SAXSdb — 4jq5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin p58/p45

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 341–425 链 B； UniProt 341–425 链 C； UniProt 341–425 链 D； UniProt 341–425	片段：UNP residues 341-425	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.293
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 341–425 链 F； UniProt 341–425 链 G； UniProt 341–425 链 H； UniProt 341–425	片段：UNP residues 341-425	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.293
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 341–425 链 J； UniProt 341–425 链 K； UniProt 341–425 链 L； UniProt 341–425	片段：UNP residues 341-425	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；10% glycerol, 28% dioxane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 2.19 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JQ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 341–428（88 aa）片段：UNP residues 341-428 链 C 341–428（88 aa）片段：UNP residues 341-428	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO7 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex with 2:2 stoichiometry 提交 2013-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 341–428（88 aa）片段：UNP residues 341-428 链 G 341–428（88 aa）片段：UNP residues 341-428	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M MES, pH 6.5, 6.7% PEG20000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
4JO9 Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* Nup57CCS3* complex 1:2 stoichiometry 提交 2013-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 341–426（86 aa）片段：UNP residues 341-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.8；294 K；0.1 M sodium citrate, pH 3.8, 0.07 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.294
5IJN Composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (32 copies of Nup205) 提交 2016-03-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric	链 G 1–599（599 aa）链 M 1–599（599 aa）链 S 1–599（599 aa）链 Y 1–599（599 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 21.40 Å
5IJO Alternative composite structure of the inner ring of the human nuclear pore complex (16 copies of Nup188, 16 copies of Nup205) 提交 2016-03-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 208 PDB 声明：208-meric	链 G 1–599（599 aa）链 M 1–599（599 aa）链 S 1–599（599 aa）链 Y 1–599（599 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 21.40 Å
7PER Model of the inner ring of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 192 PDB 声明：192-meric	链 G 1–599（599 aa）链 M 1–599（599 aa）链 S 1–599（599 aa）链 Y 1–599（599 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.	分辨率 35.00 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 I0 1–599（599 aa）链 I1 1–599（599 aa）链 I2 1–599（599 aa）链 I3 1–599（599 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 I0 1–599（599 aa）链 I1 1–599（599 aa）链 I2 1–599（599 aa）链 I3 1–599（599 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUPL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 B； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 C； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 D； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 E； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 F； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 G； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 H； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 I； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 J； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 K； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425 作者链 L； PDB构建体 2–86； UniProt 341–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jq5
沉积日期 deposition_date	2013-03-20
结构标题 title	Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* coiled-coil segment
关键词 keywords	Nucleocytoplasmic transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.12 Å
零角强度 I(0) i0	214848000.00
分子量 molecular_weight	120890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152090 Å³
包络体积 envelope_volume	224400 Å³
水化壳体积 shell_volume	46797 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.04 Å
包络 Rg envelope_rg	42.35 Å
形状 Rg shape_rg	42.10 Å
总 Rg total_rg	42.31 Å
总原子数 total_atoms	17026
残基数 n_residues	1027
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8048
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.485
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4jq5A00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5B00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5C00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5D00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5E00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5F00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5G00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5H00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5I00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5J00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5K00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

结构域编号 domain_id	4jq5L00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1350 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.820 Å
晶胞边长 b length_b	77.097 Å
晶胞边长 c length_c	77.197 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	120.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.96 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.195 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.2852
R_work r_work	0.2849
R_free r_free	0.2929

描述 description	Nucleoporin p58/p45
分子量 formula_weight	10138.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	17026

Crystal structure of the human Nup49CCS2+3* coiled-coil segment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin p58/p45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/jq/4jq5/4jq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jq/4jq5/4jq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jq/4jq5/4jq5.dat