SAXSdb — 4kng

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	R-spondin-1 × 2 （Q2MKA7） E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 × 2 （Q68DV7） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NICKEL (II) ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LGR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–528； UniProt 32–557 作者链 B； PDB构建体 3–528； UniProt 32–557

R-spondin-1

Homo sapiens

UniProt Q2MKA7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 × 2 （O75473） E3 ubiquitin-protein ligase RNF43 × 2 （Q68DV7） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NICKEL (II) ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSPO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 3–112； UniProt 35–144 作者链 P； PDB构建体 3–112； UniProt 35–144

E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

Homo sapiens

UniProt Q68DV7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5 × 2 （O75473） R-spondin-1 × 2 （Q2MKA7） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NICKEL (II) ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNF43_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–157； UniProt 44–198 作者链 F； PDB构建体 3–157； UniProt 44–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kng
沉积日期 deposition_date	2013-05-09
结构标题 title	Crystal structure of human LGR5-RSPO1-RNF43
关键词 keywords	;Leucine-rich repeat, cysteine-rich domain, furin-repeat, protease-associated domain, ligand recognition, protein-protein interaction, N-linked glycosylation, Membrane protein, Signaling Protein ;; Signaling Protein, Membrane Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4kng__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4kng__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4kng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.61 Å
Rg（电子密度）	35.97 Å
总 Rg	36.57 Å
原子数	11041
残基数	1413
排除体积	197620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4kng__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5
分子量 formula_weight	59278.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11252

GPRGCPTHCHCEPDGRMLLRVDCSDLGLSELPSNLSVFTSYLDLSMNNISQLLPNPLPSLRFLEELRLAGNALTYIPKGAFTGLYSLKVLMLQNNQLRHVPTEALQNLRSLQSLRLDANHISYVPPSCFSGLHSLRHLWLDDNALTEIPVQAFRSLSALQAMTLALNKIHHIPDYAFGNLSSLVVLHLHNNRIHSLGKKCFDGLHSLETLDLNYNNLDEFPTAIRTLSNLKELGFHSNNIRSIPEKAFVGNPSLITIHFYDNPIQFVGRSAFQHLPELRTLTLNGASQITEFPDLTGTANLESLTLTGAQISSLPQTVCNQLPNLQVLDLSYNLLEDLPSFSVCQKLQKIDLRHNEIYEIKVDTFQQLLSLRSLNLAWNKIAIIHPNAFSTLPSLIKLDLSSNLLSSFPITGLHGLTHLKLTGNHALQSLISSENFPELKVIEMPYAYQCCAFGVCENAYKISNQWNKGDNSSMDDLHKKDAGMFQAQDERDLEDFLLDFEEDLKALHSVQCSPSPGPFKPCEHLLDGAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	R-spondin-1
分子量 formula_weight	12362.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,P

GPEGSQACAKGCELCSEVNGCLKCSPKLFILLERNDIRQVGVCLPSCPPGYFDARNPDMNKCIKCKIEHCEACFSHNFCTKCKEGLYLHKGRCYPACPEGSSAANGTMECSSAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF43
分子量 formula_weight	17550.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GPQKAIIRVIPLKMDPTGKLNLTLEGVFAGVAEITPAEGKLMQSHPLYLCNASDDDNLEPGFISIVKLESPRRAPRPCLSLASKARMAGERGASAVLFDITEDRAAAEQLQQPLGLTWPVVLIWGNDAEKLMEFVYKNQKAHVRIELKEPPAWPDYDAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4kngm_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

结构域编号 domain_id	d4kngp_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4kngA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4kngB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4kngE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4kngF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	4kngM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	4kngP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	104.575 Å
晶胞边长 b length_b	120.971 Å
晶胞边长 c length_c	181.009 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	39.510 Å
R 因子 r_factor	0.2343
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2763

Crystal structure of human LGR5-RSPO1-RNF43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

R-spondin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kng__assembly_1__model_1

4kng__assembly_1__model_1 | I(q)

4kng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human LGR5-RSPO1-RNF43

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

R-spondin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RNF43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kng__assembly_1__model_1

4kng__assembly_1__model_1 | I(q)

4kng__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)