SAXSdb — 4bv2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE

THERMOTOGA MARITIMA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53 × 1 （P04637） ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53 × 1 （P04637） ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPD_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

物种未注明

UniProt P04637

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE × 1 （Q9WYW0） ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE × 1 （Q9WYW0） ZINC ION × 1 (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P53_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–13； UniProt 376–388 作者链 H； PDB构建体 1–13； UniProt 376–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4bv2
沉积日期 deposition_date	2013-06-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE
关键词 keywords	HYDROLASE, NAD-DEPENDENT DEACETYLASE, SIRTUIN, INHIBITOR COMPLEX, EX-527, ACETYLATED ADP-RIBOSE, HYDROLASE-HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4bv2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.89 Å
Rg（电子密度）	18.82 Å
总 Rg	19.85 Å
原子数	1903
残基数	235
排除体积	34163 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4bv2__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4bv2__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4bv2__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4bv2__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4bv2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4bv2__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE
分子量 formula_weight	27569.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3853

MKMKEFLDLLNESRLTVTLTGAGISTPSGIPDFRGPNGIYKKYSQNVFDIDFFYSHPEEFYRFAKEGIFPMLQAKPNLAHVLLAKLEEKGLIEAVITQNIDRLHQRAGSKKVIELHGNVEEYYCVRCEKKYTVEDVIKKLESSDVPLCDDCNSLIRPNIVFFGENLPQDALREAIGLSSRASLMIVLGSSLVVYPAAELPLITVRSGGKLVIVNLGETPFDDIATLKYNMDVVEFARRVMEEGGIS

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53
分子量 formula_weight	1597.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

STSRHKKLMFKTE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide
分子量 formula_weight	248.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE ;
分子量 formula_weight	601.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4bv2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	4bv2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	4bv2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	4bv2B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

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晶胞边长 a length_a	45.950 Å
晶胞边长 b length_b	45.950 Å
晶胞边长 c length_c	241.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	60.470 Å
R 因子 r_factor	0.2489
R_work r_work	0.2452
R_free r_free	0.3178

CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4bv2__assembly_1__model_1

4bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

4bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF SIR2 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527, 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE AND DEACETYLATED P53-PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4bv2__assembly_1__model_1

4bv2__assembly_1__model_1 | I(q)

4bv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)