4gfh

Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 8	;DNA (5'-D(PCPCPTPAPCPTPGPCPTPAPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(CPGPCPGPGPTPAPGPCPAPGPTPAPGPG)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PGPGPAPTPGPAPCPGPAPTP(TSP))-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(CPGPCPGPAPAPTPCPGPTPCPAPTPCPC)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1177； UniProt 1–1177 作者链 F； PDB构建体 1–1177； UniProt 1–1177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4gfh
沉积日期 deposition_date	2012-08-03
结构标题 title	Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex
关键词 keywords	;TOPOISOMERASE, PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA SUPERCOILING, DNA REPLICATION, ATP-BINDING, DNA-BINDING, ISOMERASE, NUCLEOTIDE-BINDING, NUCLEUS, PHOSPHOPROTEIN, ISOMERASE-DNA COMPLEX ;; Isomerase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4gfh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4gfh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4gfh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.38 Å
Rg（电子密度）	48.15 Å
总 Rg	48.17 Å
原子数	19152
残基数	2250
排除体积	339700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4gfh__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 2
分子量 formula_weight	136355.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	20236

MSTEPVSASDKYQKISQLEHILKRPDTYIGSVETQEQLQWIYDEETDCMIEKNVTIVPGLFKIFDEILVNAADNKVRDPSMKRIDVNIHAEEHTIEVKNDGKGIPIEIHNKENIYIPEMIFGHLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTEFILETADLNVGQKYVQKWENNMSICHPPKITSYKKGPSYTKVTFKPDLTRFGMKELDNDILGVMRRRVYDINGSVRDINVYLNGKSLKIRNFKNYVELYLKSLEKKRQLDNGEDGAAKSDIPTILYERINNRWEVAFAVSDISFQQISFVNSIATTMGGTHVNYITDQIVKKISEILKKKKKKSVKSFQIKNNMFIFINCLIENPAFTSQTKEQLTTRVKDFGSRCEIPLEYINKIMKTDLATRMFEIADANEENALKKSDGTRKSRITNYPKLEDANKAGTKEGYKCTLVLTEGDSALSLAVAGLAVVGRDYYGCYPLRGKMLNVREASADQILKNAEIQAIKKIMGLQHRKKYEDTKSLRYGHLMIMTDQDHDGSHIKGLIINFLESSFPGLLDIQGFLLEFITPIIKVSITKPTKNTIAFYNMPDYEKWREEESHKFTWKQKYYKGLGTSLAQEVREYFSNLDRHLKIFHSLQGNDKDYIDLAFSKKKADDRKEWLRQYEPGTVLDPTLKEIPISDFINKELILFSLADNIRSIPNVLDGFKPGQRKVLYGCFKKNLKSELKVAQLAPYVSECTAYHHGEQSLAQTIIGLAQNFVGSNNIYLLLPNGAFGTRATGGKDAAAARYIYTELNKLTRKIFHPADDPLYKYIQEDEKTVEPEWYLPILPMILVNGAEGIGTGWSTYIPPFNPLEIIKNIRHLMNDEELEQMHPWFRGWTGTIEEIEPLRYRMYGRIEQIGDNVLEITELPARTWTSTIKEYLLLGLSGNDKIKPWIKDMEEQHDDNIKFIITLSPEEMAKTRKIGFYERFKLISPISLMNMVAFDPHGKIKKYNSVNEILSEFYYVRLEYYQKRKDHMSERLQWEVEKYSFQVKFIKMIIEKELTVTNKPRNAIIQELENLGFPRFNKEGKPYYGSPNDEIAEQINDVKGATSDEEDEESSHEDTENVINGPEELYGTYEYLLGMRIWSLTKERYQKLLKQKQEKETELENLLKLSAKDIWNTDLKAFEVGYQEFLQRDAEAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPTPAPCPTPGPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3269.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,G

CCTACTGCTAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPGPGPTPAPGPCPAPGPTPAPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4675.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,H

CGCGGTAGCAGTAGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPAPTPGPAPCPGPAPTP*(TSP))-3') ;
分子量 formula_weight	3429.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,I

GGATGACGATT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPGPAPAPTPCPGPTPCPAPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4529.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,J

CGCGAATCGTCATCC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	169.135 Å
晶胞边长 b length_b	169.884 Å
晶胞边长 c length_c	169.212 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.408 Å
最低分辨率 resolution_low	46.988 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2391
R_free r_free	0.2754

Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gfh__assembly_1__model_1

4gfh__assembly_1__model_1 | I(q)

4gfh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Topoisomerase II-DNA-AMPPNP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4gfh__assembly_1__model_1

4gfh__assembly_1__model_1 | I(q)

4gfh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)