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4jnu

Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group P21

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin p54

Homo sapiens

UniProt Q7Z3B4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 453–491 链 B； UniProt 453–491 链 C； UniProt 453–491 链 D； UniProt 453–491 片段：UNP residues 453-491 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 1.45 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4JNU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4JNV Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group C2 提交 2013-03-15 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 B 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 C 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 D 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.85 Å R-free 0.277
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 D 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 H 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO9 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex 1:2 stoichiometry 提交 2013-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
链 C 453–491（39 aa） 片段：UNP residues 453-491
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.8；294 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.8, 0.07 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.294
5IJN Composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (32 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 F 1–507（507 aa）
链 L 1–507（507 aa）
链 R 1–507（507 aa）
链 X 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric
链 F 1–507（507 aa）
链 L 1–507（507 aa）
链 R 1–507（507 aa）
链 X 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric
链 F 1–507（507 aa）
链 L 1–507（507 aa）
链 R 1–507（507 aa）
链 X 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.
分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 H0 1–507（507 aa）
链 H1 1–507（507 aa）
链 H2 1–507（507 aa）
链 H3 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 H0 1–507（507 aa）
链 H1 1–507（507 aa）
链 H2 1–507（507 aa）
链 H3 1–507（507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP54_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 B； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 C； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 D； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4jnu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4jnu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4jnu
沉积日期 deposition_date2013-03-15
结构标题 titleCrystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group P21
关键词 keywordsnucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.64 Å
零角强度 I(0) i06105760.00
分子量 molecular_weight18810.0 kDa
排除体积 excluded_volume23944 ų
包络体积 envelope_volume28989 ų
水化壳体积 shell_volume13729 ų
包络直径 envelope_diameter72.4 Å
壳层 Rg shell_rg24.07 Å
包络 Rg envelope_rg20.36 Å
形状 Rg shape_rg19.65 Å
总 Rg total_rg20.35 Å
总原子数 total_atoms2700
残基数 n_residues160
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1060e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6106000.0000
解质量估计 total_estimate0.7442
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.6 Å
偏度 Skewness skewness0.655
峰度 Kurtosis kurtosis0.015
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2631000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.406; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.494; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4jnuA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 —
结构域编号 domain_id4jnuB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 —
结构域编号 domain_id4jnuC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 —
结构域编号 domain_id4jnuD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)