SAXSdb — 4j9t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

designed unnatural amino acid dependent metalloprotein

Micromonospora viridifaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 ARSENIC × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NANH_MICVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–361； UniProt 47–407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4j9t
沉积日期 deposition_date	2013-02-17
结构标题 title	Crystal structure of a putative, de novo designed unnatural amino acid dependent metalloprotein, northeast structural genomics consortium target OR61
关键词 keywords	;Structural Genomics, PSI-Biology, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, a beta-propeller, novel metalloenzyme, Unknown Function ;; Structural Genomics, Unknown Function
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4j9t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4j9t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4j9t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.60 Å
Rg（电子密度）	18.51 Å
总 Rg	19.47 Å
原子数	2682
残基数	355
排除体积	46672 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4j9t__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	designed unnatural amino acid dependent metalloprotein
分子量 formula_weight	38549.3 kDa
突变 mutation	R68S, I69H, D92A, D131H, F155W, A156E, T226A, F234I, D259S, E260H, R276A, N311D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3209

GEPLYTEQDLAVNGREGFPNYSHPALTVTPDGDLLASYDGRPTGIAAPGPNSILQRRSTDGGRTWGEQQVVSAGQTTAPIKGFSHPSYLVDRETGTIFNFHVYSQRQGWEGSRPGTDPADPNVLHANVATSTDGGLTWSHRTITADITPDPGWRSRFAASGEGIQLRYGPHAGRLIQQYAIINAAGAIQAVSVYSDDHGRTWRAGEAVGVGMSHNKTVELSDGRVLLNSADSARSGYRKVAVSTDGGHSYGPVTIDRDLPDPTNDASIIRAFPDAPAGSARAKVLLFSNAASQTSRSQGTIRMSCDDGQTWPVSKVFQPGSMSYSTLTALPDGTYGLLYEPGTGIRYANFNLAWLGGICAPGS

来源 Source

来源生物 organism	Micromonospora viridifaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ARSENIC
分子量 formula_weight	74.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	527

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4j9tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	46.163 Å
晶胞边长 b length_b	79.677 Å
晶胞边长 c length_c	83.777 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	31.021 Å
R 因子 r_factor	0.1382
R_work r_work	0.1349
R_free r_free	0.1662

Crystal structure of a putative, de novo designed unnatural amino acid dependent metalloprotein, northeast structural genomics consortium target OR61

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

designed unnatural amino acid dependent metalloprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j9t__assembly_1__model_1

4j9t__assembly_1__model_1 | I(q)

4j9t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a putative, de novo designed unnatural amino acid dependent metalloprotein, northeast structural genomics consortium target OR61

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

designed unnatural amino acid dependent metalloprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4j9t__assembly_1__model_1

4j9t__assembly_1__model_1 | I(q)

4j9t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)