SAXSdb — 4c8p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–205	片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4C8P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4C86 mouse ZNRF3 ectodomain crystal form I 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
4C8A mouse ZNRF3 ectodomain crystal form II 提交 2013-09-30	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
4C8A mouse ZNRF3 ectodomain crystal form II 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
4C8C mouse ZNRF3 ectodomain crystal form III 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.320
4C8F mouse ZNRF3 ectodomain crystal form IV 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 D 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.69 Å R-free 0.341
4C8F mouse ZNRF3 ectodomain crystal form IV 提交 2013-09-30	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.69 Å R-free 0.341
4C99 Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.323
4C9A Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form I 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–165（165 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 1-165 链 C 1–165（165 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 1-165	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4C9E Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with Xenopus RSPO2 Fu1-Fu2 (Seleno Met) crystal form II 提交 2013-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 链 G 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
4CDJ Structure of ZNRF3 ectodomain 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM FORMATE AT PH 6.6 WITH 20% W/V PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
4CDJ Structure of ZNRF3 ectodomain 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM FORMATE AT PH 6.6 WITH 20% W/V PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.177
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4CDK Structure of ZNRF3-RSPO1 提交 2013-11-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M SODIUM BROMIDE AND 20% W/V PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
4UFS Low resolution structure R-spondin-2 (Fu1Fu2) in complex with the ectodomains of LGR5 and ZNRF3 提交 2015-03-18	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 53–205（153 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.100 M AMMONIUM ACETATE, 0.600 M SODIUM CHLORIDE, 0.050 M MES PH 6.0, 0.005 M MAGNESIUM SULPHATE	分辨率 4.80 Å R-free 0.313

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZNRF3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–156； UniProt 53–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4c8p
沉积日期 deposition_date	2013-10-01
结构标题 title	mouse ZNRF3 ectodomain crystal form V, disulfide-bridged S90C variant
关键词 keywords	LIGASE, WNT, RNF43, LGR4, LGR5, LGR6, RSPO, R-SPONDIN, R-SPO, RSPO1, RSPO2, RSPO3, RSPO4, RECEPTOR, MEMBRANE, SIGNALLING; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.17 Å
零角强度 I(0) i0	4805420.00
分子量 molecular_weight	15706.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19745 Å³
包络体积 envelope_volume	23007 Å³
水化壳体积 shell_volume	13211 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.65 Å
包络 Rg envelope_rg	15.64 Å
形状 Rg shape_rg	15.18 Å
总 Rg total_rg	16.25 Å
总原子数 total_atoms	1103
残基数 n_residues	144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.5 Å
Rg (实空间) rg_real	16.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5020e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4805000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7572
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	0.207
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4c8pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.725 Å
晶胞边长 b length_b	74.297 Å
晶胞边长 c length_c	38.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	46.070 Å
R 因子 r_factor	0.2077
R_work r_work	0.2041
R_free r_free	0.2856

描述 description	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3
分子量 formula_weight	18219.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1129

mouse ZNRF3 ectodomain crystal form V, disulfide-bridged S90C variant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

fit	/app/data/saxs_computation/c8/4c8p/4c8p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c8/4c8p/4c8p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c8/4c8p/4c8p.dat