4f02

Crystal structure of the PABP-binding site of eIF4G in complex with RRM1-2 of PABP and poly(A)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyadenylate-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt P11940

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–190	未记录	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ; × 1 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 × 1 （Q04637）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.03 M Tris, 1.3 M (NH4)2SO4, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–190	未记录	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ; × 1 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 × 1 （Q04637）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.03 M Tris, 1.3 M (NH4)2SO4, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4F02	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 C 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 D 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 E 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 F 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 G 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1CVJ X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE POLY(A)-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH POLYADENYLATE RNA 提交 1999-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 H 1–190（190 aa）片段：RESIDUES 1-190	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.7 K；AMMONIUM SULFATE, TCEP, TRIS-HCL, POTASSIUM CHLORIDE, GLYCEROL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.7K	分辨率 2.60 Å R-free 0.304
1G9L SOLUTION STRUCTURE OF THE PABC DOMAIN OF HUMAN POLY(A) BINDING PROTEIN 提交 2000-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 498–636（139 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 498-636)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 3mM 15N-labeled PABC; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3mM 15N,13C-labeled PABC; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 100% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1JGN Solution structure of the C-terminal PABC domain of human poly(A)-binding protein in complex with the peptide from Paip2 提交 2001-06-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–636（93 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M NaCl；压力 ambient NMR样品组成 3mM 15N-labeled PABC; 4mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3mM 15N,13C-labeled PABC; 4mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 100% D2O NMR样品组成 2.5mM 15N-labeled peptide; 3mM unlabeled PABC; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM 15N,13C-labeled peptide; 3mM unlabeled PABC; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 100% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 3mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 3mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 100% D2O	分辨率未提供
1JH4 Solution structure of the C-terminal PABC domain of human poly(A)-binding protein in complex with the peptide from Paip1 提交 2001-06-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–636（93 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M NaCl；压力 ambient NMR样品组成 3mM 15N-labeled PABC; 3mM 15N-labeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 3mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 3mM unlabeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 100% D2O NMR样品组成 3mM unlabeled PABC; 3mM N15-labeled peptide; 50mM phosphate buffer; 0.1M NaCl; 1mM NaN3; pH 6.3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K8G Solution structure of RRM2 domain of PABP1 提交 2008-09-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–182（93 aa）片段：RRM2 domain (UNP residues 90-182)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.04；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PABP1, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-98% 15N] PABP1, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM PABP1, 20 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2RQG Structure of GSPT1/ERF3A-PABC 提交 2009-05-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 541–623（83 aa）片段：PABC DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15M；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] G1 TO S PHASE TRANSITION 1-1, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1-2, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2RQH Structure of GSPT1/ERF3A-PABC 提交 2009-05-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 541–623（83 aa）片段：PABC DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15M；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM G1 TO S PHASE TRANSITION 1-1, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] POLYADENYLATE-BINDING PROTEIN 1-2, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2X04 Crystal structure of the PABC-TNRC6C complex 提交 2009-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 456–530（75 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (PABC), RESIDUES 456-530	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M NA-ACETATE PH 4.6, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 30% (W/V) PEG 4000	分辨率 1.49 Å R-free 0.186
2X04 Crystal structure of the PABC-TNRC6C complex 提交 2009-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 456–530（75 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (PABC), RESIDUES 456-530	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M NA-ACETATE PH 4.6, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 30% (W/V) PEG 4000	分辨率 1.49 Å R-free 0.186
3KTP Structural basis of GW182 recognition by poly(A)-binding protein 提交 2009-11-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3KTR Structural basis of ataxin-2 recognition by poly(A)-binding protein 提交 2009-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M CdCl2, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.245
3KUI Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with binding region of eRF3a 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；2.1M ammonium sulfate, 0.2M sodium sulfate, 10mM zinc chloride, 0.1M sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
3KUJ Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with binding region of eRF3a 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；1.4M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.223
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUR Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 544–617（74 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；1.3M ammonium sulfate, 0.5M lithium sulfate, 5% glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
3KUS Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein in complex with the binding region of Paip2 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2.3M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.205
3KUS Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein in complex with the binding region of Paip2 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2.3M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.205
3KUT Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein in complex with the binding region of Paip2 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.25M ammonium sulfate, 0.2M KBr, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.201
3KUT Crystal structure of the MLLE domain of poly(A)-binding protein in complex with the binding region of Paip2 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 544–626（83 aa）片段：C-terminal domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.25M ammonium sulfate, 0.2M KBr, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.201
3PKN Crystal structure of MLLE domain of poly(A) binding protein in complex with PAM2 motif of La-related protein 4 (LARP4) 提交 2010-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–626（83 aa）片段：MLLE domain (UNP residues 544-626)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.25 M potassium iodide, 1.9 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.269
3PKN Crystal structure of MLLE domain of poly(A) binding protein in complex with PAM2 motif of La-related protein 4 (LARP4) 提交 2010-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 544–626（83 aa）片段：MLLE domain (UNP residues 544-626)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.25 M potassium iodide, 1.9 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.269
3PTH The PABC1 MLLE domain bound to the variant PAM2 motif of LARP4B 提交 2010-12-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 543–621（79 aa）片段：UNP residues 543-621	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；2 ul protein solution at 43 mg/ml containing the 1.5 fold molar amount of peptide ligand was mixed with 2ul reservoir solution containing 1.5M magnesium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
4F25 Crystal structure of the second RRM domain of human PABPC1 at pH 6.0 提交 2012-05-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 99–199（101 aa）片段：RRM2 domain (un residues 99-119)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；25% PEG 1500 and 0.1 M MIB buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
4F26 Crystal structure of the second RRM domain of human PABPC1 a pH 9.0 提交 2012-05-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 99–199（101 aa）片段：RRM2 domain (un residues 99-119)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；294 K；25% PEG 1500 and 0.1 M MMT buffer , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
5DX1 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and PABP1 peptide (R455) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466 链 G 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.238
5DX1 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and PABP1 peptide (R455) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466 链 I 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.238
5DX8 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated PABP1 peptide (R455) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466 链 F 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R455 and R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R455 and R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.246
5DX8 Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated PABP1 peptide (R455) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466 链 H 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R455 and R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R455 and R460 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.246
5DXA Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated PABP1 peptide (R460) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466 链 G 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460, asymmetrically dimethylated R455 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460, asymmetrically dimethylated R455 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.244
5DXA Crystal structure of CARM1, sinefungin, and methylated PABP1 peptide (R460) 提交 2015-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 449–466（18 aa）片段：UNP residues 449-466	突变：Nterminal biotin and aminohexanoic acid, methylated R460, asymmetrically dimethylated R455 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SFG SINEFUNGIN × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 18% w/v PEG 3350	分辨率 2.07 Å R-free 0.244
5LGQ Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3s 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 456–466（11 aa）链 F 456–466（11 aa）链 G 456–466（11 aa）链 H 456–466（11 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 8ZB (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-propyl-oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5 14% PEG 3350 200 mM A.S.	分辨率 2.11 Å R-free 0.236
5LGR Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P1C3u 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 447–458（12 aa）链 F 447–458（12 aa）链 G 447–458（12 aa）链 H 447–458（12 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4 LPD L-PROLINAMIDE × 4 ACE ACETYL GROUP × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Tris-HCl pH 8.5 100 mM PEG 3350 14 % Ammonium Sulfate 200 mM	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5LGS Crystal structure of mouse CARM1 in complex with ligand P2C3u 提交 2016-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 456–464（9 aa）链 F 456–464（9 aa）链 G 456–464（9 aa）链 H 456–464（9 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 QVR (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris-HCl pH 8.5 100 mM PEG 3350 20 % A.S. 200 mM	分辨率 2.10 Å R-free 0.215
7BN3 Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 455–537（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES sodium salt pH-6.5, 1.8 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.93 Å R-free 0.228
7BN3 Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 455–537（83 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES sodium salt pH-6.5, 1.8 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.93 Å R-free 0.228
7BN3 Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E 提交 2021-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 455–537（83 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES sodium salt pH-6.5, 1.8 M Ammonium Sulfate	分辨率 1.93 Å R-free 0.228
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
8SMO Crystal structure of the complex between truncated MLLE domain of PABPC1 and engineered superPAM2 peptide 提交 2023-04-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 556–626（71 aa）片段：MLLE domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M citric acid pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.292

共 27 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PABP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–195； UniProt 1–190 作者链 D； PDB构建体 6–195； UniProt 1–190

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1

物种未注明

UniProt Q04637

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 178–203	片段：unp residues 178-203	Polyadenylate-binding protein 1 × 1 （P11940） ;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.03 M Tris, 1.3 M (NH4)2SO4, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 178–203	片段：unp residues 178-203	Polyadenylate-binding protein 1 × 1 （P11940） ;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.03 M Tris, 1.3 M (NH4)2SO4, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4F02	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LJ2 Recognition of eIF4G by Rotavirus NSP3 reveals a basis for mRNA circularization 提交 2002-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 172–199（28 aa）片段：residues 132-159 of AAC82471 链 D 172–199（28 aa）片段：residues 132-159 of AAC82471	未记录	AU GOLD ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；275 K；PEG-MME 550, glucose, theophylline, unbuffered, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 275K	分辨率 2.38 Å R-free 0.272
1UG3 C-terminal portion of human eIF4GI 提交 2003-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1194–1532（339 aa）片段：RESIDUES 1234-1572	突变：L1234S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG MME 5000, 0.1M MES, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.24 Å R-free 0.292
1UG3 C-terminal portion of human eIF4GI 提交 2003-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1194–1532（339 aa）片段：RESIDUES 1234-1572	突变：L1234S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG MME 5000, 0.1M MES, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.24 Å R-free 0.292
2W97 Crystal Structure of eIF4E Bound to Glycerol and eIF4G1 peptide 提交 2009-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 413–426（14 aa）片段：EIF4GI BINDING MOTIF, RESIDUES 413-426 链 F 413–426（14 aa）片段：EIF4GI BINDING MOTIF, RESIDUES 413-426	未记录	MGO [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；60% AMMONIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.0, 1% PEG400	分辨率 2.29 Å R-free 0.239
5EHC Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. 提交 2015-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 609–622（14 aa）片段：eIF4E binding sequence, UNP residues 634-647	未记录	5NX 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-7-[(3-chlorophenyl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；21-31% PEG 8000, 1???3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 592–653（62 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5T46 Crystal structure of the human eIF4E-eIF4G complex 提交 2016-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 592–653（62 aa）	未记录	MGP 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；0.1 M Hepes pH 7.25, 25% w/v PEG 6000	分辨率 1.53 Å R-free 0.162
5ZK5 Stapled-peptides tailored against initiation of translation 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 609–623（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；30%(w/v) PEG6000, 0.1M Na-Hepes pH 6.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.268
6ZMW Structure of a human 48S translational initiation complex 提交 2020-07-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 g 290–1599（1310 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8HUJ Cryo-EM structure of the J-K-St region of EMCV IRES in complex with eIF4G-HEAT1 and eIF4A 提交 2022-12-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 746–992（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
8J7R Cryo-EM structure of the J-K-St region of EMCV IRES in complex with eIF4G-HEAT1 and eIF4A (J-K-St/eIF4G focused) 提交 2023-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 746–992（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8OZ0 Structure of a human 48S translation initiation complex with eIF4F and eIF4A 提交 2023-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 2 1–1404（1404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 89	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4G1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–26； UniProt 178–203 作者链 F； PDB构建体 1–26； UniProt 178–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4f02
沉积日期 deposition_date	2012-05-03
结构标题 title	Crystal structure of the PABP-binding site of eIF4G in complex with RRM1-2 of PABP and poly(A)
关键词 keywords	Translation initiation, mRNA, eukaryotic initiation factors (eIFs), Paip1 and Paip2, Translation-RNA complex; Translation/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.12 Å
零角强度 I(0) i0	48913500.00
分子量 molecular_weight	49481.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59759 Å³
包络体积 envelope_volume	78257 Å³
水化壳体积 shell_volume	25260 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.12 Å
包络 Rg envelope_rg	26.64 Å
形状 Rg shape_rg	27.14 Å
总 Rg total_rg	27.64 Å
总原子数 total_atoms	3451
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.414
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5107000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.936

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyadenylate-binding protein 1
分子量 formula_weight	23833.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	3663

GPLGSMNPSAPSYPMASLYVGDLHPDVTEAMLYEKFSPAGPILSIRVCRDMITRRSLGYAYVNFQQPADAERALDTMNFDVIKGKPVRIMWSQRDPSLRKSGVGNIFIKNLDKSIDNKALYDTFSAFGNILSCKVVCDENGSKGYGFVHFETQEAAERAIEKMNGMLLNDRKVFVGRFKSRKEREAELGARAKEFYPYDVPDYAGSSGRIVTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3576.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

AAAAAAAAAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
分子量 formula_weight	3026.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

KTIRIRDPNQGGKDITEEIMSGARTAY

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4f02A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4f02A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4f02D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4f02D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.191 Å
晶胞边长 b length_b	130.191 Å
晶胞边长 c length_c	86.872 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	36.110 Å
R 因子 r_factor	0.2054
R_work r_work	0.2041
R_free r_free	0.2302

fit	/app/data/saxs_computation/f0/4f02/4f02.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/4f02/4f02.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/4f02/4f02.dat

Crystal structure of the PABP-binding site of eIF4G in complex with RRM1-2 of PABP and poly(A)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyadenylate-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)