4reb

Structural Insights into 5' Flap DNA Unwinding and Incision by the Human FAN1 Dimer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fanconi-associated nuclease 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y2M0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 373–1017 链 H; UniProt 373–1017 片段:UNP residues 373-1017 突变:D960A ;DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*G)-3') ; × 1 SM SAMARIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:micro-batch under oil;300 K;0.1mM spermidine, 1% 1,6-Hexanediol, 22-24% PEG 3350, 0.1M BisTris Propane, micro-batch under oil, temperature 300K 分辨率 4.20 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FAN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–647; UniProt 373–1017 作者链 H; PDB构建体 3–647; UniProt 373–1017

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4reb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4reb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4reb
沉积日期 deposition_date2014-09-22
结构标题 titleStructural Insights into 5' Flap DNA Unwinding and Incision by the Human FAN1 Dimer
关键词 keywordsHJC, TPR, SAP, structure specific nuclease, FANCID2, nucleus, Hydrolase-DNA complex; Hydrolase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.85
零角强度 I(0) i0343298000.00
分子量 molecular_weight144330.0 kDa
排除体积 excluded_volume177790 ų
包络体积 envelope_volume271880 ų
水化壳体积 shell_volume54572 ų
包络直径 envelope_diameter144.0
壳层 Rg shell_rg46.11
包络 Rg envelope_rg41.92
形状 Rg shape_rg43.89
总 Rg total_rg43.84
总原子数 total_atoms10098
残基数 n_residues1189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.5
Rg (实空间) rg_real43.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04
I(0) (实空间) i0_real3.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal343300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8779
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.2
偏度 Skewness skewness0.349
峰度 Kurtosis kurtosis-0.549
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23310000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.670

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)