SAXSdb — 4jnv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin p54

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 453–491 链 B； UniProt 453–491 链 C； UniProt 453–491 链 D； UniProt 453–491	片段：UNP residues 453-491 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JNV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JNU Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group P21 提交 2013-03-15	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 B 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 C 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 D 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 1.9 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.45 Å R-free 0.218
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 D 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 H 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO9 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex 1:2 stoichiometry 提交 2013-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491 链 C 453–491（39 aa）片段：UNP residues 453-491	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.8；294 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.8, 0.07 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.294
5IJN Composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (32 copies of Nup205) 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric	链 F 1–507（507 aa）链 L 1–507（507 aa）链 R 1–507（507 aa）链 X 1–507（507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 21.40 Å
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric	链 F 1–507（507 aa）链 L 1–507（507 aa）链 R 1–507（507 aa）链 X 1–507（507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 F 1–507（507 aa）链 L 1–507（507 aa）链 R 1–507（507 aa）链 X 1–507（507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.	分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 H0 1–507（507 aa）链 H1 1–507（507 aa）链 H2 1–507（507 aa）链 H3 1–507（507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 H0 1–507（507 aa）链 H1 1–507（507 aa）链 H2 1–507（507 aa）链 H3 1–507（507 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP54_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 B； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 C； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491 作者链 D； PDB构建体 2–40； UniProt 453–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jnv
沉积日期 deposition_date	2013-03-15
结构标题 title	Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group C2
关键词 keywords	nucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.56 Å
零角强度 I(0) i0	4359530.00
分子量 molecular_weight	15215.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19200 Å³
包络体积 envelope_volume	22520 Å³
水化壳体积 shell_volume	12345 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.31 Å
包络 Rg envelope_rg	17.08 Å
形状 Rg shape_rg	16.57 Å
总 Rg total_rg	17.44 Å
总原子数 total_atoms	2180
残基数 n_residues	126
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3600e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5880e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.540
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.012
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.507; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.999

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.506 Å
晶胞边长 b length_b	36.623 Å
晶胞边长 c length_c	63.179 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	19.814 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2769

描述 description	Nucleoporin p54
分子量 formula_weight	4794.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2234

Crystal structure of the human Nup57CCS3* coiled-coil segment, space group C2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin p54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

fit	/app/data/saxs_computation/jn/4jnv/4jnv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jn/4jnv/4jnv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jn/4jnv/4jnv.dat