SAXSdb — 4crn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ERF3 IN RIBOSOME BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ERF1 IN RIBOSOME-BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX × 1 （P12385） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–430； UniProt 256–685

ERF1 IN RIBOSOME-BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P12385

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ERF3 IN RIBOSOME BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX × 1 （P05453） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4crn
沉积日期 deposition_date	2014-02-28
结构标题 title	Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3
关键词 keywords	TRANSLATION, TERMINATION, CRYO-EM; TRANSLATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4crn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4crn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4crn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.47 Å
Rg（电子密度）	34.15 Å
总 Rg	34.60 Å
原子数	6693
残基数	852
排除体积	119770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4crn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ERF3 IN RIBOSOME BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX
分子量 formula_weight	47841.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	6693

GGKDHVSLIFMGHVDAGKSTMGGNLLYLTGSVDKRTIEKYEREAKDAGRQGWYLSWVMDTNKEERNDGKTIEVGKAYFETEKRRYTILDAPGHKMYVSEMIGGASQADVGVLVISARKGEYETGFERGGQTREHALLAKTQGVNKMVVVVNKMDDPTVNWSKERYDQCVSNVSNFLRAIGYNIKTDVVFMPVSGYSGANLKDHVDPKECPWYTGPTLLEYLDTMNHVDRHINAPFMLPIAAKMKDLGTIVEGKIESGHIKKGQSTLLMPNKTAVEIQNIYNETENEVDMAMCGEQVKLRIKGVEEEDISPGFVLTSPKNPIKSVTKFVAQIAIVELKSIIAAGFSCVMHVHTAIEEVHIVKLLHKLEKGTNRKSKKPPAFAKKGMKVIAVLETEAPVCVETYQDYPQLGRFTLRDQGTTIAIGKIVKIAE

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ERF1 IN RIBOSOME-BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX
分子量 formula_weight	49032.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MDNEVEKNIEIWKVKKLVQSLEKARGNGTSMISLVIPPKGLIPLYQKMLTDEYGTASNIKSRVNRLSVLSAITSTQQKLKLYNTLPKNGLVLYCGDIITEDGKEKKVTFDIEPYKPINTSLYLCDNKFHTEVLSELLQADDKFGFIVMDGQGTLFGSVSGNTRTVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLREEKRHNYVRKVAEVAVQNFITNDKVNVKGLILAGSADFKTDLAKSELFDPRLACKVISIVDVSYGGENGFNQAIELSAEALANVKYVQEKKLLEAYFDEISQDTGKFCFGIDDTLKALDLGAVEKLIVFENLETIRYTFKDAEDNEVIKFAEPEAKDKSFAIDKATGQEMDVVSEEPLIEWLAANYKNFGATLEFITDKSSEGAQFVTGFGGIGAMLRYKVNFEQLVDESEDEYYDEDEGSDYDFI

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	9.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	PROJECTION MATCHING
颗粒数 num_particles	39309

Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ERF3 IN RIBOSOME BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ERF1 IN RIBOSOME-BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4crn__assembly_1__model_1

4crn__assembly_1__model_1 | I(q)

4crn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM of a pretermination complex with eRF1 and eRF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ERF3 IN RIBOSOME BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ERF1 IN RIBOSOME-BOUND ERF1-ERF3-GDPNP COMPLEX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4crn__assembly_1__model_1

4crn__assembly_1__model_1 | I(q)

4crn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)