4pdw

A benzonitrile analogue inhibits rhinovirus replication

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

物种未注明

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric(240) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–331 链 C; UniProt 332–567 片段:resdiues 568-856 片段:resdiues 70-331 片段:resdiues 332-657 Capsid protein VP4/VP2 × 60 (F5A5A0) GOL GLYCEROL × 240 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–331 链 C; UniProt 332–567 片段:resdiues 568-856 片段:resdiues 70-331 片段:resdiues 332-657 Capsid protein VP4/VP2 × 1 (F5A5A0) GOL GLYCEROL × 4 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–331 链 C; UniProt 332–567 片段:resdiues 568-856 片段:resdiues 70-331 片段:resdiues 332-657 Capsid protein VP4/VP2 × 5 (F5A5A0) GOL GLYCEROL × 20 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–331 链 C; UniProt 332–567 片段:resdiues 568-856 片段:resdiues 70-331 片段:resdiues 332-657 Capsid protein VP4/VP2 × 6 (F5A5A0) GOL GLYCEROL × 24 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 568–856 链 B; UniProt 70–331 链 C; UniProt 332–567 片段:resdiues 568-856 片段:resdiues 70-331 片段:resdiues 332-657 Capsid protein VP4/VP2 × 1 (F5A5A0) GOL GLYCEROL × 4 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–289; UniProt 568–856 作者链 B; PDB构建体 1–262; UniProt 70–331 作者链 C; PDB构建体 1–236; UniProt 332–567

Capsid protein VP4/VP2

物种未注明

UniProt F5A5A0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric(240) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–69 片段:residue 2-69 Genome polyprotein × 60 (P03303) Genome polyprotein × 60 (P03303) Genome polyprotein × 60 (P03303) GOL GLYCEROL × 240 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–69 片段:residue 2-69 Genome polyprotein × 1 (P03303) Genome polyprotein × 1 (P03303) Genome polyprotein × 1 (P03303) GOL GLYCEROL × 4 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–69 片段:residue 2-69 Genome polyprotein × 5 (P03303) Genome polyprotein × 5 (P03303) Genome polyprotein × 5 (P03303) GOL GLYCEROL × 20 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–69 片段:residue 2-69 Genome polyprotein × 6 (P03303) Genome polyprotein × 6 (P03303) Genome polyprotein × 6 (P03303) GOL GLYCEROL × 24 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–69 片段:residue 2-69 Genome polyprotein × 1 (P03303) Genome polyprotein × 1 (P03303) Genome polyprotein × 1 (P03303) GOL GLYCEROL × 4 2XK 4-[(4,5-dimethoxy-2-nitrophenyl)acetyl]benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;PEG 8000, calcium chloride 分辨率 3.00 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F5A5A0_9ENTO
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pdw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pdw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pdw
沉积日期 deposition_date2014-04-22
结构标题 titleA benzonitrile analogue inhibits rhinovirus replication
关键词 keywordsbenzonitrile inhibitor, virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.51
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.45
零角强度 I(0) i0126326000.00
分子量 molecular_weight89288.0 kDa
排除体积 excluded_volume111840 ų
包络体积 envelope_volume136390 ų
水化壳体积 shell_volume39183 ų
包络直径 envelope_diameter101.6
壳层 Rg shell_rg36.33
包络 Rg envelope_rg29.19
形状 Rg shape_rg28.46
总 Rg total_rg29.15
总原子数 total_atoms6289
残基数 n_residues802
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.1
Rg (实空间) rg_real29.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real1.2630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal126300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2
偏度 Skewness skewness0.357
峰度 Kurtosis kurtosis-0.277
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24140000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.913

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4pdwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd4pdwc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4pdwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4pdwB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4pdwC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id4pdwD00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Picornavirus coat protein VP4

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)