4c99

Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

MUS MUSCULUS

UniProt Q5SSZ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 53–205 链 C; UniProt 53–205 片段:ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 R-SPONDIN-2 × 2 (Q8BFU0) CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.323

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZNRF3_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–156; UniProt 53–205 作者链 C; PDB构建体 4–156; UniProt 53–205

R-SPONDIN-2

MUS MUSCULUS

UniProt Q8BFU0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 37–144 链 D; UniProt 37–144 片段:FU1-FU2, RESIDUES 37-144 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 × 2 (Q5SSZ7) CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.323

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RSPO2_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–111; UniProt 37–144 作者链 D; PDB构建体 4–111; UniProt 37–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4c99

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4c99
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4c99
沉积日期 deposition_date2013-10-02
结构标题 titleMouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I
关键词 keywords;LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX, WNT, RNF43, LGR4, LGR5, LGR6, RSPO, R-SPONDIN, R-SPO, RSPO1, RSPO3, RSPO4, RECEPTOR, MEMBRANE, SIGNALLING ;; LIGASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.19
零角强度 I(0) i059609200.00
分子量 molecular_weight56929.0 kDa
排除体积 excluded_volume69903 ų
包络体积 envelope_volume94829 ų
水化壳体积 shell_volume29181 ų
包络直径 envelope_diameter89.2
壳层 Rg shell_rg34.47
包络 Rg envelope_rg27.10
形状 Rg shape_rg27.16
总 Rg total_rg28.03
总原子数 total_atoms3968
残基数 n_residues514
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.0
Rg (实空间) rg_real28.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real5.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59610000.0000
解质量估计 total_estimate0.9135
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary83.5
偏度 Skewness skewness0.112
峰度 Kurtosis kurtosis-0.750
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7415000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.944

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4c99b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family familyg.3.9.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4c99d_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family familyg.3.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4c99A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id4c99B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id4c99C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id4c99D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)