4ozi

S2 protein complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 171.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

Homo sapiens

UniProt P01909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–206 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain × 1 (Q5Y7D3) T-cell receptor, s2, alpha chain × 1 T-cell receptor, s2, beta chain × 1 deamidated Gliadin-alpha1 peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione 分辨率 3.20 Å R-free 0.243
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–206 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain × 1 (Q5Y7D3) T-cell receptor, s2, alpha chain × 1 T-cell receptor, s2, beta chain × 1 deamidated Gliadin-alpha1 peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione 分辨率 3.20 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DQA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–183; UniProt 24–206 作者链 C; PDB构建体 1–183; UniProt 24–206

HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain

Homo sapiens

UniProt Q5Y7D3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 33–224 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain × 1 (P01909) T-cell receptor, s2, alpha chain × 1 T-cell receptor, s2, beta chain × 1 deamidated Gliadin-alpha1 peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione 分辨率 3.20 Å R-free 0.243
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 33–224 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain × 1 (P01909) T-cell receptor, s2, alpha chain × 1 T-cell receptor, s2, beta chain × 1 deamidated Gliadin-alpha1 peptide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293.15 K;Mother liquor: 0.15- 0.25M CaOAc, 0.1 M Tris/HCl, 12-18% PEG3350, Additives: 2-3 mM reduced and oxidised Glutathione 分辨率 3.20 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5Y7D3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 14–205; UniProt 33–224 作者链 D; PDB构建体 14–205; UniProt 33–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ozi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ozi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ozi
沉积日期 deposition_date2014-02-16
结构标题 titleS2 protein complex
关键词 keywordsIMMUNE RECEPTOR-LIGAND COMPLEX, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.13
零角强度 I(0) i0484956000.00
分子量 molecular_weight182020.0 kDa
排除体积 excluded_volume227060 ų
包络体积 envelope_volume347930 ų
水化壳体积 shell_volume58712 ų
包络直径 envelope_diameter168.7
壳层 Rg shell_rg53.92
包络 Rg envelope_rg48.43
形状 Rg shape_rg50.14
总 Rg total_rg50.21
总原子数 total_atoms12849
残基数 n_residues1621
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax171.2
Rg (实空间) rg_real50.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.86
I(0) (实空间) i0_real4.8500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal484900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8648
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.3
偏度 Skewness skewness0.198
峰度 Kurtosis kurtosis-0.715
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24130000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.772

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id4oziA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4oziA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4oziB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4oziC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id4oziD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziF01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziG01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id4oziH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)