SAXSdb — 4bex

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COFILIN-1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–166	片段：COFILIN-LIKE FOLD, RESIDUES 1-166 突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；2.4 M SODIUM MALONATE PH 7.0 THE CRYSTALS WERE AIR-DRIED BEFORE FREEZING TO DEHYDRATE.	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4BEX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Q8G NMR structure of human Cofilin 提交 2003-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM cofilin U-15N,13C;10 mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM cofilin U-15N, 10 mM phosphate buffer ,90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1Q8X NMR structure of human cofilin 提交 2003-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM cofilin U-15N,13C; 10mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM cofilin U-15N, 10mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5HVK Crystal structure of LIMK1 mutant D460N in complex with full-length cofilin-1 提交 2016-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–166（165 aa）	突变：A69T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.2-1.4 M tri-Sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5. 4 crystals used.	分辨率 3.50 Å R-free 0.310
5HVK Crystal structure of LIMK1 mutant D460N in complex with full-length cofilin-1 提交 2016-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–166（165 aa）	突变：A69T	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.2-1.4 M tri-Sodium citrate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5. 4 crystals used.	分辨率 3.50 Å R-free 0.310
5L6W Structure Of the LIMK1-ATPgammaS-CFL1 Complex 提交 2016-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–166（166 aa）	突变：S3C	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；35% pentaerythritol propoxylate 5/4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M potassium chloride	分辨率 2.53 Å R-free 0.284
6UBY Isolated cofilin bound to an actin filament 提交 2019-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6UC0 Isolated S3D-cofilin bound to an actin filament 提交 2019-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–166（166 aa）	突变：S3D	MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6UC4 Barbed end side of a cofilactin cluster 提交 2019-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 I 1–166（166 aa）链 M 1–166（166 aa）链 N 1–166（166 aa）链 O 1–166（166 aa）链 P 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.20 Å
6VAO Human cofilin-1 decorated actin filament 提交 2019-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9H1F Cofilin-1 in complex with high-affinity Sybody B12 提交 2024-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M Citric acid pH 4.0 and 2.4 M Ammonium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
9QFD Cryo-EM structure of the fully cofilin-1-decorated actin filament (cofilactin) 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）链 K 1–166（166 aa）链 L 1–166（166 aa）链 M 1–166（166 aa）链 N 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.61 Å
9QFE Cryo-EM structure of the actin filament hetero-decorated by Coronin-1 and Cofilin-1 on separate actin strands 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）链 K 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.12 Å
9QFG Cryo-EM structure of the actin filament hetero-decorated by Coronin-1 and Cofilin-1, strand boundary 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.49 Å
9QFJ Cryo-EM structure of the cofilactin filament core at 2.3 Angstrom resolution. 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.31 Å
9QFK Cryo-EM structure of the Coronin-1B-decorated actin filament bound by one Cofilin-1 molecule (crosslinked) 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 J 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.02% Tween20). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.99 Å
9QFO Cryo-EM structure of the cofilactin filament pointed end 提交 2025-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween20) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.96 Å
9QFQ Cryo-EM structure of the cofilactin barbed end bound by AIP1 提交 2025-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween20) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.76 Å
9QFW Cryo-EM structure of the cofilactin barbed end bound by two AIP1 molecules 提交 2025-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1；1xKMEH (10 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM TCEP, 0.015% Tween20) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.16 Å

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 16–181； UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bex
沉积日期 deposition_date	2013-03-12
结构标题 title	Structure of human Cofilin1
关键词 keywords	STRUCTURAL PROTEIN, ACTIN-BINDING, CYTOSKELETON; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.82 Å
零角强度 I(0) i0	6103680.00
分子量 molecular_weight	18455.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23454 Å³
包络体积 envelope_volume	27247 Å³
水化壳体积 shell_volume	14628 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.72 Å
包络 Rg envelope_rg	16.17 Å
形状 Rg shape_rg	15.77 Å
总 Rg total_rg	17.13 Å
总原子数 total_atoms	1294
残基数 n_residues	166
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1040e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3080e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6104000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7944
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.378
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1437000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4bex1_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family family	d.109.1.2 — Cofilin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4bex100
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Severin

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.940 Å
晶胞边长 b length_b	85.940 Å
晶胞边长 c length_c	85.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	28.130 Å
R 因子 r_factor	0.2079
R_work r_work	0.2065
R_free r_free	0.2357

描述 description	COFILIN-1
分子量 formula_weight	19712.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	1310

Structure of human Cofilin1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COFILIN-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

fit	/app/data/saxs_computation/be/4bex/4bex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/be/4bex/4bex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/be/4bex/4bex.dat