4pd4

Structural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 complex reveals the molecular basis of antimalarial drug action

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	QCR1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–431； UniProt 27–457

Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P07257

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	QCR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–352； UniProt 17–368

Cytochrome b

物种未注明

UniProt P00163

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385

Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

物种未注明

UniProt P07143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CY1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–248； UniProt 62–309

Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

物种未注明

UniProt P08067

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UCRI_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–185； UniProt 31–215

Cytochrome b-c1 complex subunit 6

物种未注明

UniProt P00127

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	QCR6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–74； UniProt 74–147

Cytochrome b-c1 complex subunit 7

物种未注明

UniProt P00128

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	QCR7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–126； UniProt 2–127

Cytochrome b-c1 complex subunit 8

物种未注明

UniProt P08525

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 9 × 2 （P22289） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	QCR8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–93； UniProt 2–94

Cytochrome b-c1 complex subunit 9

物种未注明

UniProt P22289

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial × 2 （P07256） Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial × 2 （P07257） Cytochrome b × 2 （P00163） Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial × 2 （P07143） Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial × 2 （P08067） Cytochrome b-c1 complex subunit 6 × 2 （P00127） Cytochrome b-c1 complex subunit 7 × 2 （P00128） Cytochrome b-c1 complex subunit 8 × 2 （P08525） Igh protein × 2 Ig kappa chain V-V region HP 124E1 × 2 UNDECYL-MALTOSIDE × 2 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	QCR9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–57； UniProt 2–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pd4
沉积日期 deposition_date	2014-04-17
结构标题 title	Structural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 complex reveals the molecular basis of antimalarial drug action
关键词 keywords	Cytochrome bc1 complex, Membrane protein complex, antimalarial drug, inhibitor, OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4pd4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4pd4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4pd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.87 Å
Rg（电子密度）	57.97 Å
总 Rg	58.01 Å
原子数	35292
残基数	4370
排除体积	632880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4pd4__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	47445.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17646

AEVTQLSNGIVVATEHNPSAHTASVGVVFGSGAANENPYNNGVSNLWKNIFLSKENSAVAAKEGLALSSNISRDFQSYIVSSLPGSTDKSLDFLNQSFIQQKANLLSSSNFEATKKSVLKQVQDFEDNDHPNRVLEHLHSTAFQNTPLSLPTRGTLESLENLVVADLESFANNHFLNSNAVVVGTGNIKHEDLVNSIESKNLSLQTGTKPVLKKKAAFLGSEVRLRDDTLPKAWISLAVEGEPVNSPNYFVAKLAAQIFGSYNAFEPASRLQGIKLLDNIQEYQLCDNFNHFSLSYKDSGLWGFSTATRNVTMIDDLIHFTLKQWNRLTISVTDTEVERAKSLLKLQLGQLYESGNPVNDANLLGAEVLIKGSKLSLGEAFKKIDAITVKDVKAWAGKRLWDQDIAIAGTGQIEGLLDYMRIRSDMSMMRW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	38751.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LTVSARDAPTKISTLAVKVHGGSRYATKDGVAHLLNRFNFQNTNTRSALKLVRESELLGGTFKSTLDREYITLKATFLKDDLPYYVNALADVLYKTAFKPHELTESVLPAARYDYAVAEQCPVKSAEDQLYAITFRKGLGNPLLYDGVERVSLQDIKDFADKVYTKENLEVSGENVVEADLKRFVDESLLSTLPAGKSLVSKSEPKFFLGEENRVRFIGDSVAAIGIPVNKASLAQYEVLANYLTSALSELSGLISSAKLDKFTDGGLFTLFVRDQDSAVVSSNIKKIVADLKKGKDLSPAINYTKLKNAVQNESVSSPIELNFDAVKDFKLGKFNYVAVGDVSNLPYLDEL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43686.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAFRKSNVYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQIVTGIFMAMHYSSNIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYYGSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGATVITNLFSAIPFVGNDIVSWLWGGFSVSNPTIQRFFALHYLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITGNLDRIPMHSYFIFKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGHPDNYIPGNPLVTPASIVPEWYLLPFYAILRSIPDKLLGVITMFAAILVLLVLPFTDRSVVRGNTFKVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVPVISTIENVLFYIGRVNK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	27807.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLVGVSHTNEEVRNMAEEFEYDDEPDEQGNPKKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIVKARHGGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALPPGSNYNPYFPGGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAEPEHDERKRLGLKTVIILSSLYLLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	20123.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFISSMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEANSVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6
分子量 formula_weight	8854.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

VTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDCVEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	14452.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

PQSFTSIARIGDYILKSPVLSKLCVPVANQFINLAGYKKLGLKFDDLIAEENPIMQTALRRLPEDESYARAYRIIRAHQTELTHHLLPRNEWIKAQEDVPYLLPYILEAEAAAKEKDELDNIEVSK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	10856.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

GPPSGKTYMGWWGHMGGPKQKGITSYAVSPYAQKPLQGIFHNAVFNSFRRFKSQFLYVLIPAGIYWYWWKNGNEYNEFLYSKAGREELERVNV

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 9
分子量 formula_weight	6535.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SFSSLYKTFFKRNAVFVGTIFAGAFVFQTVFDTAITSWYENHNKGKLWKDVKARIAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Igh protein
分子量 formula_weight	14365.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

EVKLQESGAGLVQPSQSLSLTCSVTGYSITSGYYWNWIRLFPGNKLEWVGYISNVGDNNYNPSLKDRLSITRDTSKNQFFLKLNSVTTEDTATYYCARSEYYSVTGYAMDYWGQGTTVTVSSAWRHP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Ig kappa chain V-V region HP 124E1
分子量 formula_weight	11926.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

DIELTQTPVSLAASLGDRVTISCRASQDINNFLNWYQQKPDGTIKLLIYYTSRLHAGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDIATYFCQHHIKFPWTFGAGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	UNDECYL-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	496.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	705.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione
分子量 formula_weight	366.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
分子量 formula_weight	592.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d4pd4a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d4pd4a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d4pd4b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d4pd4b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d4pd4c1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.1 — Transmembrane di-heme cytochromes
家族 Family family	f.21.1.2 — Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4pd4c2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.32 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.32.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pd4d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.3 — Cytochrome bc1 domain

结构域编号 domain_id	d4pd4d2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.11 — Cytochrome c1 subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase), transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.11.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pd4e1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.12 — ISP transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pd4e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

结构域编号 domain_id	d4pd4f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.28 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.28.1 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.28.1.1 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4pd4g_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.27 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.27.1 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.27.1.1 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4pd4h_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.13 — Ubiquinone-binding protein QP-C of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.23.13.1 — Ubiquinone-binding protein QP-C of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4pd4i_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.14 — Subunit X (non-heme 7 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.23.14.1 — Subunit X (non-heme 7 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4pd4j_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4pd4k_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	4pd4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4pd4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4pd4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4pd4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	4pd4C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	4pd4D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4pd4D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	4pd4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4pd4E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	4pd4F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain

结构域编号 domain_id	4pd4G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1090 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain F
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome b-c1 complex subunit 7

结构域编号 domain_id	4pd4H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Cytochrome b-c1 complex subunit 8

结构域编号 domain_id	4pd4I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Cytochrome b-c1 complex subunit 9

结构域编号 domain_id	4pd4J00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pd4K00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	212.260 Å
晶胞边长 b length_b	150.880 Å
晶胞边长 c length_c	143.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	24.989 Å
R 因子 r_factor	0.2691
R_work r_work	0.2683
R_free r_free	0.2966

Structural analysis of atovaquone-inhibited cytochrome bc1 complex reveals the molecular basis of antimalarial drug action

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b-c1 complex subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pd4__assembly_1__model_1

4pd4__assembly_1__model_1 | I(q)

4pd4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment