SAXSdb — 4d0m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PI4KB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 A； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 A； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 C； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 C； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 C； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 G； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 G； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 G； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 I； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 I； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 I； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 M； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 M； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 M； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 O； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 O； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 O； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 Q； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 Q； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 Q； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 S； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 S； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 S； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 W； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 W； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 W； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 Y； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 Y； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 Y； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 c； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 c； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 c； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799 作者链 g； PDB构建体 3–185； UniProt 121–303 作者链 g； PDB构建体 186–288； UniProt 319–421 作者链 g； PDB构建体 289–566； UniProt 522–799

RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A

HOMO SAPIENS

UniProt P62491

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3 × 4 （O75154） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RB11A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 D； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 H； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 J； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 N； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 P； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 R； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 T； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 X； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 Z； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 d； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 h； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216

RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3

HOMO SAPIENS

UniProt O75154

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA × 4 （Q9UBF8） RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A × 4 （P62491） N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE × 4 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFIP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 F； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 K； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 L； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 U； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 V； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 a； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 b； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 e； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 f； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 i； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756 作者链 j； PDB构建体 5–48； UniProt 713–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4d0m
沉积日期 deposition_date	2014-04-29
结构标题 title	Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3
关键词 keywords	;PHOSPHOINOSITIDE, PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE, LIPID KINASE, FAMILY OF RAB INTERACTING PROTEINS, FIP3, RAB-BINDING DOMAIN, RBD, RAB11, GTP, PIK93, GOLGI, RECYCLING ENDOSOME, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4d0m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4d0m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4d0m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.45 Å
Rg（电子密度）	45.85 Å
总 Rg	45.99 Å
原子数	21990
残基数	2718
排除体积	393200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4d0m__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4d0m__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4d0m__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA
分子量 formula_weight	64593.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.67
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,I,M,O,Q,S,W,Y,c,g
原子数 atom_count	65970

GSQNNSAKQSWLLRLFESKLFDISMAISYLYNSKEPGVQAYIGNRLFCFRNEDVDFYLPQLLNMYIHMDEDVGDAIKPYIVHRCRQSINFSLQCALLLGAYSSDMHISTQRHSRGTKLRKLILSDELKPAHRKRELPSLSPAPDTGLSPSKRTHQRSKSDATASISLSSNLKRTAANPKVENEDEPVRLAPEREFIKSLMAIGKRLATLPTKEQKTQRLISELSLLNHKLPARVWLPTAGFDHHVVRVPHTQAVVLNSKDKAPYLIYVEVLECENFDTTSVPARIPENRRDPEDPSAVALKEPWQEKVRRIREGSPYGHLPNWRLLSVIVKCGDDLRQELLAFQVLKQLQSIWEQERVPLWIKPYKILVISADSGMIEPVVNAVSIHQVKKQSQLSLLDYFLQEHGSYTTEAFLSAQRNFVQSCAGYCLVCYLLQVKDRHNGNILLDAEGHIIHIDFGFILSSSPRNLGFETSAFKLTTEFVDVMGGLDGDMFNYYKMLMLQGLIAARKHMDKVVQIVEIMQQGSQLPCFHGSSTIRNLKERFHMSMTEEQLQLLVEQMVDGSMRS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A
分子量 formula_weight	24691.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,H,J,N,P,R,T,X,Z,d,h

GSHMGTRDDEYDYLFKVVLIGDSGVGKSNLLSRFTRNEFNLESKSTIGVEFATRSIQVDGKTIKAQIWDTAGLERYRAITSAYYRGAVGALLVYDIAKHLTYENVERWLKELRDHADSNIVIMLVGNKSDLRHLRAVPTDEARAFAEKNGLSFIETSALDSTNVEAAFQTILTEIYRIVSQKQMSDRRENDMSPSNNVVPIHVPPTTENKPKVQCCQNI

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3
分子量 formula_weight	5584.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L,U,V,a,b,e,f,i,j

GSHMSSVSRDELMEAIQKQEEINFRLQDYIDRIIVAIMETNPSILEVK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(5-(4-CHLORO-3-(2-HYDROXY-ETHYLSULFAMOYL)- PHENYLTHIAZOLE-2-YL)-ACETAMIDE
分子量 formula_weight	389.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	539.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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晶胞边长 a length_a	199.504 Å
晶胞边长 b length_b	134.465 Å
晶胞边长 c length_c	294.328 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.000 Å
最低分辨率 resolution_low	294.320 Å
R 因子 r_factor	0.2589
R_work r_work	0.2533
R_free r_free	0.3595

Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d0m__assembly_1__model_1

4d0m__assembly_1__model_1 | I(q)

4d0m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Phosphatidylinositol 4-kinase III beta in a complex with Rab11a-GTP- gamma-S and the Rab-binding domain of FIP3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RAS-RELATED PROTEIN RAB-11A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RAB11 FAMILY-INTERACTING PROTEIN 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4d0m__assembly_1__model_1

4d0m__assembly_1__model_1 | I(q)

4d0m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)