 244–347； UniProt 248–351 作者链 B； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 B； PDB构建体 222–243； UniProt 225–246 作者链 B； PDB构建体 244–347； UniProt 248–351 作者链 C； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221 作者链 C； PDB构建体 222–243； UniProt 225–246 作者链 C； PDB构建体 244–347； UniProt 248–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zx9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zx9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zx9
沉积日期 deposition_date2011-08-08
结构标题 titleCryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus
关键词 keywordsVIRUS, GENOMIC RNA STRUCTURE, GENOME UNCOATING, SSRNA VIRUS, ICOSAHEDRAL; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.47 Å
零角强度 I(0) i0125177000.00
分子量 molecular_weight89069.0 kDa
排除体积 excluded_volume111460 ų
包络体积 envelope_volume160820 ų
水化壳体积 shell_volume39196 ų
包络直径 envelope_diameter116.2 Å
壳层 Rg shell_rg41.14 Å
包络 Rg envelope_rg33.14 Å
形状 Rg shape_rg34.45 Å
总 Rg total_rg35.10 Å
总原子数 total_atoms6284
残基数 n_residues829
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.0 Å
Rg (实空间) rg_real35.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal125200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8883
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.9 Å
偏度 Skewness skewness0.045
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7860000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.965
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)