4p4h

Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	Mitochondrial antiviral-signaling protein × 8 （Q7Z434） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 5 （P62987）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDX58_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 B； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 C； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 D； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 E； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 F； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 G； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201 作者链 H； PDB构建体 5–205； UniProt 1–201

Mitochondrial antiviral-signaling protein

Homo sapiens

UniProt Q7Z434

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 × 8 （O95786） Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 × 5 （P62987）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAVS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 J； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 K； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 L； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 M； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 N； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 O； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99 作者链 P； PDB构建体 10–108； UniProt 1–99

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

Homo sapiens

UniProt P62987

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 21	Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 × 8 （O95786） Mitochondrial antiviral-signaling protein × 8 （Q7Z434）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL40_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 T； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 U； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 W； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76 作者链 X； PDB构建体 4–79； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p4h
沉积日期 deposition_date	2014-03-12
结构标题 title	Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain
关键词 keywords	signaling protein, signaling complex; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p4h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p4h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.31 Å
Rg（电子密度）	43.88 Å
总 Rg	44.28 Å
原子数	43332
残基数	2644
排除体积	390120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p4h__assembly_1__model_1`	21-meric （21）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
分子量 formula_weight	24014.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
突变 mutation	E52A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	43332

GPGAMTTEQRRSLQAFQDYIRKTLDPTYILSYMAPWFREEEVQYIQAEKNNKGPMAAATLFLKFLLELQEEGWFRGFLDALDHAGYSGLYEAIESWDFKKIEKLEEYRLLLKRLQPEFKTRIIPTDIISDLSECLINQECEEILQICSTKGMMAGAEKLVECLLRSDKENWPKTLKLALEKERNKFSELWIVEKGIKDVETEDLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial antiviral-signaling protein
分子量 formula_weight	12292.0 kDa
突变 mutation	D23K, E26K, E80K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,N,O,P,M

GSGTGSTGSMPFAEDKTYKYICRNFSNFCNVKVVKILPYLPCLTARDQDRLRATCTLSGNRDTLWHLFNTLQRRPGWVEYFIAALRGCKLVDLADEVASVYQSYQPRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
分子量 formula_weight	8788.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,W,X

GPGMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4p4hA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	4p4hP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

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晶胞边长 a length_a	111.810 Å
晶胞边长 b length_b	117.330 Å
晶胞边长 c length_c	257.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.800 Å
R 因子 r_factor	0.1936
R_work r_work	0.1911
R_free r_free	0.2397

Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitochondrial antiviral-signaling protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p4h__assembly_1__model_1

4p4h__assembly_1__model_1 | I(q)

4p4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Caught-in-action signaling complex of RIG-I 2CARD domain and MAVS CARD domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitochondrial antiviral-signaling protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p4h__assembly_1__model_1

4p4h__assembly_1__model_1 | I(q)

4p4h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)