4ake

ADENYLATE KINASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.9 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENYLATE KINASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–214 链 B； UniProt 1–214	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4AKE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
4X8H Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8M Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Y171W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；28% PEG 4K, 0.2 M NaOAc, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.309
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
6F7U Molecular Mechanism of ATP versus GTP Selectivity of Adenylate Kinase 提交 2017-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；32% PEG 8000, 0.2 M Na-Acetate, 0.1 M Na-Cacodylate	分辨率 1.40 Å R-free 0.190
6HAM Adenylate kinase 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；14% PEG 4000 0.05M Tris pH=8	分辨率 2.55 Å R-free 0.243
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8CRG E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191
8CRG E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
9L14 Crystal structure of the monobody CL-1 in complex with the Escherichia coli adenylate kinase 提交 2024-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES buffer pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.235

共 19 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214 作者链 B； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ake
沉积日期 deposition_date	1995-12-29
结构标题 title	ADENYLATE KINASE
关键词 keywords	NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE, ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE, MYOKINASE, PHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.58 Å
零角强度 I(0) i0	37772500.00
分子量 molecular_weight	47164.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59142 Å³
包络体积 envelope_volume	76132 Å³
水化壳体积 shell_volume	25708 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.01 Å
包络 Rg envelope_rg	25.20 Å
形状 Rg shape_rg	25.62 Å
总 Rg total_rg	26.22 Å
总原子数 total_atoms	3312
残基数 n_residues	428
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9145
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.556
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3295000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4akea1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases

结构域编号 domain_id	d4akea2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.2 — Microbial and mitochondrial ADK, insert 'zinc finger' domain
家族 Family family	g.41.2.1 — Microbial and mitochondrial ADK, insert 'zinc finger' domain

结构域编号 domain_id	d4akeb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases

结构域编号 domain_id	d4akeb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.2 — Microbial and mitochondrial ADK, insert 'zinc finger' domain
家族 Family family	g.41.2.1 — Microbial and mitochondrial ADK, insert 'zinc finger' domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4akeA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4akeB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	31.800 Å
晶胞边长 b length_b	54.500 Å
晶胞边长 c length_c	71.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	67.70 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	88.40 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	—

描述 description	ADENYLATE KINASE
分子量 formula_weight	23620.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3459

ADENYLATE KINASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENYLATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

fit	/app/data/saxs_computation/ak/4ake/4ake.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ak/4ake/4ake.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ak/4ake/4ake.dat