4gz5

Crystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP-GlcNAc

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 191.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt O15294

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 323–1041 未记录 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.08 Å R-free 0.229
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 323–1041 未记录 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.08 Å R-free 0.229
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 323–1041 未记录 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.08 Å R-free 0.229
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 323–1041 未记录 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.08 Å R-free 0.229
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 323–1041 链 B; UniProt 323–1041 链 C; UniProt 323–1041 链 D; UniProt 323–1041 未记录 UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 12 SO4 SULFATE ION × 48 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;1.9M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 1% Xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.08 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041 作者链 B; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041 作者链 C; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041 作者链 D; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gz5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gz5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gz5
沉积日期 deposition_date2012-09-06
结构标题 titleCrystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP-GlcNAc
关键词 keywordsOGT, O-GlcNAc, GT-B, Glycosyltransferase, O-GlcNAcylation, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.70
零角强度 I(0) i01488490000.00
分子量 molecular_weight318800.0 kDa
排除体积 excluded_volume397520 ų
包络体积 envelope_volume543960 ų
水化壳体积 shell_volume87181 ų
包络直径 envelope_diameter183.7
壳层 Rg shell_rg55.19
包络 Rg envelope_rg51.68
形状 Rg shape_rg52.69
总 Rg total_rg52.80
总原子数 total_atoms22348
残基数 n_residues2800
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax191.0
Rg (实空间) rg_real52.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.04
I(0) (实空间) i0_real1.4880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1488000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5533
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary70.0
偏度 Skewness skewness0.362
峰度 Kurtosis kurtosis-0.274
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha177100000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id4gz5A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz5A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz5A05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id4gz5B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz5B04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz5B05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id4gz5C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz5C04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz5C05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id4gz5D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz5D03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz5D04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz5D05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)