4ki1

Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 188.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IG EPSILON CHAIN C REGION

Homo sapiens

UniProt P01854

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 209–428 链 B; UniProt 209–428 片段:HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 突变:N252Q, N264Q LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR × 2 (P06734) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.20 Å R-free 0.266
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 209–428 链 D; UniProt 209–428 片段:HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 突变:N252Q, N264Q LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR × 2 (P06734) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.20 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–223; UniProt 209–428 作者链 B; PDB构建体 4–223; UniProt 209–428 作者链 C; PDB构建体 4–223; UniProt 209–428 作者链 D; PDB构建体 4–223; UniProt 209–428

LOW AFFINITY IMMUNOGLOBULIN EPSILON FC RECEPTOR

Homo sapiens

UniProt P06734

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 156–298 链 F; UniProt 156–298 片段:HUMAN DERCD23, UNP residues 156-298 IG EPSILON CHAIN C REGION × 2 (P01854) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.20 Å R-free 0.266
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 156–298 链 H; UniProt 156–298 片段:HUMAN DERCD23, UNP residues 156-298 IG EPSILON CHAIN C REGION × 2 (P01854) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 3.20 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCER2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–143; UniProt 156–298 作者链 F; PDB构建体 1–143; UniProt 156–298 作者链 G; PDB构建体 1–143; UniProt 156–298 作者链 H; PDB构建体 1–143; UniProt 156–298

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ki1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ki1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ki1
沉积日期 deposition_date2013-05-01
结构标题 titlePrimitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23
关键词 keywordsIMMUNOGLOBULIN FOLD, LECTIN, ANTIBODY RECEPTOR, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.70
零角强度 I(0) i0395959000.00
分子量 molecular_weight158320.0 kDa
排除体积 excluded_volume195750 ų
包络体积 envelope_volume296360 ų
水化壳体积 shell_volume52335 ų
包络直径 envelope_diameter202.5
壳层 Rg shell_rg48.64
包络 Rg envelope_rg51.55
形状 Rg shape_rg51.67
总 Rg total_rg51.67
总原子数 total_atoms11130
残基数 n_residues1366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax188.0
Rg (实空间) rg_real51.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.33
I(0) (实空间) i0_real3.9600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal395400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7674
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.4
偏度 Skewness skewness0.672
峰度 Kurtosis kurtosis-0.044
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23120000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.480; Smooth: 0.756

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4ki1A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4ki1E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id4ki1F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id4ki1G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id4ki1H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)